对于此事，户部尚书李汝华也是很重视了，向朱常洛上疏陈述了户部现在的应对之法，除了严督赋税等常规办法之外，对于现在朝廷财政的困局，李汝华也提出了自己的看法。
李汝华在奏疏中称：“国家惟正之供，自合输将，度支出入之经，何取朽蠹。十库钱粮，除乙、戊、廉积等库属工部外，如甲、丙、丁字及承运、广惠等库，臣部所入也，处处贡之，岁岁积之，其以本色至者，既征自本地，而以折色至者，又办之京摘，外者入矣，而内出之数，外不得而知。入者中程矣，而收藏之故，外不得而见，其据为窟，缘为市，漏为巵者，何可胜言！故建议者谓当??巡视官亲核其数，宽劳民于外解，酌改折以济边，此救时之急着也。”
李汝华建议对于现在大明的各个仓库予以清理，将其中暂时不用的物资加以变卖，以缓解现在朝廷的急缺，对于李汝华所提的这些事情，朱常洛也予以准允，派遣户部官员清理、变卖多余的物资，筹措钱粮。
而北直隶巡抚袁可立则是上疏请求将番麦作为正额赋税本色缴纳，同时用作官军的马料，袁可立在北直等地推广各种新作物已经数年了，番薯、土豆等主要是作为备荒作物使用的，而番麦是可以作为主粮使用的，但是现在的番麦并不好吃，也不符合大明百姓一贯的饮食习惯，所以推广种植比较困难。
但是番麦可以作为牲畜饲料使用，之前袁可立已经将蓟镇官军提供了番麦作为战马的精料使用，番麦不能完全替代豆料，但是可以大幅度降低豆料的使用量，替代八成的豆料，而且饲喂番麦的战马，体力更好，但是番麦处理起来更加费事，整粒番麦外壳坚硬，马难以消化，易导致营养浪费或肠道阻塞。
袁可立认为应该将北直隶的折色改为本色征收，鼓励百姓缴纳豆料、番麦等作为朝廷的军资，这样的话，既可以减轻北直百姓的负担，便于朝廷推广各种新作物，另一方面也可以缓解朝廷的粮秣压力，同时减少边镇的白银军饷支出，节约朝廷的经费，朱常洛予以批准实施。
而在朱常洛明确表达了对于熊廷弼的支持之后，仍由弹劾熊廷弼的。
山东道掌道御史冯三元上疏称：“至若辽东一事，天下视以安危。今羽檄征兵，飞刍致粟，水陆兼输，调募并用，悉为辽也。乃一岁之中，财费几何，士马物故几何，进守者才一故我之抚顺，而屯堡之侵克不与焉。又使期年而守铁岭，再期而守开元，抚顺、清河尚烦布宽奠，暧阳更假安排。如此用兵，不下数年，膏火自煎，秋潦易尽，此立罄之术也。兵贵善用谋耳，岂必待十八万数足而后有为哉？经臣别有长虑，非职所知。据其告病之辞，似亦强弩之末。伏乞敕该部急简才望可任边事者数人，分列六部，内为赞襄之助，外为不测之需，一旦有急，取资左右，不致张皇失措。不然，疆场重寄，祗此一人，非万全虑也。”
冯三元公开弹劾熊廷弼暮气，这是朱常洛绝对不能容忍的，朱常洛当即给方从哲传旨，要他拟旨重处冯三元。
但是很快，方从哲就请求召见，朱常洛在文华殿召见了方从哲，方从哲将朱常洛的上谕上陈之后说道：“陛下，此时不便处置冯三元。”
朱常洛的脸色当即不太好看了，他对方从哲说道：“怎么，元辅也想学王山阴（王家屏）？”
当年礼部给事中李献可在“国本”问题上触怒了朱翊钧，被降职外调，余伙皆夺俸半年以示诫谕。御批下到内阁，时任首辅王家屏拒不执行，将御批封还并极力劝谏。朱翊钧更加恼怒，下旨责备王家屏，王家屏上书请求致仕。宁可辞官不做，也绝不执行朱翊钧的上谕，搞得朱翊钧差点下不来台。
方从哲赶紧说道：“老臣岂敢与王山阴相提并论，此事如今之事，冯三元只不过是头，陛下若掐其头，则其尾尚在，终成遗患，此则陛下深思之。”
朱常洛当然明白了方从哲的意思，现在冯三元弹劾熊廷弼，只不过是此事的开始，朱常洛当然可以借由此事惩治冯三元，同时使得熊廷弼的地位得以巩固，但是在背后搞鬼的人尚未浮出水面，这始终是一个极大的弊端，所以方从哲请求朱常洛暂且不要处置冯三元，等他们跳出来后再一道处置。
朱常洛想了一下说道：“如此就从元辅所请，朕亦有两事，要说与元辅。”
朱常洛所说的第一件事情，就是自己准备迁居西苑的事情，现在西苑已经打扫整理的差不多了，朱常洛准备过些日子就迁居西苑去，皇长子也要一道过去，这使得方从哲极为担忧，本朝上一个长居西苑的，还是世宗皇帝。
朱常洛当然知道方从哲的顾虑，他对方从哲说道：“元辅，而今宫闱未靖，朕不得不出此下策，一旦宫闱肃清之后，自当还居大内，此不为例也。”
方从哲当然知道现在郑贵妃在内廷的势力还是很大，即便朱常洛已经开始剪除郑贵妃的羽翼了，但是此事不可能一朝一夕就可以完成，迁居西苑，暂避锋芒也是一个不错的办法，不过作为首辅，方从哲就要承担起替朱常洛解释此事，弹压百官的任务来了。
方从哲赶紧说道：“陛下，此应急之策，一旦宫闱肃清，还请陛下早回大内，以安群臣之心。”
朱常洛自然是满口答应下来，反正自己先去了西苑再说，而第二件事情就是郑贵妃晋封一事，上次虽然粉碎了郑贵妃想要晋封的举动，但是此事尚没有一个结论，必须要将此事彻底了解才是，还要再给郑养性一点压力才是，上次朱常洛留中郑养性的奏疏，是给郑氏面子，这次是要彻底解决此事。