所以盡管朱常洛和熊廷弼都認為遼兵不可用，但是朱常洛和熊廷弼的認為遼兵不可用的原因是不一樣的。
熊廷弼認為遼東鎮的兵馬疲敝已極，再加上之前高淮亂遼的舉動，使得熊廷弼不信任遼東的兵馬，認為必須要調客兵同時大規模招募新兵加以訓練才能夠保證能夠守衛遼東。
但是朱常洛對于遼兵不可用的原因是對于大明官軍整體的戰術戰法的不信任，朱常洛很清楚，要想依靠家丁制度下的大明官軍去解決女真人，朱常洛認為是不大現實的。
朱常洛在奏疏中認為，要想解決女真的問題，就必須要加強官軍，摒棄之前家丁戰術，編練新軍，提高大明官軍的大兵團作戰能力，這才是當下最重要的事情。
在朱常洛看來，女真和蒙古完全是不同的敵人，現在的蒙古，雖然看似還是草原之主，但是實際上已經是路邊一條了，不管是土蠻、土默特部，都已經四分五裂了，他們雖然每年都要襲擾大明，但是目的不過是搶掠罷了，而且從俺答封貢以來，大明和蒙古沒有大的戰事。
但是女真不同，朱常洛認為女真才是大明的心腹大患，努爾哈赤久蓄異志，又在李成梁等人的包庇之下吞並女真諸部，其志不在小，而且女真近來的擴張速度也是越來越快了，這些都是對于大明極為現實的威脅。
朱常洛認為要以薊遼兩鎮為核心，整頓大明官軍，而首先要做的就是整頓薊鎮，而不是遼東。
這點是朱常洛深思熟慮之後所作出的決定，朱常洛當然知道現在遼東才是形勢最危急的地方，但是遼東也是最難處理的地方，即便是朝廷要想介入遼東，之前的情況也已經說明了此事的難度，所以對于朝廷來說，現在就冒然的介入遼東的事情，必然會遭到遼東這些大小軍頭的抵制。
這點之前的馬林、麻貴等人已經已經驗證過了，朝廷即便是調宣大、陝甘等地的宿將到遼東來，由于這幫遼東軍頭的抱團反抗，一樣無法取得很好的效果，所以在朱常洛看來，現在朝廷要想加強對于遼東這些軍頭的控制，確實是很難的。
而在這種情況之下，加強薊鎮就成為了一個可行的選項了，原因其實也是很簡單的，薊鎮由于就是北直隸，在朝廷的眼皮子底下，朝廷對于薊鎮的控制還是很嚴格的，在薊鎮推動各項政策是有可能的，同時不管是對于朝廷還是對于朱翊鈞來說，加強薊鎮都是能夠接受的。
因為現在大家都很清楚，京營是指望不上的，指望京營威懾天下，征討不臣，還不如早點洗洗睡覺，夢里什麼都有，而在京營不振的情況下，薊鎮就成為了朝廷手中一支可靠的力量，在萬歷初年，其實朝廷也是這麼想的。
當時在張居正的支持下，戚繼光為練兵總理，提督薊鎮、昌平、真保三鎮，編練新軍，加強薊鎮的實力，使得薊鎮成為九邊之中最強大的軍鎮，朝廷以薊鎮控扼九邊，即便是李成梁當時也不敢有別的想法。
但是自從戚繼光去任之後，薊鎮就一蹶不振了，薊鎮實力下滑，就使得朝廷對于九邊的控制能力下降，所以朱常洛提出加強薊鎮，同時在薊鎮編練新軍，舉薦戚繼光的佷子甦松副總兵戚金為練兵大將，于薊鎮編練新軍，革除家丁惡習，加強官軍的大兵團作戰能力，為日後援遼做準備。
而對于遼東鎮，既然熊廷弼尚在守制之中，朱常洛轉而舉薦原江西道掌道御史袁可立，和熊廷弼熟悉遼東不同，袁可立對于遼東並不熟悉，但是袁可立長期在甦松等地任職，為人精明強干，對于賬目等事務還是很清楚的，同時對于民政的事項也很熟悉。
朱常洛舉薦袁可立的目的就是安撫遼東鎮，恢復軍屯，修葺邊牆，囤積糧秣，為朝廷征討女真積蓄力量，同時加強遼東鎮的力量，朱常洛對于遼東鎮的要求很低，只要能夠不出現大規模的潰敗就行，但是即便是這個要求，朱常洛認為對于現在的遼東鎮來說也是極為不易的。
所以朱常洛提出的看法就是整頓遼東，安撫衛所，修葺邊牆，囤積糧秣等措施，首先就是對于遼東鎮的壓制，現在這些大小軍頭們對于朝廷是越來越不恭順了，朝廷必須要有所動作，加強對于遼東鎮的控制才行。
朱常洛認為要分割遼東鎮，將遼東鎮分為遼東、開原和金州三鎮，各自有各自的防區，同時對于這些大小軍頭們，采取不同的辦法。
其中比較重要的就是開原，開原位于遼東鎮北部，西接蒙古兀良哈部，北鄰海西女真，東近建州女真，是遼東平原與松嫩平原交匯的要沖。作為遼東鎮北路的重要組成部分，開原與遼陽（遼東鎮總兵駐地）互為犄角，共同構成了大明經略東北的北大門。
同時開原和鐵嶺很近，而李成梁就是鐵嶺衛出身的，所以李家勢力在這里是很強的，而原本的遼東鎮則是正面當敵，承擔對抗女真的重任，要加強遼東鎮邊牆和鴉鶻關等關隘的防御。
對于撫順、沈陽等朝廷在遼東防備女真的重要據點加以修葺，嚴格限制女真人進入撫順關、鴉鶻關以內活動，清理遼東的奸細，而對于金州等遼南諸衛，主要是從側翼威脅女真諸部，通過海路和山東布政使司像聯系，便于朝廷調撥物資，馳援遼東。
這樣以遼東鎮為前鋒，開原、金州兩鎮為側翼，薊鎮為後衛，在遼東實施縱深防御，以戰代訓，鍛煉官軍的大兵團作戰能力，這樣才能夠保證官軍能夠應對女真。
朱常洛將自己的方略上陳朱翊鈞之後，朱翊鈞仔細看了朱常洛的方略之後，並沒有第一時間作出決定。
朱翊鈞並不是傻瓜，相反在軍事上還是有不錯的判斷力的，當年在倭寇侵朝的時候，他能夠明確判斷出倭寇之圖朝鮮，意實在中國，而我兵之救朝鮮實所以保中國。說明他在軍事上還是有預見性的。