主世界，米洛斯岛。
丰饶之神土地云降临后，三神之间的战斗变得更加激烈。
“吼——！”
土地云发出一声咆哮，试图压制另外两个正在闹事的熊孩子。
它挥动有力的手臂，从大地卷起一道道岩石屏障，想把龙卷云和雷电云分开。
但是，龙卷云和雷电云根本不听。
它们反而把矛头对准了这个新来的搅局者，狂风和雷电汇聚在一起，朝着土地云攻了过去。
三位传说的宝可梦，就在丰饶之社的上空打了起来。
大地在震动，天空也变了颜色。
能量的余波向四周扩散，整座米洛斯岛都在这股力量下发抖。
“太、太可怕了……”艾莉丝抱着牙牙，躲在神社的柱子后面，小脸一片苍白。
“这就是……传说宝可梦真正的力量……”天桐声音里也满是惊叹。
只有小智，脸上看不出害怕，眼睛反而亮了起来。
他的体质能够抵御这些战斗余波，而觉醒的波导之力和超能力，则让他清楚的感觉到三位神明内心的骚动。
“它们……在哭泣。我能感觉到龙卷云和雷电云体内那股想破坏一切的冲动，但根源好像是焦躁和不安。而土地云……它的力量，是在为这片被伤害的大地愤怒！”
就在这时，一阵奇怪的笑声从不远处传来。
“既然你诚心诚意的发问了！”
“我们就大发慈悲的告诉你！”
“为了防止世界被破坏，为了守护世界的和平……”
武藏、小次郎和喵喵三人组不知道什么时候，已经驾驶着一台造型夸张的新机器人，从森林里钻了出来。
“就是现在！目标，三只传说宝可梦，一网打尽喵！”喵喵按下了发射按钮。
一张闪着紫色电光的大能量网，从机器人手里射出，罩向了混战中的三位神明。
土地云甚至没有回头，只是随便跺了下脚。
“轰！”
一道尖锐的岩石长枪从地面猛的升起，刺穿了能量网的中心。
“啪”的一声，能量网碎了。
龙卷云和雷电云则像是找到了共同的出气筒，同时把一道暴风和一道十万伏特，轰向了那个碍眼的机器人。
“轰——！！！！！”
在小智等人已经习惯了的目光中，火箭队的机器人连同他们的计划，又一次炸开了。
“好讨厌的感觉啊——！”
赶走了烦人的苍蝇，三位神明的战斗却没有停下的意思。
土地云虽然实力很强，但在以一敌二的情况下，也慢慢落了下风，身上开始出现被风刃割开和被雷电烧伤的痕迹。
“不行！土地云大人快撑不住了！”佑人焦急的喊道，“复活草虽然已经发芽，但还需要土地云大人施展丰饶之力才能完全成熟！再这样下去，仪式还是会失败的！”
听到这话，小智的眼神一凝。
他看向远方森林中，那道一闪而过、全身透明的小身影。
是美洛耶塔？
小智脑中闪过一个念头，一个计划瞬间有了雏形。
“天桐，艾莉丝，你们想办法吸引龙卷云和雷电云的注意！几秒钟就行！”小智大喊道。
“皮卡丘，我们走！去把那位观众请过来！”
不等同伴们反应，小智已经带着皮卡丘，飞快的冲向了森林深处。
天幕之上。
看着屏幕里，菊子狼狈逃窜的身影，全球观众都爆发出一阵欢呼。
【可尔妮：“赢、赢了？！太帅了！阿桔先生的忍者战术和小绿先生的冷静指挥，简直是完美的组合！”】
【雁铠：“这就是智斗的魅力……看起来赢不了的敌人，却在一次次精妙的布局下，被逼入死角。这场对决，很精彩！”】
【大木博士：“呵呵，菊子，我的老对手……没想到，你也有被小辈们逼到这个地步的一天。”】
天幕画面中，洞窟内的强光渐渐散去。
看在老相识的份上，消失前的菊子，还是提醒了小绿一句。
“小鬼，别高兴得太早。抬头看看天上的信息吧。”
小绿和阿桔听了，疑惑的抬起头。只见洞窟顶部的岩壁上，不知何时出现了一片奇特的光斑。
那光斑不停的闪烁变化，最后组成了一行行清晰的文字。
是小霞的宝石海星，通过光的折射与闪烁，从另一个战场传来的光之讯号。
（参考奥特签名）
【希特隆：“了不起！利用宝石核心反射光线的特性，进行远距离的信息传递！这需要对光的折射角度和闪烁频率进行非常精密的计算啊！”】
通过宝石海星传来的情报，小绿和阿桔得知，四天王正在派遣他们的宝可梦军团，在关都各地收集道馆徽章。
“我虽然在单打独斗中输了，”菊子的声音在洞窟中回响，带着不甘和嘲弄，“但作为一个集体，我们四天王的计划，依然在一步步进行！很快，所有的徽章都会被集齐！”
话音刚落，整座苏芳岛突然剧烈的摇晃起来。
“轰隆隆——！”
大地震动，地面裂开一道道深不见底的沟壑，好像有什么东西要从地底出来了。
菊子看着两人震惊的表情，发出了最后的宣言：“我就是指挥那些宝可梦军团的人！利用你爷爷年轻时研究的远程控制系统，我不但能远距离操控成千上万的宝可梦，还能让它们使出特殊的合击技！这套控制手段，也用在了希巴的身上！”
“只要第八枚徽章到手，那股力量就会被增强到极限！而那种程度的能量，只能用更强的能量来驱散——可惜，那种力量，根本不存在于这个世界上！”
“好好享受这最后的末日吧！大木的孙子！”
说完，菊子的身影就彻底消失在了烟雾之中。
就在这时，小绿口袋里的图鉴，突然剧烈的共鸣震动起来。
这是只有三个从真新镇出来的、真正的图鉴持有者相互靠近时，才会出现的特殊共鸣。
这意味着……图鉴已经回到了小赤的手中！他就在这座岛的某个地方！
“小赤……”
想到自己那位总是冲在最前面的搭档，小绿的眼神瞬间变得坚定。
他没再理会身旁还在发愣的阿桔，转身骑上自己的喷火龙，朝着图鉴共鸣最强的方向，飞速赶去。
画面再次切换，回到了正在自行车上飞速前进的小赤和正辉这边。
正辉听完小赤讲述的、被神秘人所救的经历后，半天说不出话来。
“你说的那个人，难道是神仙下凡吗？！”
也就在这时，小赤的图鉴同样发出了嗡嗡的共鸣声。
“是小绿和小蓝！”小赤心里一喜，“他们也在这附近！太好了！”
他立刻加快了骑车的速度，打算尽快和两位老搭档汇合。
随着菊子的战败，苏芳岛的战局焦点，只剩下了最后一处。
也是最惨烈、最关键的一处——小黄与最终boSS，阿渡的决战之地。