朱常洛将法司的这个结论下内阁拟票，方从哲拟票称：“旧辅张居正功在社稷，瑕不掩瑜，宜加恤录。”
朱常洛也下达御批称：“旧辅张居正受遗辅政，事皇考者十年，肩劳任怨，举废饬弛，弼成万历初年之治。其时中外乂安，海内殷阜，纪纲法度莫不修明，功在社稷，未可诬也。惟是专尚刻核，昧宠利居之戒，殃及身后，覆宗陨嗣，有足念者。然统论一生功罪，不可谓非国家任事之臣。在昔奸佞挑唆，皇考已然追悔，托之朕躬，礼部详议恤典，追复遣官，赐谥予祭，子孙有存着，着该部题名恤录。”
朱常洛将为张居正翻案一事，表述为朱翊钧受到奸佞挑唆，朱翊钧已经意识到问题，但是没有来得及纠正，只能托付给朱常洛办理，实际上就是为朱翊钧脸上贴金，维护大行皇帝的脸面。
而既然是有奸佞挑唆，自然是要惩处这些奸佞的，如果朝廷不加以惩处的，那朱翊钧的脸面就无法保全，所以朱常洛对于当年去抄没张居正的家产的司礼监太监张诚、刑部侍郎丘橓、左给事中杨廷相、锦衣卫都指挥曹应魁加以治罪。
其中张诚已经在万历二十四年春，以诚联姻武清侯，擅作威福，降奉御，司香孝陵，籍其家，弟侄皆削职治罪。其余人等也全部予以削籍，革除一应官爵赠谥的处置，尤其是刑部侍郎丘橓，在抄没张家的过程中最为狠毒，申时行等人去信劝阻都不为所动，朱常洛命令以其人之道还治其人之身，抄没家产，平毁墓穴，所有子孙永远充军，遇赦不赦。
而两位新任辅臣叶向高、吴道南也抵达京师，他们在哭灵之后，上疏请求朱常洛召见。
朱常洛于是在西苑无逸殿召见了两位辅臣，朱常洛很清楚他们两人都和东林关系很大，叶向高虽然不是东林嫡传，但是也是东林大佬，吴道南也和东林走的很近，他们见礼之后，朱常洛问道：“邹元标之前的奏疏，两位可曾见过？”
现在邹元标的奏疏在朝廷上下的反响很大，一众东林党人为其造势，将邹元标打造成在野遗贤，多次上疏要求起复邹元标等人，所以朱常洛向叶向高和吴道南询问此事。
朱常洛是想借机试探一下叶向高对于东林这些人的态度，朱常洛很清楚，尽管叶向高也是东林大佬，但是在东林嫡传中却并不受待见，杨涟等人就从来不把他当回事。
面对朱常洛的这个问题，叶向高思索了一会才对朱常洛说道：“陛下，臣昔年上疏先帝，陈当今时事之弊：今天下必乱必危之道，盖有数端，而灾伤寇盗物怪人妖不与焉。廊庙空虚，一也。上下否隔，二也。士大夫好胜喜争，三也。多藏厚积，必有悖出之衅，四也。风声气习日趋日下，莫可挽回，五也。今日对陛下，亦是此五事也。邹元标此疏，立意虽善，然欲以一疏而返积重，陛下可信乎？”
叶向高的意思是很明确的，邹元标的奏疏说的是很好，想要和衷共济，但是事实上仅凭邹元标的一份奏疏就能够扭转风气吗？叶向高是不相信的，而且对于这些人，叶向高是十分了解的，要想让他们不斗，比登天还难，所以叶向高对于邹元标的奏疏并不看好。
而朱常洛于是向吴道南询问此事，吴道南思索了一下之后说道：“陛下，今天下之事，不在于言，而在于言之必行。”
朱常洛闻言当然知道两位新辅臣的意思，他们对于这些人太了解的，叶向高和吴道南根本就不相信邹元标、钱一本等人会搞什么和衷共济，他们想要的从始至终都是一个结果，就是所谓的众正盈朝，所以对于邹元标的奏疏，两位辅臣的建议就是先等等看，观望一二再说。
朱常洛也认为辅臣们说的是很有道理的，在加以慰劳赏赐之后，令两位辅臣入阁办事，而朝廷上的东林党人也开始活动起来了，邹元标的奏疏在朝廷上流传多日，但是不管是内阁还是朱常洛都没有任何反应，这使得他们认为必须要在朝廷中造势了。
已经被起复的右通政钱一本上疏举荐邹元标、赵南星、高攀龙等贤良正直之臣，朱常洛直接将他的奏疏留中不发，不予处理。
而在钱一本的奏疏被留中之后，杨涟上疏称：“陛下既明诏收召遗佚，而诸老臣所处犹是三十年前应得之官，宜添注三品崇秩，昭陛下褒尊耆旧至意。”
这下算是给朱常洛打明牌了，他们要求给这些起复的官员加官，因为这些被起复的官员闲居多年，之前的品秩也不高，即便是起复，吏部的规矩都是原官启用，按照之前的品级加以任用，这使得他们大多处于郎中、少卿以下的职务，这对于东林来说是极为不利的。
所以他们上疏请求加官三级，这个要求当即遭到了吏部尚书申用懋的反对，申用懋上疏称：“铨政朝廷大事，岂可轻忽？起复原官，朝廷成例，岂可以人言加官三等？此非朝廷爱惜名爵之道也。”
申用懋当然是不能认同这个要求的，如果这些起复的官员都加官三等的话，那他们这些部堂大员们又往哪里安排？而且现任官员经年效劳，考满尚且不能晋升，他们悠游泉下，一旦起复还要加官三等，现任官员怎么看此事？
吏部是坚决不同意此事的，申用懋当即遭到了一众科道官员的弹劾，称他阻碍贤良，妨贤误国，请求朱常洛予以罢黜。
朱常洛不禁冷笑，之前还说和衷共济，现在一旦自己的要求得不到满足，就立即上疏弹劾重臣，这就是东林口中的和衷共济？
朱常洛对于此事并没有干预，而是坐视事态发展，科道言官交章攻讦申用懋，申用懋当然也不是什么软柿子，人家背后是有南直士绅的，自然是抗疏争辩。