这次朱常洛所召集的臣子数量和级别都是不低的，除了内阁辅臣之外，还有大明的九卿和科道官员，所谓九卿就是六部尚书加上左都御史这七卿再加上通政使和大理寺卿这九位，可以算得上是大明最有权势的部院堂官了。
朱常洛还改变了廷议的规则，以往所谓的廷议，除了老臣硕德可以被特赐座位之外，其余的所有官员都是站立的，但是这次廷议，朱常洛改变的方式，恢复了君臣坐而论道的传统，内阁辅臣和九卿重臣都有座位，但是科道言官不好意思，老实站着。
朱常洛的意思也是很明显的，就是要重新确立内阁和部院是朝廷的行政核心，降低科道的地位。
臣僚们进来之后，看着这些椅子有些摸不着头脑，李恩向这些官员们解释了朱常洛的意思，这使得阁臣和部院正卿很高兴，毕竟这是对于他们地位的肯定。
国语有言：“国有六职，或?坐而论道?，或作而行之。”在先秦两汉，三公等高级官员坐着谈论治国大道，与具体执行事务的官员形成分工。而朱常洛就是用这种待遇上的区别将阁部重臣与科道小臣加以区分了。
朱常洛到了之后，方从哲率领群臣行礼，朱常洛对他们说道：“朕闻三代之时，君臣坐而论道，略无猜疑，朕深慕之。辅臣、九卿皆系朝廷重臣，故朕特加礼遇，赐座廷议。”
朱常洛再次明确的赐座的原因和界限，就是辅臣和九卿重臣，在说明了此事之后，朱常洛就直接说明了这次召集廷议的缘由。
朱常洛问道：“迩来因起复官员一事，朝廷上下，奏疏纷纷，朕之前无暇处置，今日召集卿等，处断此事，卿等有何言，可以直言。”
面对朱常洛的这个问题，吏部尚书申用懋出来详细解释了吏部在处理此事上的章程，同时也回应了科道对于吏部的弹劾，申用懋认为，吏部铨选，是为了选拔有能力的官员，爵以赏功，职以任能，这是朝廷用人的方略，尤其是现在地方缺官严重，所以最近吏部主要就是起复那些有地方行政经验的官员，而不是科道、部司郎中等官。
朱常洛当然知道申用懋为什么这样做的，东林的势力在两个官员群体中比较庞大，第一就是科道，第二就是詹翰官中，而科道之前朱常洛点用散官翰林官和从地方州县考选县令、推官等，已经补充了大量的科道官，现在科道并不缺人，吏部不会在大量起复原来的科道官。
科道自然是不干的，杨涟、左光斗等人相继出来陈述自己弹劾吏部以及申用懋的理由，首先就是吏部选司选人不公，他们认为吏部选司选人应该以公论为主，朝廷公论认为哪些人贤明，就应该优先启用这些人，而且这些闲废官员，之前是因为直言上疏而受到惩处的。
他们因为上疏直言而被惩处，闲居长达数十年之久，朝廷应该加以补偿，加官以示优待。
朱常洛听了之后，并没有任何表情，他说道：“卿等都说说自己的看法吧。”
首先反驳的就是吏部尚书申用懋，他起身说道：“陛下，朝廷用人，岂可以言而论之？吏部选官，以文选、考功两司，查照考成、考语以及是否有过犯为据，量才取用，若以所谓议论选取，吏部何能为？不若以科道兼吏部。”
申用懋显然是不能答应此事的，如果按照他们的说法，那吏部岂不是沦为了科道的工具人，要启用谁、升迁谁，都要以科道的所谓公议为准，吏部的职权将会全部被侵夺，吏部怎么可能罢休。
但是科道这边显然是不答应的，他们认为吏部铨选就是有黑幕，不听公论，怎么能够选取出德才兼备的臣子。
朱常洛问道：“九卿有何看法？”九卿之中，除了吏部尚书申用懋发表了看法之外，其余的重臣尚未表达自己的态度。
礼部尚书孙如游出来说道：“陛下，臣司职礼部，本不当言铨政，然何谓礼？纪纲是也；何谓分？君臣是也；何谓名？公、侯、卿、大夫是也。是三代之政，天子统三公，三公率诸侯，诸侯制卿大夫，卿大夫治士庶人。贵以临贱，贱以承贵。上之使下，犹心腹之运手足，根本之制支叶；下之事上，犹手足之卫心腹，支叶之庇本根。然后能上下相保而国家治安。先贤有言：冠虽敝，必加于首；履虽新，必关于足。是故唐尧虞舜以礼乐治天下也。”
孙如游接着说道：“陛下，铨政自有章程，何劳他人置喙？吏部铨选，而科道纠劾，内阁审查，陛下定夺，此有名有分之法也，若必以所谓公论见去，是乱礼而违法也！”
朱常洛不得不在内心也孙如游点了赞，不愧是老一代的做题家，思路清晰，论据扎实，即便是想驳斥也很难，孙如游没有去纠结吏部的铨选是否公平这些细枝末节的事情，而是从朝廷礼制出发，对于科道的观点加以批驳。
孙如游的意思是非常之明确的，铨政是有章程，而科道的所谓以公论选官，违反了铨政的章程，这是违法，而科道以七品卑官，而凌驾于吏部之上，这是乱礼，从礼法上讲，此事就断不可行。
面对孙如游的这个观点，科道一时之间是无法予以反驳的，而大理少卿署寺事董其昌也出来说道：“陛下，以人言而知人，可谓难矣！夫以廉颇、子胥之能，庞聪、寇准之才，尚不能免，而以臣等之驽钝，何能以只言片语，察其贤愚，知其可用乎？”
董其昌也从实际操作的角度反对这个问题，所谓公论，根本就是不负责的做法，公论推举的臣子，就一定是有才干，有操守的官员吗？如果这些人贪赃枉法，朝廷向谁追究责任？
其他的重臣们也对于此事表达了不同的看法，除了左都御史张问达仍旧保持了中立。