這些來自各鎮的將領，在遼東分布各地，還有遼東本地的將門，如李家、祖家等，互相的關系是盤根錯節，在任用的時候必須要考慮到這種情況。
尤其是李家，雖然李成梁、李如松父子已死，李家看似式微，但是李家諸將和門下仍然在遼東軍中有極大的影響力，這點是必須要注意的事情，李成梁的兒孫輩幾乎都在遼東任軍職，李如松、李如柏、李如梅等自不必贅言，其孫輩如李如松之子李性忠，曾任薊遼總督中軍副將，李如柏之子李效忠曾任協守開原副總兵；李如梅之子李憲忠則任遼東總兵中軍游擊。
除了這些李家的嫡系子孫之外，李家的家丁等也是一股不可忽視的力量，祖承訓雖然現在已經從李家獨立出來，自立門戶了，但是李家仍然對于祖家有很大的影響力，還有出身于卞氏家族的卞世祥就頗具代表性。卞氏家族是蓋州地區的軍功世家，本朝初年被發配到遼東成為軍戶，卞世祥的祖父卞英官至鎮國將軍，其卞文明官封懷遠將軍，其家族中官至游擊以上者多達八人。
整個遼東將門之間，關系極為復雜，熊廷弼認為遼東諸將中也並不乏有材勇之人，但是在使用的時候要加以注意，針對現在遼東的各個派系的將領，熊廷弼列出了一個詳細的名單，對于現在遼東諸將的概況和他們的優缺點都進行了點評。
熊廷弼的奏疏很長，朱常洛也看的很認真，熊廷弼確實是對于遼東極為了解的大臣，對于遼東的各級將校，熊廷弼都了如指掌，向朱常洛做了介紹。
在遼東本地將領中，熊廷弼重點推薦了三人，第一就是遼東都司都指揮同知、清河游擊鄒儲賢，熊廷弼評價他︰“韜鈐一架圖書，蘊藉滿胸武庫，雅稱儒將，迥異弁流。”和遼東系的將領有很大的不同，而且是遼東武將中不多的胸有丘壑之人。
其次就是祖大壽，熊廷弼的評價是︰“英年壯志，絕技苦操，張弧九矢無虛，橫槊萬人獨往。”對于祖大壽的勇武，熊廷弼還是很認可的，但是熊廷弼也補充道︰“胸有丘壑，恐有李銀城之心也。”熊廷弼認為他和當年的李成梁有相似之處，值得注意。
最後就是蓋州游擊梁汝貴，熊廷弼的評價是︰“報恩七尺，身輕誓死，孤軍氣壯，健兒本色，義士心腸。”認為他是遼東系將領中不多的驍將，尤其是在遼東系將領暮氣漸深的情況下。
而對于這些非遼東系的將領，熊廷弼也分門別類予以了舉薦，趙夢麟、官秉忠、李懷信、賀世賢四人受到了熊廷弼的舉薦。
趙夢麟是榆林衛人，按照熊廷弼的介紹︰“于萬歷二十七年被論听勘，迄今十年未結。及查本官先于二十四年任遼東前屯協守副總兵，威名大著，而寧前一帶諸酋帖服。趙夢麟悉惨人畜遣家丁趙子明等保小屯台，斬虜哨三級，又射斃一酋。而後副總兵李平胡、游擊崔吉、參將張應種與蒙古騎兵正面戰後，各自據險自守，獨得倚夢麟兩軍在陣鏖戰良久，多所殺傷。”
趙夢麟雖然是延綏鎮出身的將官，但是在遼東已經二十年了，以勇猛著稱，而且和遼東諸將關系不錯，是一個能夠彌合延綏和遼東系將領的不錯人選。
所以熊廷弼評價趙夢麟道︰“初不知為何許人，以杜松推薦而始知其名，領兵過遼始識其面；初署西協，再署中協，而始重其才；前年河西，去年河東，而始憐其苦。且其署西協也，正拱兔報仇之始，而支持半載，地方恃以無虞。其署中協也，又長定失事之余，而整頓一春，軍紀賴之粗立。有臣如此，何忍負之。”
熊廷弼認為趙夢麟在遼東現存諸將之中是能力比較全面，且胸有韜略的人。
其次就是官秉忠，他也是榆林衛出身，是朝廷從外鎮調來給遼東鎮摻沙子的將領，熊廷弼對于他的評價也很高，認為他是老成宿將，用兵沉穩持重，有大將之風。
在給朱常洛的評價之中，熊廷弼不吝褒揚︰“秉忠，壯烈人也，雄風勁骨，慷慨有膽。凡營堡一切弊壞事宜，向所亟欲整頓，而苦于無人者，一一付之秉忠，而秉忠亦一一任之，不遺余力。遼將全軀保妻子者往往而是，孰有真心實力、不避勞怨如秉忠者，孰如奉公憂國、不愛性命如秉忠者。假使天為之佑，無疾無病任協二三年，何患軍威不振？何患夷虜不畏？”
官秉忠是官軍中善于防御，修葺營壘，安排營務的將領，至于李懷信、賀世賢兩人，也是驍勇之輩，能夠鎮守一方或者是當先破虜的大將。
熊廷弼對于他所了解的遼東諸將都一一進行了點評，一共有八十多員將校被熊廷弼加以點評，對于他們的優缺點，熊廷弼都予以了詳細的陳述。
熊廷弼毫不掩飾對于遼東系將領的不信任，他認為遼東系將領們深度的介入了和北虜、建州等部落的馬市當中。而在錯綜復雜的貿易關系網中，遼東武將是尤為重要的一環。
一方面武將們所統領的軍隊需要通過馬市獲得充足的馬匹來源，也需要維持秩序，做好防御事務。
另一方面，則是多方貿易所產生的巨額利潤很難不令其垂涎。所以遼東系武將雖然為大明與北虜、女真的互市貿易保駕護航，但很多時候也在從中牟利，損公肥私。這一點從李成梁家族勢力的發展就可以清晰看出，但是遼東以軍功出身的勢族並不止鐵嶺李氏一家，據熊廷弼的觀察，除了熟知的鐵嶺李氏之外，還有與北虜關系密切的遼陽韓氏、崔氏以及與建州女真關系密切的佟氏，義州馬氏，前屯楊氏和寧遠祖氏。
而其中最令熊廷弼擔憂的，就是佟氏了，熊廷弼直言不諱的指出︰“若建州起事，其必為奴酋之前驅也！”