朱常洛说道：“点用阁臣，祖宗之法即廷推、中旨皆可，科道放肆妄言，朕断不能忍，叶阁老你说呢？”
叶向高赶紧说道：“用舍任黜，此人主之大权也，臣等不敢僭越。”
朱常洛冷笑一声说道：“你们这般大臣们不敢僭越，科道科道小臣僭越，如何处之？”
这点确实是很大的问题，现在科道频频上疏，即便是朱常洛动用庭杖，也不能完全解决问题，毕竟如此一来，孙如游就成为了一个跛脚的阁臣，这点朱常洛还是很清楚的。
叶向高说道：“陛下，事缓则圆，陛下何妨暂缓一二，不必事事处置，再看看呢。”
朱常洛当然明白叶向高的意思，现在朱常洛和科道已经是尖锐对立了，这让这些辅臣们也在其中没有操作的空间，所以叶向高建议暂时缓一缓，一来是给这些辅臣们以操作的空间，二来就是要看看朝廷上的风向，孙如游也不是什么孤家寡人，秦桧还有几个党羽呢，何况是当朝大宗伯？
朱常洛同意了这个想法。
很快，工科给事中李春烨上疏称：“以言事君者在台谏，以人事君者在大臣。今言官言人即以言官勘之，是下水之牵也。言官争其不可勘，即吹毛洗垢以罚治之，是连株之法也。且谓综核在朝廷，言官不得预为摹拟，则后来是非赏罚惟九卿主之，而科道可以一鸣辄斥。是揽权之渐、钳口之术也！至重臣借言乞病，暗行挑激，组织言官之言，以参驳圣言，而又祈皇上加意培植，勿使老成凋谢。是于已则未去，而先虑弃帷于人，则临阱不惜下石也！皇上初嗣服，如蒙泉旭日，惟恃辅臣九卿，体国爱人，以善成之大臣与谏臣为二，则必与内臣为一势，必私有所托以寄腹心，别有所借以行威福。天下事将有不忍言者！乞严谕二三大臣，无偏无党，矢公矢虚，一言当即采之，无龃龉言即不当亦置之，勿索瘢以尧舜致君，以禹皋自靖，幸甚矣！”
李春烨的上疏其实就是在调和此事，既劝朱常洛不要轻易惩治言官，同时言官也不要搞党同伐异那一套，随后吏部尚书申用懋、侍郎李腾芳、刘一燝、韩爌等人也都纷纷上疏，指出中旨入阁并不是朱常洛有意和朝廷作对，也是祖宗以来点用阁臣的办法之一，只要孙如游本人没有问题，就应该准许入阁。
而朝廷中的东南士绅们也纷纷上疏予以支持，孙如游也不是白混的，毕竟出身簪缨累世之家，自己又宦海沉浮几十年，能没有几个朋友吗？只不过之前科道声音太大，他们的声音被遮掩了罢了。
而现在部院重臣们相继支持孙如游入阁，甚至还有不少原来朱常洛的讲官们，他们都上疏支持，而叶向高等人也在背后压制东林，不要狗叫，免得被朱常洛重惩。
而现在朱常洛所关心的是蓟镇的事情，派去的钦差陆遇等人也已经将相关的情况奏明朱常洛了，遵照朱常洛的上谕，对于煽动哗变的军官，一体斩决，所有世职一律予以革除，王象乾、戚金等人也在安排新的军官，统御石塘路官军。
同时王象乾也向朱常洛上奏了石塘路的后续处置方案，现在石塘路的防务，由总兵满桂率领蓟镇机兵负责，原石塘路的守军，全部被拉到三屯营整训之后，将其中老弱退回本卫，拨给土地耕种，将其中的强壮者，整训之后予以打散，编入蓟镇各路之中，以防他们再度哗变。
对于王象乾的这个处置办法，朱常洛还是认可，同时魏忠贤也向朱常洛奏报了相关的情况，对于涉案各将弁的家产，魏忠贤也进行了查抄，金银等八万余两，田产二千六百余顷，其余珍玩房产等物一千余。
朱常洛下旨，将已经处决的将弁传首九边，吴希汉、郭济川押赴北镇抚司严审，派锦衣亲军赴辽东逮二人阖家，不准一人漏网，将他们贿赂的官员一一予以处置，涉案金银等物解入内承运库，田产分配给士卒耕种，每名士卒给田五十亩，耕牛一头，农具等物从遵化铁厂调拨，五年免征，五年之后，按照民田起科。
同时向朝廷公布处理结果和此事的始末，朝廷上下得知之后也是十分的震惊，大明兵变并非什么稀奇的事情，但是处置的这么严厉还是第一次，尤其是涉案的军官，一共一百三十员，全部予以斩立决，可见朱常洛处置之酷烈。
同时这些人的世职也全部被剥夺了，处置之重，也是前所未有的，而且此事还没有完结，吴希汉、郭济川被下北镇抚司严审，肯定是要揪出他们行贿的对象，这就不仅仅是武官了，恐怕不少的文官都要牵涉其中，以朱常洛处置此事的酷烈程度，恐怕必然予以严惩。
这下之前还跳的很厉害的言官们也闭嘴了这个时候在跳出来就是找死了，朱常洛随后下达了上谕称：“百姓之日穷也，以天下贪吏多而惩贪之法弛也！铨司之考功止于罢职，抚按之弹治极于为民，夫有余之金钱高田广宅亦何所不愉快，且有网漏之吞舟，官高于金铸者矣！间有二三孤寒清苦者，又往往困于致身之无资，然则廉吏安可为，贪吏安可不为也？谓激浊扬清洵今日第一义也！部院严加查访，由贪墨者，立绳之。大明法有明典，律有明文，当斩则斩，当绞则绞，欲以一死而逃追赃之网，则朕之三尺，必加诸于彼等之三族也！”
对于大明现在法纪废弛，官员贪墨的行为，朱常洛自然是很清楚的，所以这次颁布上谕，要求各部院有司严惩贪墨，同时必须要严格追赃，不准徇私舞弊。
而备受关注的东林大佬邹元标，也抵达了京师，请求朱常洛召见，此事自然是备受朝廷上下关注的，邹元标作为东林大佬，人气很高，这次朱常洛召见于他，东林还是寄予很大的希望的。