辽东巡抚郭光复的奏疏送到京师时，已经是十月了。
奏疏写得很长，但核心就三件事：第一，抚顺游击升格为分守参将，专门防备建州女真；第二，加强抚顺、清河一带的边墙和墩台；第三，努尔哈赤在关外陈兵试探，建州不安分，朝廷得给个说法。
三件事，件件要钱、要人、要朝廷点头。
新任兵部尚书黄嘉善看完奏疏，沉默了很久。他是山东人，在边镇摸爬滚打了几十年，从宁夏巡抚一路做到三边总督，太知道边镇的难处了。郭光复要的这些东西，不是过分，是早就该办了。
可该办的事，不一定能办成。
黄嘉善到任后第一次在朝堂上露面，就表明了态度。他支持王象乾的款蒙古以制建州的策略。
黄嘉善在蓟辽的事情上加坚决支持王象乾的，他们两人都是山东老乡，而且经历相似，都长期在边镇任职，所以到任之后，黄嘉善第一时间就上疏阐明赏抚的重要性。
他认为只有积极实施睦邻友好政策，开放边境市场，方便汉、蒙民族贸易，尽力避免民间冲突，促成边民和平相处，让民休养生息，才能有效稳固了边境防务，所以王象乾所提的款蒙古而制建州的策略是有用的。
而对于郭光复的奏疏，黄嘉善这是提出了自己的质疑，黄嘉善认为努尔哈赤现在已经做大，所谓向大明请求在抚顺贡市，很明显就是试探，在现在这种情况下，应当立即予以拒绝，同时加强大明在辽东的军力，陈大兵于辽东，逼迫建州部退让。
黄嘉善的方略一上，首先跳出来的就是李汝华了，黄嘉善的这个建议遭到了户部的坚决反对，户部以太仓支绌，仓储不足为由，要求蓟辽镇之以静，不要轻举妄动，因而导致大明的财政更加艰难。
这就使得大明朝廷更加热闹了，督抚之争还没平息，兵部和户部又掐起来了。首辅方从哲感觉是心力交瘁，而接下来的事情使得大明朝廷的形势更加复杂。
蓟辽总督王象乾的弹劾奏疏到了。既不是弹劾郭光复不听号令，也不是争那笔脏罚银。
王象乾转奏了朝鲜使臣的奏报，朝鲜使臣向大明奏报有关大明和朝鲜之间的军器走私一事，尤其是火药等的奏疏。
王象乾在奏疏中说道：“看得朝鲜使臣来报，自辽阳至镇江，其间许多镇堡官上火药，暗里偷出，或五六百斤、或千余斤，本国买卖人处，夜间潜卖。以此，其价虽歇，所偷愈多。数年来辽阳一带火药，尽皆见失，镇堡之官，亦不以时点检，徒闭虚库。抚按各官何以颟顸至此？”
这可不是小事，大批火药从辽东流到朝鲜，又从朝鲜流到哪里去？朝鲜使臣没明说，可在座的谁不清楚？朝鲜北边就是建州。努尔哈赤正愁买不到火药，就有人巴巴地送上门去。
而王象乾的奏疏还有更加劲爆的内容，乌拉部灭亡后，建州女真遂直接与科尔沁等蒙古部落接邻。自万历四十一年始，科尔沁部与建州部之间联系陡增，双方贸易、联姻密切，已成盟友之势。
北虏与建州合流——这是大明最不愿意看到的事，朝廷上下就此事又开始撕逼起来了。
这些日后的奏疏都足够把朱翊钧给埋了，其实朱翊钧很清楚，这是之前方从哲那一把稀泥没和好的原因，之前王象乾和郭光复就因为辽东赃罚银的事情发生了激烈的冲突，朝廷自然是出面调停此事，方从哲去和了一把稀泥，两边都予以敲打，但是在王象乾看来，自己的总督尊严被挑战了，自然是要找回场子。
而郭光复则是更加我行我素，不把王象乾当回事，反正县官不如现管，辽东就是本都宪说了算，你王象乾就算是蓟辽总督又待如何？
而王象乾也很快作出了反应，不听话，就把你弄下去！真当老王宦海沉浮几十年是白干的？
王象乾的奏疏到了京师之后，当即引发了朝廷上新一轮的互相攻讦，新任兵部尚书黄嘉善旗帜鲜明的支持王象乾，要求将郭光复予以罢黜，维护蓟辽总督的尊严，但是科道对于此事则是表达了不同的意见，而方从哲和内阁又再次被冲。
以兵科给事中杨涟为首的科道官，上疏弹劾方从哲庸碌无为，坐视攻讦，认为他无法调停督抚之争，使得朝廷制辽之策无法落实，毫无疑问，方从哲这个首辅应当负主要责任，所以他们恳请朱翊钧立即将方从哲予以罢斥，推选贤臣如叶向高、李三才等人入阁，才能够稳定朝局。
这次一向对于这些奏疏不怎么搭理的朱翊钧也愤怒了，内阁现在就两个人，吴道南还动不动就不想干活，再把方从哲弄走，谁来干活？
所以朱翊钧立即下旨，对于这次上疏的所有科道言官全部杖二十，罚俸三月，其中跳的比较高的如杨涟等人，调极边杂职任用。
朱翊钧还明确派人给方从哲传话：“此辈狂畜，狺狺狂吠，诋毁重臣，朕所不能忍也。元辅国朝柱石，勿畏人言，实心用事。”
方从哲感觉天都塌了，看似朱翊钧是在帮方从哲出气撑腰，但是现在大明朝廷上这些疯狗是怕庭杖的吗？朱翊钧今日庭杖了一个，明天就有更多的人站出来冲方从哲，英雄好汉们是不会怕什么庭杖、罢官的，到时候被冲的可是方从哲。
所以方从哲赶紧给朱翊钧上疏，一来就是说明此事对于自己的影响不大，二来就是科道言官上疏言事乃是本职，若因此予以重处，阻塞言路，反而不美，所以恳请朱翊钧不要惩处这些上疏言事的言官。
而朝廷还没来得及处理此事，辽东巡抚郭光复直接上疏求去，爷不玩了，这下朱翊钧只能亲自出马，批复了郭光复的奏疏。
朱翊钧在御批中说道：“该镇新罹虏警，边务正殷。郭光复着照旧尽心任事，不允所辞！”
朱翊钧亲自出马安抚郭光复之后，就命令内阁、兵部、户部等再议辽东边务，尤其是北虏和建州合流的事情，这是现在对于大明边防威胁最大的事情。
方从哲奉诏再次召集相关部院的官员们一道在文渊阁商量此事。
作为首辅，方从哲自然是首先发言，他说道：“辽事方殷，太仓如扫，圣明旦夕焦虑，我等身为人臣，岂能不尽忠竭力，以报圣明！诸位有何高见，可以直言。”
“银子的事可以再议，可辽东边务不能松。”李汝华对方从哲说道“元辅，下官以为，当务之急是稳住辽东。郭光复老于边务，且老成可靠，陛下也不允其辞，就如郭光复之意，徐徐图之。”
黄嘉善自然是不干的，他认为郭光复刚愎自用，不听总督号令，辽东的军器走私他也有责任。这样的人，怎么还能留在巡抚任上？
方从哲不仅以手扶额，头都大了，之前督抚之争已经让方从哲极为头大的，现在不仅仅是督抚之争，更有部院之争，这下事情就更加麻烦了，方从哲所希望在内阁调停下解决此事的想法也破产了。
而辽东的事情还是要处理的，方从哲向朱翊钧奏请，同意郭光复的奏疏，设立抚顺分守参将，加强抚顺等地的防备，同时大修边墙，重申女真贡市只能够够抚顺关、鸦鹘关外进行，不准建州部深入辽东腹地，探听辽东虚实。
这点还是得到了朱翊钧的批准，命令内阁立即予以办理。