得知此事的左都御史张问达和右都御史邹元标都是极为震惊，立即查看方震孺所查获的书信、文书、器物等物品，同时请锦衣亲军的人来看，还要上奏朱常洛，请内廷派人来验看这些器物。
同时方震孺也亲自提审庄士龙，面对方震孺的提审，庄士龙一脸无所谓的表情，对方震孺说道：“方御史，你拿了小人，自以为是奇功一件，可是未必如你所愿啊。”
方震孺说道：“本官如何，不用你来操心，不过本官劝你，还是在本院老实交代了，否则本院审不了，自然是将你移送诏狱，那可是个好去处啊。”
方震孺用诏狱来吓唬庄士龙，但是庄士龙全然不为所动，他直接说道：“左右不过一死，死在都察院和死在诏狱，又有什么区别呢？”
方震孺见庄士龙不交代，便准备用刑，他确实是将庄士龙当成奇功一件了，对于此事是十分之重视的，但是张问达将他们叫来了，张问达和邹元标商量之后，要求庄士龙先向朱常洛上奏此事，请旨之后再做区处。
他们的想法是很简单的，此事涉及到内廷，很多事去必须先奏报朱常洛，而且这个奏报的形式也是很关键的，不能先直接奏报刘朝、郑养性的名字，这样就明牌了，先隐去名字，敲山震虎。
方震孺于是向朱常洛上疏称：“京师五方杂处，奸宄丛生。如臣搜假印时，得山人庄士元文书一卷，皆系罪珰、戚畹之辩揭。其他走空神棍，实繁有徒，或造假单，或布蜚语，生无影之风波，遗大毒于善类。此辈不驱除，巡城者不得谢其责。”
而邹元标、张问达则通过密疏的形式向朱常洛奏报此事，朱常洛收到方震孺的奏疏和邹元标等人的密疏之后，自然是极为愤怒的，刘朝等人，也算是慈庆宫的老人的，朱常洛咨文待他们不薄，可是他们却如此报答朱常洛，这是决不能容忍的。
朱常洛将李恩和魏朝叫来，问道：“外庭有传言，说是有人盗窃宫内宝物，你们一个是司礼监掌印，一个是提督东厂，这事情要给朕查清楚。”
随后朱常洛御批了方震孺的奏疏道：“如此含糊上奏，岂非人臣之本分？所奏何人，明白回话！”
方震孺也直接上奏称：“罪珰刘朝，戚畹郑养性也。”
这下朝廷上下再次激动起来，本来之前朝廷上下就对于郑氏极为不满，这下好了，在出现郑养性和宫内内侍相勾结的事情，这对于朝廷来说无疑是态度极大的刺激了朝廷官员们的神经。
王之寀、陆大受、魏光绪、魏大中等人相继上疏，请求严究此事，并且将此事和之前的梃击案并案处理。
陆大受等人在奏疏中说道：“《春秋》之法，诛贼即急诛夫党贼之人，谓人人起而诛贼而莫之与，则人莫敢劝于为贼，而为贼者孤，篡弑之祸亡也。今一夫奋梃，曹起而讙之，是何举朝皆党贼者，而执政者不以问也？《春秋》之法诛意，谓恶莫憯于意也。然则阑入慈庆，非张差之意，固郑国泰之意也，请严诛正法，以为后来者戒！”
王之寀更是上了一份复仇疏，直指当年梃击一案没有揪出幕后真凶，导致现在郑养性还能如此猖獗，王之寀在奏疏中称：“张差持梃犯宫，安危止在呼吸，此岂可不问？刘廷元、胡士相、刘光复、姚宗文等人，皆逆臣也！廷元巡视皇城，既不能慎毖其初，又不能穷治其后，祸起仓卒而若不睹，功归二三老公，而若不闻，则非不忠，何以为不忠乎？盖貌必不可以死张差也，廷元逆知法官必不敢为台议，遂成不结之局！”
王之寀在奏疏中激愤的说道：“而今国仇未报，国法未伸，国泰虽死，而不能逃之于大典，罪不容诛，法当开棺戮尸，夷其族，赭其官。为今之计，惟乞皇上与阁臣深图蚤虑，贵妃用女官侍奉，毋令中使往来，听其自裁！”
王之寀这份奏疏，杀气腾腾，赢得了不少官员的认同，他们纷纷要求严究此案，将盗宝、梃击和交通内侍三案全部并案，一道严查，彻底追究郑氏一家之罪。
但是朱常洛没有理会这些科道言官们的上疏，朱常洛很清楚，大佬们还没有出手，现在此事还在酝酿之中。
而很快，各位大佬们就出手了，首先就是太常少卿高攀龙上疏：“要使孔子而作《春秋》，定首罪，必罪在不讨贼之臣，何也？《春秋》书赵盾为弑，惟以其不讨贼也。不讨贼何以即名为弑？以盾为正卿也。《传》曰：深责执政之臣。然则自乙卯以迄庚申，其时执政者谁？讨贼者谁？甚晰也。何以迄今未奏也？且非独不讨而已。张差直入慈庆，当时逆天之变，业经圣目，岂可不究？此敷天忠臣义士所以唏嘘感愤而不平也！”
这份奏疏的含杀量是很高的，高攀龙没有是追究郑氏，在他眼中，郑氏一家现在已经是一条死狗了，没有任何意义，真正要追究的是当时那些不讨贼的臣子，说白了，就是当时持疯癫之说的所有官员，都是不讨贼的逆臣，这些人比之郑国泰还要可恶。
朱常洛当然是知道高攀龙说的是谁，他们主要是两类人，第一就是刘廷元等浙党，他们主张疯癫之说，不愿事态扩大，使得东林借题发挥。
第二就是当时的阁部重臣，他们被朱翊钧所制，要求将此事大事化小小事化了。
现在高攀龙等人的矛头直指方从哲，他们认为：“从哲不能讨，反从而护之，从哲真无人心者，何以迄今未奏也？”
所以朱常洛看的很清楚，追究梃击案是假，他们借此搞政治清算是真。
而方从哲的态度也是很坚决的，当即上疏请罪，请求罢黜，不对此事进行任何辩解。朱常洛当然明白方从哲的意思，方从哲当时是受神宗皇帝的指示了结此案的，现在辩解，必然将神宗皇帝给拖进来，所以方从哲不能辩解，要维护神宗皇帝的名声。