朱翊钧的留中，主要就是针对这些奏疏的留中，对于军国要务，朱翊钧还是能够予以处理的，不过最近由于朱翊钧的年事已高，确实有些倦怠政务，但并不意味着朱翊钧放弃权柄，对于权力，朱翊钧还是看的很紧的。
不过讲官们认为现在大明的这个状态确实是极为要命的，皇帝既不相信内阁辅臣，也不相信部院和科道官员，君臣之间的关系极为紧张，上下不相交通。
朱常洛认为此事的症结还是在张居正身上，张居正当年大权独揽，把朱翊钧当孙子训，确实是给朱翊钧带来很大的心理阴影，前代如宪宗、世宗也都长期静摄，不予朝臣们接触，但是他们还是有自己的心腹臣子，通过内阁掌握朝廷。
而内阁主要就是帮皇帝挡刀的，如世宗时的张璁、严嵩等人，帮助皇帝贯彻上意等，而到了本朝，由于张居正对于朱翊钧所造成的阴影实在是太大，所以朱翊钧对于内阁一直是极为防范的，在加上和科道的关系，使得当今的君臣关系是极为紧张的。
讲官们希望朱常洛能够吸取其中的教训，还是要多和臣子们交流，朱常洛自然是满口答应下来，不过对于皇长孙的讲读问题，几位讲官们都有些头疼，由于开读比较晚，加上朱由校本身就喜动不喜静，对于讲读确实是很不喜欢，讲官们对此很苦恼。
朱由校对于经义是很不耐烦的，但是连成基命等讲官们也不得不承认，朱由校很聪明，讲官们所授，朱由校都能够理解，但是耐不住枯燥的讲读，在讲官们走后，朱常洛将朱由校叫来了，询问他对于讲读的看法。
朱由校说道：“父亲，先生们每只讲经义翻来复去，不是圣人之言就是朱子之道，有何意思？”
朱常洛听后不禁哑然失笑，这些经义的内容，确实是极为枯燥的，他对朱由校说道：“那孙编修的课怎么能听啊？”
朱由校说道：“孙编修讲的好，故而能听。”
朱常洛告诫朱由校要安心听讲，同时也要和讲官们商量调整朱由校的讲读内容，减少经义，增加史册等相对有趣味性的内容，尤其是帝鉴图说等相对比较有意思的内容，不过皇长孙的教育问题，朱常洛也只有建议权。
朱常洛向朱翊钧上疏：“讲《帝鉴图说》，指图画像如民间词话演义之比，俾皇孙与讲官日亲日熟，入而后说之，此启沃之要也，伏祈进讲。”
这次朱翊钧的批复很快，第二天就传谕内阁，令孙承宗、杨守勤为皇长孙进讲帝鉴图说。
同时对于洛阳的福王，朱翊钧也开始予以处理的，首先就是在内阁、部院的奏请之下，对于福王奏请贩盐的事情予以拒绝，并且加以申斥，将之前赐予福王的每年淮盐一千三百引削减到三百引，同时改支长芦盐。
随后，朱翊钧召缇帅王之桢、提督东厂卢受，要求厂卫对于福王府中那些民愤比较大的属官们予以抓捕，送诏狱予以处决，对于福王府的官员也要予以处理，郑贵妃也给朱常洵带话，要求朱常洵安分一点，不要在得陇望蜀了。
对于朱翊钧的这些举动，朝廷上下是极为支持的，尤其是科道，极为振奋，他们认为自己的劝谏终于有了效果，使得朱翊钧不再偏爱福王了，于是他们又继续上疏，要求朱翊钧勤御朝讲、补足缺官、广开言路等事项，朱翊钧再次祭出不报大法。
而对于父子两人最关心的辽东事宜，朱翊钧也命令厂卫广泛的搜集相关的情报，尤其是有关女真人的情报，现在叶赫部的形势已经是非常之危急了。
万历四十一年正月，努尔哈赤以乌拉贝勒布占太背信，欲娶其所聘之叶赫老女，并囚禁其所嫁与乌拉之二女，亲率大兵征乌拉，乌拉不敌，布占太仅以身免，逃匿叶赫部，乌拉部由此而亡。在此之前，努尔哈赤已先后征灭哈达部、辉发部，至此，海西女真四部已亡其三，仅存叶赫。
时任蓟辽总督薛三才和辽东巡抚张涛都向朝廷上疏说明此事的严重性，他们在奏疏中说道：“奴酋窥伺我开原，志久不小。无北关则无开原，无开原则无辽，无辽则山海一关谁与为守?臣谨修文告往谕祸福至再三矣，如其怙终，即欲讳言兵而不得矣。奴侵北关，止开原一关，而清河款市从来不容干戈之地。奴陈多兵，兵尽盔甲马，意欲何为?宜调边镇兵马先期入辽，使奴犯开原，当并力追剿，灭此朝食；倘止犯北关，亦必声言救助，问奴何必杀我七部夷属，何为夺我发给吴儿忽答等敕书三百六十三道，又何为一旦叛款，陈兵犯顺?是奴酋负反逆之大罪，我师得肆征之大义，扫除狡孽，荡除妖氛，在此举矣。”
蓟辽督抚都联名上疏要求对建州部用兵，最开始朝廷确实是有用兵的想法的，但是很快蓟辽督抚的说辞就发生了变化，尤其是之前坚决要求用兵的辽东巡抚张涛，这个时候又突然变卦，认为努尔哈赤还是比较恭顺的。
这其中的缘由，其实也不难理解，根据厂卫的密报，努尔哈赤向他馈赠金银并奉送貂衣、貂皮等物，张涛随即变换说辞，说努尔哈赤愿意向大明输诚，在奏疏中他说道：“奴恐天兵已动，潜携妻子数十人待命抚顺之外。奴若曰天朝不必疑我，加兵我，先将妻子送入就是。”
也就是提出了所谓的质子之说，但是对于努尔哈赤所请质子，在当时辽东官员、将领之中即有反对的声音，他们认为：“禄山质子祸唐，刘聪质子祸晋，宜拒。”
同时要坚持大明对于叶赫的承诺，出兵支援叶赫部，而此时叶赫部的金台石、白羊骨纷纷向明朝告急，致书“问中国救与不救”，薛三才、祖承训等人认为应该与叶赫结盟，为叶赫提供火器，但是张涛认为不应该介入这些蛮夷之间的斗争。