薛三才的奏疏到了兵部之后，兵部拟的意见是：“照北虏俺答事例，免其入京，俱在边守候赍赏。一应折宴、折程口粮照例给发。”
兵部的意见是努尔哈赤这次进贡人数只有15人，且只是到达边地，没有进京。努尔哈赤欣然接受，并没有表现出任何的不满。
在之后薛三才还上疏朝廷称：“奴酋自退地罢碑之后，益务为恭顺，今以千五百之贡夷而减至于十有五名，岂不惟命是从哉！然夷狄犬羊，安能保其百年恭顺？惟宜修我战守之具，戒严以待，何可以纳贡减夷辙视奴酋为易与而遂泄泄驰备也。”
虽然薛三才还是认为女真犬羊之性，不可不防，但是其中得意自满，自以为女真恭顺并且为自己请功的潜台词不言而喻了，对于这些事情，祖承训都详细的告诉了严绍庭。
祖承训对于此事也是极为忧虑并且极为矛盾的，作为辽东的地头蛇和军头，养寇自重是从李成梁以来的一向对策，辽东的大小军头们都是这么想的，他们当然知道努尔哈赤最近一直是在默默地扩张自己的实力，甚至对于努尔哈赤打探辽东乃至于关内的情况，这些军头们都是很清楚的。
军头们的想法是很明显的，努尔哈赤必然不会安分守己，而一旦他对大明发难，朝廷就必须倚仗辽东的这些军头们来对抗努尔哈赤，而到时候这些辽东军头们就可以借机向朝廷索要粮饷，豢养他们的家丁，壮大自己的力量，这是他们打的如意算盘。
他们认为努尔哈赤即便是崛起，不过是一个女真酋长罢了，成不了什么大气候，但是祖承训毕竟是跟随李成梁父子征战的老将，该有的眼光也还是有的，祖承训对于这些军头二代们的这个想法是不置可否的，对于辽东的现状，他还是很清楚的。
当年跟随李成梁东征西讨的老将大部分都已经故去了，剩下的也都是像祖承训这样风烛残年的老头的，现在领兵的都是这些二代们，他们没吃过苦头，也没打过硬仗，他们最大的本事就是欺负手下的军户和克扣军饷粮秣等，指望他们去对付女真人，祖承训是是很担忧的。
所以在给严绍庭的书信中，祖承训向他介绍了现在辽东尤其是努尔哈赤部的清理，祖承训在信中说道：“奴酋以牛、马、羊、豕、子女、金钱，岁结宰赛、拱兔等酋。明攻北关，暗扰辽地，实辽东之大患也。”
不仅仅如此，由于之前高淮乱辽，大量的卫所军士逃亡，而努尔哈赤收留了很多从辽东逃亡的军士，同时在努尔哈赤的手下开始聚集一些“明刑法、习星占、谙韬钤之南人，充入幕之宾，倨军师之位”，野心可谓不小。
祖承训不无担忧的说道：“九塞之夷，辽左为甚；全辽之夷，建奴为甚。”
努尔哈赤一方面不断指使他麾下的部落挑衅大明，试探大明的底线，而另一方面当大明的辽东官府责问的时候，努尔哈赤就装作十分恭顺的样子，麻痹大明。
祖承训就指出，努尔哈赤一方面“日惟生聚、修筑、训练为急”；另一方面则对朝廷官员及辽东巡抚的指责“吁号冤枉，申递汉字词揭，求要面赴京师申诉”，以致遵照辽东地方官员的要求，呈上“甘结”，撤出占据的耕地，表现颇为恭顺。这显示了努尔哈赤的韬略。
祖承训认为努尔哈赤所图非小，绝对不甘心仅仅只当女真之主，从他种种行为来看，他恐怕所图谋的不仅仅是辽东，祖承训对于大明在辽东的未来是极为不看好的。
从李成梁以来，试图养寇自重，费许多心力，封他官号、厚他赏赉，想要对于努尔哈赤加以羁縻，都是无用的，还不如养一狗、一猫，犹有一家之义。
努尔哈赤欺诳中国，如鬼如蜮现在已经是极为明显的，但是祖承训已经是致仕的官员，再加上其子祖大寿又刚刚受到朝廷严惩，在这种情况下，祖承训不愿上疏说这些事情，但是严绍庭既然问到了，作为老友，祖承训希望通过严绍庭向朝廷提醒此事，早做准备。
祖承训在给严绍庭的信中说道：“我于东虏情尽恩隆已到极处，再加不得；东夷反面背恩亦到极处，再信不得。问罪之师诚不可已。然辽兵不足，必调大兵方可也。”
严绍庭看完了祖承训的书信之后，也意识到了现在辽东情况已经是极为不乐观了，祖承训是辽东宿将，也是李成梁死后辽东将门的代表人物，如果辽东将门真的有把握按住努尔哈赤，祖承训绝对不会在给严绍庭的书信中说希望朝廷调集诸镇援兵来的话。
在这些将门的眼中，辽东恨不得是他们的辽东才好，朝廷只要把粮秣发给他们就行了，但是现在他们面对努尔哈赤显然是没有自信的，所以祖承训才说出了要调集诸镇精兵援辽的话。
除此之外，还有一件事情令严绍庭极为担忧，就是女真对于大明内地虚实的查探，用祖承训的话说就是：“诸夷惯因进贡往来熟识中国情弊。”
努尔哈赤不仅仅对于辽东极为熟悉，甚至对于京畿也是很熟悉的，在万历十八年、二十年、二十一年、二十五年、二十六年、二十九年、三十六年和三十九年，努尔哈赤先后八次亲自到京师来朝贡，沿途了解大明辽东和京畿腹地的情况。
尤其是从建州到开原、沈阳、鞍山、海州、山海关乃至于入关之后的北直隶迁安、抚宁、玉田、通州等要害之处，努尔哈赤都是亲身到过的，对于这些地方的道路、地形乃至于官军守备，城防虚实，努尔哈赤都是极为清楚的，一旦他真的起兵反叛，辽东甚至北直的虚实尽在其掌握之中，这对于朝廷来说是极为要命的。
严绍庭毕竟行伍多年，又在锦衣亲军混了二十多年，这点嗅觉还是有的，他很清楚，一旦女真作乱，就远不是杨应龙、哱拜可比的了。