最后一个比较强势的首辅就是王锡爵了，王锡爵赋性刚强，而且深得朱翊钧的信任，同时对于当时大明官场的现实也是极为了解的。
曾经王锡爵就对时任文选郎中顾宪成说：“当今所最怪者，庙堂之是非，天下必欲反之。”
顾宪成则说：“吾见天下之是非，庙堂必欲反之耳!”
因此东林党视王锡爵为眼中钉肉中刺，必欲将其逐出朝廷，万历三十五年，朱翊钧本想再度启用王锡爵，但是被李三才所破坏，王锡爵从此杜门不出。
而从王锡爵之后，大明内阁的权力就日渐弱小，赵志皋就是其中一个很典型的例子，他担任首辅的时候已经七十多了，本就精力不足，再加上赵志皋性格相对温和，言官们可以任意的欺负他，说他四无阁老，无才、无德、无能、无为。
连一向好脾气的赵志皋都激愤的说道：“同一阁臣也，往日势重而权有所归，则相率附之以媒进。今日势轻而权有所分，则相率击之以博名！”
平心而论，赵志皋并不算很差的阁臣，在他担任辅臣期间，内有哱拜之乱，外有援朝之役，再加上旷日持久的国本、矿税之争，赵志皋是竭力在其中调和，保证朝廷的正常运作。
但是这帮孙子并不买账，赵志皋开始担任首辅时，正值西华门受灾，御史赵文炳抨击他，吏部文选司郎中顾宪成等人以文选司全体辞职来驱逐赵志皋，实际目的是要激起朱翊钧的恼怒。
此后给事中张涛、杨洵，御史冀礼、况上进，南京大理评事龙起雷相继上疏弹劾赵志皋。而巡按御史吴崇礼弹劾他的儿子两淮运司副使赵凤威，赵凤威被停止俸禄。不久，工部郎中岳元声极力陈述应该将赵志皋驱逐。给事中刘道亨进行诋毁最为积极。
即便是如此，赵志皋身在病榻，对于罢除矿税、册立皇储等事项，屡次尽力草拟奏疏争辩，直到去世，却还被这些人所奚落。
而在赵志皋去位之后，大明首辅的权威就一日不如一日了，之后的首辅们更是受这些言官小臣的摆布，不能施展抱负，整肃朝纲。
现在东林党的声量是越来越大，提出了所谓的进君子，退小人为务，甚至到了公然干预朝廷铨选的地步了，什么是君子？东林就是君子，反东林的就是小人，对于这些斗争，朱常洛自然是很清楚的。
所以对于李腾芳所提出的用其人而不用其党，朱常洛还是很赞同的，对于东林党内的一个有才干的人，是可以使用的，即便是朱翊钧，对于叶向高等人也还是很器重的，但是对于党争，则是要坚决予以压制的。
而在时间就这么不紧不慢的流逝着，万历四十三年七月二十，一位从辽东归来的严家家丁匆匆回到了严绍庭的府上，同时带回来了祖承训的亲笔信，严绍庭向祖承训去信，主要是询问现在辽东的状况和建州女真的情况。
作为辽东的旧将，祖承训向严绍庭坦陈，以现在辽东之兵，别说剿除努尔哈赤，就是守卫辽东，在祖承训看来也是不可能完成的任务，努尔哈赤现在已经坐大，成尾大不掉之势。
万历二十年六月，海西四部联合劫掠建州户布恰寨，被努尔哈赤击败。其后，四部又纠合蒙古科尔沁、锡伯、卦尔察与长白三部剩余的两部朱舍里、讷殷，组成三万余人的九部联军，于九月大举进攻努尔哈赤。
努尔哈赤沉着应战，先侦察敌军路线，再设伏于地势险要的古勒山区，叶赫等兵不知有诈，长驱直入伏击圈地，努尔哈赤率兵突出，一举打败九部联军。
叶赫部贝勒卜寨因战马路倒，被建州士兵杀死。乌拉部贝勒布占泰被俘，科尔沁首领明安仅以身免。努尔哈赤在古勒山之战中获得人畜甲胄不可胜计，从此威震诸部。
从此战开始，努尔哈赤逐步吞并女真诸部，万历三十八年，努尔哈赤用兵东海女真，先后派扈尔汉、额亦都等远征滹野路、那木都鲁、绥芬、尼马察、雅揽路、乌尔古宸、木伦等处，俘获上万人畜，势力直抵海滨。
万历四十年，努尔哈赤又以布占泰背盟与虐妻等为由，亲征乌喇，毁其六城，经布占泰求和而班师。布占泰继续虐妻并求援叶赫，努尔哈赤于翌年正月再征乌拉，平定其部，收编其众，布占泰流亡叶赫。努尔哈赤三次向叶赫索取布占泰，叶赫不从，努尔哈赤于九月征讨叶赫，破乌苏等十九寨，李成梁出面调停才保住了叶赫部。
此后，努尔哈赤连年远征东海女真，掠夺人口。现在除了叶赫部之外，其余的女真诸部几乎尽为其所有，部落内部丁壮不下五万，并且努尔哈赤在加紧和蒙古诸部的联络，并且久蓄异志。
蒙古内喀尔喀巴约特部达尔汉部长之子恩格德尔于万历三十四年十二月带领内喀尔喀蒙古五部之使齐赴赫图阿拉城，向努尔哈赤进献驼马，尊努尔哈赤为“昆都仑汗＂（即恭敬汗），努尔哈赤始有汗号。
此外，他在致朝鲜方面的回帖中自称“女直国建州卫管束夷人之主佟奴儿哈赤”。此后，他在与朝鲜的交涉中屡屡使用“建州等处地方国王佟”、“建州等处地方夷王佟”等僭称。反心已经昭然若揭的，这些事情，辽东将校们其实都很清楚。
虽然努尔哈赤仍在朝贡，但是明眼人都很清楚，这只不过是在麻痹大明罢了，因为现在女真诸部还没有完全被努尔哈赤所掌握，所以他需要时间消化这些已经被他吞并的女真诸部，一旦他完成对于女真诸部的消化，必然会对大明动手的。
其实辽东的很多将校也早就发现了努尔哈赤的不恭顺，就在今年三月，蓟辽总督薛三才就上疏称：“建州、海西诸夷世受抚驭，故进贡许一年一次。每次贡夷数逾千名。天顺、成化间，为其供费浩繁，量议裁减。嗣后，仍复加至一千五百名。其不禁多夷人入京者，盖谓来享王所以尊天朝之体，然非制也。迨奴酋强富日盛，跋扈渐生。一入贡而横索车价，殴死驿夫，甚且招亡纳叛、蓄马练兵、谋益叵测。”