对于这种情况，朱翊钧自然是极为无奈的，现在大明朝廷就是这样的，正事没有几个人做，但是扯淡的事情那是大家都要做的。
面对这种情况，朱翊钧也震怒了，他御批申斥了内阁以及相关的部院，认为他们是失职无能，现在辽东方略尚未得出，朝廷如何处置尚不得知，请兵请饷，意欲何为？
在被申斥了之后，方从哲等人才老实了一些，上疏开始认真讨论起辽事来了，其中比较有见地的是原任蓟辽总督、现任协理京营戎政兵部尚书薛三才，他就指出现在辽东是处于无兵、无饷、无粮、无马的四无状态。
其中最要命的就是无兵了，薛三才在奏疏中说道：“闻辽人曩时应募者，一隶兵籍，遂同永军。非甚无聊，谁肯以军遗子孙者？”
这点确实是现在最重要的事情，原本的辽东的军士就大量逃亡，使得营伍空虚，薛三才对于辽东也还是很了解的，他在奏疏说道：“辽东极边，军士艰苦。其都司卫所军职，多务奸贪剥削，军士受害，不胜疲敝。甚至不顾名爵，偷盗赌博，无所不为。虽被告发，止是罚赎。又见前此为事充军者，遇赦俱得复职，以此稔恶不悛。”
辽东这些大小军头们虐待士卒，导致士卒逃亡，极难招募，除了无兵之外，更加重要的就是无粮了，薛三才在奏疏中陈述道：“辽东屯田流失，额粮不足，加之孤处塞外，从邻省挽输，即有年例，亦皆银钱，食粮缺额仍须就地筹集。军储不足，士卒嗷嗷待哺，以此久饥之兵，何以当建州之狂虏？”
除此之外，还有辽东的债帅问题，也是一个极为要命的事情，所谓债帅，就是借债买官，上任之后盘剥士卒还债，这种情况其实在大明九边各镇都是存在，但是唯独辽东镇是最为突出的。
薛三才和王象乾都在奏疏中说到了此事，他们在奏疏中说道：“各卫堡备御及千把总等官，镇巡官差遣，各有定价，令其借债买求。往往莅事不久，算其科敛，足勾还债本利。即便取回，另差一官。及本官使用，另差一处。皆有定价。凡客商借与银两，即随本官至彼守取。是以坐损军士，几不能生。员缺全由镇巡官垄断，成为经营之门。武职既由借债而贿买，非加紧盘剥何以偿贷？任职者期满而换，受害总是士卒。法纪荡然，体统无存，谈何战守？”
总之现在辽东的形势就是兵无斗志，将无材勇，而建州部又气势汹汹，辽东危急，莫此为甚，所以不少有过辽东经历的官员纷纷上疏，要求朝廷整顿辽东的将帅，征调有勇有谋的将领前去才行。
原巡按辽东刘五典就上疏称：“武功既可贿买，谁肯拼死疆场？而大开贿买之门，权操谁手？不盘剥军士，钱从何来？此门一开即不可收拾，私役卖放军士余丁，即各级将校之利源。虽有法令严禁，上下相维，合衙俱墨，何以处之？”
这些辽东军头们，互相袒护，尤其是在李成梁镇守辽东以来，只知有李家，不知有朝廷，上行下效，法纪荡然。
兵部也上奏称：“辽东虽有智勇，而苟非其门下与私昵不用也；虽有部推，而苟非其门下与私昵不留也；虽其门下与私昵，而苟非有厚贿重赂时常供奉，即用焉留焉不久也。各弁舍此一门，别无进身之路；而舍行贿一法，别无入门之路。不得不倾箧揭债以从之，而一官到手，又不得不剥军扣饷以偿之。以此浚克成风，贪残载道。盖辽左三十余年深沉固结之病，而近数年来，其尤甚者也。”
对于这些奏疏，朱翊钧也是很不耐烦的，辽东的这些破事，不是第一天了吧？在之前虽然也有官员上疏弹劾，但是并没有引起这么多部院官员的上疏，这次一商量辽事，大明的这些官员们就纷纷上疏，想要反攻倒算，这点朱翊钧其实是非常之清楚的。
现在朱翊钧要做的是要解决辽事，不是来算账的，不过通过朝廷上下的这个措施，至少搞清楚了现在辽东镇的家丁，辽东巡抚郭光复在紧急清查了之后上奏朝廷：“辽镇马步官军原额设九万四千六百九十三人，今已实少二万二千人。除见在老弱，其精壮不过二万有奇，而散布于三大营、两协、七参将、十二游击、二十五守备之间，单弱已甚，缓急何济。”
奏疏一上，满朝哗然，首辅方从哲上疏焦急的说道：“辽镇积年残破，岂此区区所能解救？焉能挽回溃散之人心，守漫漫二三千里之防线，御蒙古、女真交侵！今建州与我，九百里之边塞，以数万疲敝之师，何能御之？且京民二运粮饷尚欠四十四万两有奇，额饷十欠其七。辽军倍加穷苦，形势倍加危殆，鼓噪数见，易与为乱。此累卵之势，当圣心独断之时也！”
朱翊钧自然也知道其中的要害，连下三道上谕，第一令蓟辽总督王象乾、辽东巡抚迅速遣使叶赫，重申大明对于叶赫部的支持不变，同时对于叶赫部现在所需要的东西，如军器等物，上奏以闻，如数拨给，和叶赫开马市，允许叶赫部向大明换取物资。
第二再次派遣锦衣校尉询问熊廷弼，要求熊廷弼详细陈述对于辽东现在情况的看法。
第三，发内帑银二十万于辽东，散给军士，同时于辽东镇征募士卒一万，分兵把守要害，兵部、户部会同蓟辽督抚重新商定辽东粮饷，然后据实奏闻。从登莱、天津等处向辽东解运粮秣，增发本色豆料等物，增加辽东镇的军储。
朱翊钧的上谕下达之后，朝廷前所未有的展现了很快的速度，随后朱翊钧再度传出上谕，命令锦衣亲军指挥佥事陆遇与厂卫官校，御马监禁兵一千，解运内帑银，赶赴广宁，散给军士，以安定军心。