对于辽事，朝廷上下的各路嘴强王者们都开始畅所欲言了，这也是大明的一个老传统了，不管是什么军国大事，机密要务，在大明没有什么不能谈的，尤其是科道，不管什么事情似乎都归他们科道管一样。
朝廷上下为了此事是争论不休，内阁自然是体会到了朱翊钧的意思，朱翊钧希望能够对于建州缓处，先不要急着用兵，新上任的蓟辽总督王象乾也上疏，极言蓟辽残破，急需整顿，不能急于用兵，要恢复元气，整顿兵马，才能够再言兵事。
而万历朝老传统斗争自然是立马上演，给事中杨涟等科道官交章上疏，攻击蓟辽总督王象乾、辽东巡抚郭光复胆怯无为，暮气难振，这在大明官场是非常严厉的指控，目的就是想把他们两人给赶走，当然除了赶走王象乾和郭光复之外，自然是要启用正人君子才能够使得大明再次伟大。
他们当然是举荐了一大批的贤臣，如原漕运总督李三才、原吏部考功司郎中赵南星、原吏部文选司郎中邹元标等正人君子，只有他们能够稳定辽东的危局，除此之外，对于内阁，他们也提出了自己的看法，他们认为首辅方从哲毫无建树，亲昵群小，希望能够扳倒方从哲，推吴道南上位。
而相应的，齐楚浙党的官员则是弹劾吴道南尸位素餐，不能不能对于朝政有所裨益，应予罢黜，而吴道南也确实是心理素质不够强，对于东林的弹劾，方从哲都能够泰然处之，反正只要朱翊钧不松口，方从哲就老老实实在内阁待着，把这些弹章都当狗叫。
吴道南显然心理要脆弱的很多，他闭门戴罪，同时向朱翊钧上疏称：“臣辱国已甚，请立罢黜。”
但是朱翊钧祭出不报大法，对于这些奏疏根本不予理睬，既不安抚吴道南命令他回内阁理政，也不批准吴道南，这就使得外间无从揣测朱翊钧的意图。
而根据朱常洛的提请，朝廷也正在从京通仓中转运本色粮秣，解运辽东，增加辽东的军储，同时兵部、户部会同蓟辽督抚，一道商量有关辽东军饷的问题，现在朝廷要关注辽东，在辽东增加募兵，增加辽东士卒的军饷，这些都需要银子的。
户部自然是感到极为难办的，在商议之前，户部都上奏称：“辽镇主兵始定十六万余两，自万历二年起至九年止，增银十四万余两；客兵原定四万两，今亦增六万二千余两。河东自岁十一月至春正月，河西自岁八月至冬十月，每名月加银一钱，后又增至一钱五分。岁支折色八个月，增八万余金。约一年之内，增至三十余万金。今复欲增八万余，令臣部取赢何地？至闰月银两，本部向无此例。辽镇势既孤危，相应酌给。”
户部自然是老套路哭穷了，但是蓟辽督抚们也上疏陈述辽东士卒的苦处，辽东确实是现在大明九边军镇当中军饷最多的，嘉靖朝，或云辽东年例已20万余两，若加上其他请发，每年实际所入，嘉靖十年为35万余两，二十八年则近50万两。至万历十四年增至60万两。到了现在，辽东每年的京运年例银已经达到了七十万两，数额看似很大。
按照蓟辽总督王象乾和辽东巡抚郭光复的上疏：“辽东主兵，屯粮料二十七万九千二百石，荒田粮折银四百三十一两，民运银十五万九千八百两，盐引十一万一千四百零二，该银三万九千零七十六两，京运年例银三十万七千九百二十五两；客兵，京运年例银十万二千零五十八两。”
实际上辽东镇实际收到的粮饷远远没有达到七十万两之数，究其原因，主要有两个，第一就是辽东军屯籽粒的大幅度下降导致的辽东军饷中本色的缺乏，万历初辽东军屯虽增至近3万顷，屯粮却已减至 28万石，按通例四石折银一两计，仅合7万两。现在则是更少。
第二点就是户部经常性的欠饷，万历二十年，户部、兵部等会商九边军饷，议定辽东每年的军饷是七十万两，然后再议定的当年，实际拨给辽东的饷银仅有六十二万两，而在之后，辽东的军饷就更是长期处于缺乏的状态。
其后以辽东虏患不已，又复增加额兵。经两次东征，朝廷财政大亏，京运年例银非但不能如额给发，而且拖欠短少习以为常。至万历三十六年熊廷弼巡按辽东时，实发止五六十万两。
时任辽东巡抚王爱甚至以节省“羡余”、减少年例取悦朝廷，更助长各级将官的克扣之风，于是“军利于不补而得免勾呼，相率而逃；官利于不补而得扣粮料，则惟恐不逃”。
辽东军士的逃亡风潮从此一发不可收拾，逃亡士卒与管军将官双方皆有利。以故朝廷虽允许增兵添马，实则“新旧合算虽得八万，而单论原额，军减十三，马减十五”。
现在朝廷再次商议辽东饷银问题，王象乾、郭光复等人赶紧上疏向朝廷陈述辽东的现状，要求朝廷保证辽东的军饷问题。
王象乾、郭光复等人在奏疏中认为，问题更在于，辽东京运年例虽不断增加，却始终不能解决士卒温饱。年例发放以月计，故称月粮，从来本折兼支，两者比例因时因地制宜，并无统一之规。其地处险远挽输艰难者，往往本色少而折色多，令于本地籴买。一遇灾荒，粮价飞涨，则难以度日。
辽东就是如此，长期以来，辽东士卒月粮不但多发折色，而且止2钱5分，远低于他镇。就这样的军饷，户部尚且不能保证及时、足额发放，怎么能够保证辽东官军的战斗力呢？
王象乾陈奏道：“辽东旧时收成，粮食颇贱，商贾贩卖，易换有无，尚不免于饥寒。今兵荒相仍，商贾少通，使军士号啼饥寒，不惟难驰锋镝之下，亦恐生意外之虑。今辽阳城中，每银十两止籴米二石五斗。前项堡分，每官价银一两作米一石或八斗，尚少人上纳，本色不足，士卒嗷嗷，何以制虏？”