服部平次並不是故意放遠山和葉鴿子的，去天滿宮查看三上梅介 的尸體後，他和柯南就正式兵分兩路，柯南跟著赤井秀一去找安室透，服部平次負責將從上田芝索之死到現在的事全部穿插起來，跟隨高木涉尋找三上梅介郎的同伙線索。
三上梅介 這個暗線暴露後，許多事情的脈絡就自然而然地清晰起來。只要探查他的行動軌跡，和他聯絡的人自然水落石出。
由于上田夫婦的尸體在眾目睽睽下出現在船御渡儀式上，政府高層對此事高度重視，給高木涉開了一路綠燈，從前問口供多少需要扯皮的企業今天嘴快到恨不得把自己祖宗十八代都講一遍。也拜他們所賜，服部平次很快就摸到了三上梅介 背後的保護傘。
和景亞盛，霓虹自由民主黨議員，將參加下一屆國\/會競選，三上梅介 背後的“新興教派”是為他提供競\/選資金的“大頭”。服部平次找到他時，他臉色灰敗，顯然已經預測到了天神祭過後自己慘淡的未來。
“不是我指使的，我沒有想過他們會喪心病狂到在地鐵隧道里放炸彈。”和景亞盛喝得酩酊大醉︰“上田家的事是被我壓下去的，但我從來沒有為那個教派提供過任何武器。”
“和景亞盛沒有說謊。”一位家里有背景的警部補說道︰“那些教派拉攏政府官員最多就是進行一些錢色交易，任何有腦子的官員在1995年後都不會提供任何武器支持，更何況是tNt，他們一定還有其他合作者。”
“茉莉，那個女人叫茉莉。”和景亞盛頹喪道︰“她的身手非常好，可以說是萬里挑一的那種好，而且對欲望很坦誠，比日本女人開放得多。”
“我想起來了，那天我和她......之後，她到我的書房拓印了什麼東西，但我當時已經很累，看了一眼就睡著了。”和景亞盛懊悔不已︰“如果她真的偷了一些重要的東西，恐怕那群人的目標不只有地鐵隧道。”
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“你手下一共有兩名戰力非同一般的保鏢，或者是職業殺手。”柯南伸出兩根手指︰“這兩個人，分別殺死了杉本蒼和雨宮一家，共同制造了雨宮滅門案。”
“三上梅介 死後，我一直想不通。如果只是為了掩蓋淺井芳子小姐燒毀神轎那晚听到的交\/合聲，真的有必要殺掉雨宮一家人嗎？
“我認為，杉本蒼真實的死因是他以為自己听的是宮司佐川先生的命令，實際卻是三上梅介 打著宮司的名義讓他辦了些見不得光的事。為了杜絕宮司和杉本蒼‘對賬’，干脆一勞永逸，順帶刺激一下宮司，讓他進一步針對上田家。”
“其實，即使沒有上田家，狂熱如涉良女士那樣的人還有不少，你們並不缺少願意為‘主’奉獻生命的瘋子。只不過上田芝索的意外更方便利用，更容易勾起民眾的情緒罷了。畢竟，讓民眾對傳統宗教失去信任，正是‘新興教派’的目標之一不是嗎？”
柯南的瞳孔呈現出一種亮得灼人的藍色︰“上田芝索只有八歲，太過復雜的對話他根本不可能听懂，更無謂害怕地跑出去不小心撞死。但誰說一定是‘听到’呢？有沒有可能，他是看到了什麼？”
“比如，被毒\/\/\/氣殺死的動物？”
柯南從手機里調出那張最開始被認為是情書的信箋︰“打消掉先入為主的印象後，我發現這張信箋其實是一個密文。”
“君ゾ私ズシゲサ毒ソプよク（你對我來說像是毒\/藥）”，“君ソ身上ソ香ベズ魅了イホサゆペ（你的氣息令我著迷）”
“這兩句話其實是在說，你們準備了毒\/\/\/氣，”柯南目光發冷，這一刻他對面前這個人的厭惡甚至超過了組織︰“下一句，擁擠的人潮，暗指策劃踩踏事故。所以，到底為什麼？”
柯南氣得手都微微發抖︰“為什麼要策劃殺掉這麼多對你無冤無仇的人！”
上元司一郎拍了拍手︰“你很厲害，小朋友。”
“這樣的你，讓我想起了另一個聰明到令人厭惡的人，但他比你強的地方就在于，他從不問為什麼。”
上元司一郎舉起手槍瞄準柯南︰“你以為我不知道你在拖延時間嗎？很可惜，我也在拖延時間。”
“不想讓我太得意，也不想讓我太不得意......呵呵，我終于明白這句話的意思了。”
“要不要往下看一看？以現在的局勢，沒有任何一個警察能夠騰出手來管你。”
柯南的心跳停滯了，他好像听到了服部平次悲痛的喊叫聲，他想撲過去看一看，可比他更快一步的是上元司一郎的手槍。
“砰——”這一槍落空。
“砰——”這一槍打中了柯南的掩體。
“砰——”這一槍，打入了柯南的腹部。
血液從口中噴濺而出，柯南瞳孔緊縮，卻無力反抗。
小孩子的身體比成年人更脆弱，柯南很快連傷口都沒有力氣捂住，意識漸漸模糊。
咦......那把槍里，只有三顆子彈嗎？那個人為什麼沒有再補刀？
徹底陷入昏迷前，柯南隱隱約約听到了半高跟踏在天台石板上的清脆聲音。