外層厚殼破開之後，通往核心的通道里仍盤踞著最頑固的反意識殘留。這些淤塞最久、執念最深，結成幾團緊密的核心殘殼，死死護住被封的原始意識。淨化小隊聯合各地意識修復者，全力投入頑固反意識的清除，這是收官之戰最艱巨的一段。
頑固殘殼與此前散淤不同，它們緊密抱團、不斷反撲，被清開一點便重新聚合，單靠淨化光束難以根除。林澈判斷，必須先由修復者安撫其中淤積了億萬年的復雜情緒，化解抱團的執念，殘殼才會真正松散。于是他讓修復者主攻情緒，小隊主攻外層，雙線並進。
各地修復者憑對反意識習性的了解，逐個安撫核心殘殼里的執念。首區修復者懂貪婪佔有，第二區修復者懂怨懟對立，它們分頭切入，以溫和意識化解殘殼里擰成一團的情緒。林澈輔以進化結晶的原初之力，把被安撫松動的殘殼泡軟，工程師再以聚焦光束徹底清除。
清除過程中，頑固殘殼多次反撲，灰暗能量化作尖刺沖向隊伍。岩晶戰士全力撐住防護壁，老周三人配合淨化光束擋回外溢，水晶覺醒者穩住隊伍情緒。反撲雖猛，卻在聯合力量的分工下被一一化解，沒有一處突破防線，隊伍始終穩住陣腳。
林澈在清除頑固殘殼時消耗較大，進化結晶的原初之力持續輸出。甦曉請復甦意識與遠程補給共同回補，陳默從星塵號接引能量，水晶覺醒者溫養林澈識海。他穩住自身，不讓催動節奏因疲憊而亂，確保殘殼被徹底化解而不留復發隱患。
一處核心殘殼化解後，被封原始意識便離喚醒更近一步。甦曉在網絡里記錄每團殘殼的清除進度，調度修復者流向最頑固的位置。隨著殘殼一團團消解，通道里灰暗越來越淡，溫潤原初意識得以直抵深處，被封的火種顫動越來越明顯。
最後一團最頑固的殘殼耗去全隊最多耐心。它執念最深、反復聚合，修復者安撫許久才松動，林澈凝聚結晶原初之力緩緩包裹，工程師與地球三人配合清除，眾人合力將其徹底化解。殘殼散盡，通往原始意識的最後屏障終于打通。
清除完成後，林澈沒有立刻喚醒，而是讓原初意識溫和包裹火種，甦曉確認通道清淨、無殘留反撲。頑固反意識被全力清除殆盡，原始意識前方再無阻隔，只待最後集中滋養，整個大型失衡區的淨化進入收尾。
這些核心殘殼之所以頑固，是因為它們把億萬年淤積的掠奪、怨懟、絕望擰成一團，靠單純外力驅散會反復聚合。修復者先入其內安撫情緒，讓抱團的執念松開，殘殼失去凝聚力，才能被真正清除，這是全程經驗在最後一戰的集中運用。
雙線並進中，修復者分頭切入不同殘殼，林澈統一引原初之力泡軟，工程師聚焦化解。甦曉在網絡里把每團殘殼的安撫進度、清除狀態同步給全隊，哪里卡住便調修復者增援，配合嚴絲合縫。
反撲最激烈時，數團殘殼同時外沖，灰暗尖刺鋪天蓋地。岩晶戰士結成防護壁，老周三人與工程師交叉清擋，水晶覺醒者穩住人心，聯合力量扛住這波沖擊後順勢反推，把反撲的殘殼重新壓回、逐個化解。
林澈持續引導結晶，識海漸感虛乏，甦曉及時調度復甦意識暖流與陳默遠程補給回補，水晶覺醒者溫養他的脈絡。他始終穩住節奏，不因疲累而加重力度，確保每團殘殼被徹底化解、不留殘余。
隨著殘殼一團團消解，通道內灰暗層層退去，溫潤原初意識直抵深處，被封火種顫動漸明。修復者們也疲憊卻堅定，最後一團最頑固的殘殼，便是全隊合力攻堅的目標。
修復者安撫殘殼執念時格外耐心，它們曾親身體會被侵蝕的痛苦，最懂得如何溫柔地松開擰結的情緒。被安撫的殘殼從抗拒轉為松散，林澈的原初之力便能從容泡軟，工程師清除時不再反復聚合，效率顯著提升。
甦曉把聯合力量的情緒狀態也納入監測，清除高強度進行時，她安排輪換，讓疲憊的修復者與隊員短暫休息，避免硬撐失誤。隊伍張弛有度，雖苦戰卻始終保持清醒，這也是全程養成的穩健作風。
每化解一團殘殼，被封火種便回應得更清晰一分，隊伍士氣隨之提振，卻沒人輕敵。林澈反復叮囑，越到最後越要徹底，哪怕一團殘殼殘留，日後也可能重新淤積。
最後一團殘殼化解後，通道內再無灰暗阻隔，林澈感知到火種就在前方安靜等待。隊伍收勢休整，確認無殘留反撲，只待集中滋養、喚醒這最後一區的原始意識。
頑固反意識清除殆盡，屏障打通，只待林澈集中滋養、喚醒這最後一區的原始意識，收官之戰進入喚醒環節。
清除頑固殘殼的過程漫長而艱苦，聯合力量輪換休整、彼此補位，林澈在甦曉與水晶輔助下維持輸出，沒有讓疲憊打斷節奏；最後一團殘殼化解，通道清淨無虞，隊伍只待集中滋養、喚醒這最後一區的原始意識，完成收官清除，為宇宙平衡恢復鋪平最後的路，也讓攻堅不留死角。
頑固反意識既已清除殆盡，林澈與甦曉稍作休整，確認無殘留反撲，準備轉入集中喚醒，不讓任何隱患遺留，確保這最後一區徹底清淨，為喚醒掃清一切阻礙，也不給復發留下任何縫隙，讓最後一區一勞永逸，迎接原始意識的甦醒，讓火種重新燃起，接續原初之流。
最後大型失衡區的核心頑固殘殼抱團反撲、執念最深，淨化小隊聯合各地意識修復者，以修復者安撫執念、林澈結晶原初力泡軟、隊伍聚焦清除，合力徹底清除頑固反意識，打通通往原始意識的最後屏障，不留復發隱患，也為核心喚醒鋪平道路。