对于此事，朱常洛认为必须要有一个确定的说法，先论功，再行赏，这才是正常的操作，在整个国本案中，朝廷上下对于此事的态度是一致的，从这点上来说，整个大明朝廷都是有功的。
但是功劳有大有小，在朱常洛确定地位以及名分的过程中，有两个最为关键的节点，出阁读书和册立，册立自然是明确确立朱常洛的储君身份，但是出阁读书的地位一样是极为重要的。
在世宗朝，由于世宗笃信道教，相信两龙不能相见的传说，拒绝见他的皇子和立太子，但却让他的庶长子穆宗朱载坖出阁读书，并按太子的制度培养。自此出阁读书即承认太子的身份成为名义上的祖制，故本朝国本之争中，大臣提议让皇长子出阁读书，即是一种即承认太子身份，又不明确提立太子的妥协方案。
出阁读书即等于承认朱常洛的储君身份，仅仅是不举行册立大典罢了，而在这两件事情上出力最大的就是王锡爵和沈一贯，这点是必须加以明确的，否则的话任由东林把持此事的话语权，到时候国本案的功劳都是东林的了，这是朱常洛所绝对不能允许的。
所以朱常洛给礼部下了一道上谕称：“国本一事，牵涉甚大，所涉诸臣，尽人而起之，犹恐偶遗；即日而起之，犹为濡滞。就使疲癃尤羸，均宜霈之宠异，以俟其自陈。又或旦暮古今，并当议其赠恤，以报诸身后，岂可令引领赐环，隐身绵上，赍志长沙也哉？先辅臣王锡爵、沈一贯，于出阁、册立一事，矢志尽忠，守经用权，诚可叹者也！宜重加抚恤，以慰朕拳拳之心也！”
朱常洛亲自处理此事，为王锡爵、沈一贯盖棺定论，明确他们在国本案中的功劳，朱常洛的心思其实是很清楚的，将出阁读书和册立两个最大的功劳安在王锡爵和沈一贯这两个死人身上，就是为了避免东林篡改，将国本案的大功揽在自己身上，好以此为由，扩张自己的势力。
同时王锡爵、沈一贯的家族后辈都没有科举入仕的，不会对于现在的朝局产生影响，朱常洛即便是加恩于他们两人和后代，不过也都是一些虚衔罢了。
朱常洛的上谕下达之后，朝廷的反应是很激烈的，方从哲、李腾芳等人上疏为王锡爵辩冤，说明当年三王并封之事的始末，而东林党人自然是不干了。
工科给事中韩继思上疏称：“劳于求贤，乃人主之盛事，而慎于选择，尤延揽之深心。凭虚不如。核实百闻，不如一见，一人有一人之本末，一事有一事之功课。今起废以次举行矣。为公家而建大节，与为私见而分异同者，品望难昧；会推以次得旨矣。守纪纲而率资性，与工反复而趋附和者，才具自明。大贤大用，小贤小用，果不肖则亟弃之。如此，则贤哲不滞下僚，不肖不至杂进矣。”
虽然他没有明说，但是其中的意思是很明显的，就是说人的品性难以一时辨别，要听从公议才行，什么是公议？就是他们东林的议论，对于这些废话，朱常洛的态度是很明确的，直接留中不发。
而除了这些破事之外，辽东的事情也使得朱常洛焦头烂额，辽东经略熊廷弼上疏请发马草豆料，以济军需。
熊廷弼在奏疏中称：“广宁、锦义一带，自春徂夏，逾时不雨，千里赤地。河东、开、铁诸处，早为戎马之塲，独辽阳、海盖，初春稍沾雨泽，不意六、七两月，旱魃为虐，??谷尽槁。分守辽、沈大军已逾十万，计岁该二百万石，方足军马粮料之费。当此珠桂之秋，辽地召买已属无望。或多截漕粮，或量增运额，每月饷军，务放七分本色，三分折色，宁使食浮于银，无令银浮于食。至于各营战马，现在约七万匹，计一年该豆七十五万六千石。今山东之六十万石，仅豆十八万石、天津截漕皆米无豆，关西召买，若以米七豆三计算，豆亦无多。已咨饷臣转行各地方，多买豆料，务足前数。豆料为战马之必须，请立降敕户部，妥为处置。”
现在辽东军饷、军粮都不缺乏，但是战马所需要的豆料不足，这也是一个极为要命的问题，朱常洛赶紧给户部下旨，要户部想办法筹措，但是户部和京通仓的豆料储存也不足，只能到北直、山东、河南等府州去购买之后再转运辽东，这是保障官军骑兵战斗力的重要手段。
朱常洛在想方设法保证辽东军需的同时，也在思考怎么解决朝廷现在的财政问题，大明朝廷财政上的问题主要表现在两个问题上，第一就是财政困顿，朝廷的开支浩大，而收入却在不断地减少，入不敷出所导致的财政困难是其中一个问题。
第二个问题就是白银财政所导致的朝廷各种物资不足，尤其是在辽东用兵的情况下，这种情况就更加要命了，现在大部分的赋税都是采取的折色缴纳的方式，这样确实比较方便，白银运输起来远比粮食等物资要省时省力的多了。
但是朝廷用兵，是需要海量的各种物资的，由于现在都是折色上缴，户部手中也没有所需的物资，以现在辽东所紧缺的豆料来说，户部现在要紧急从粮商手中去购买，而这立马就导致了豆料价格的上涨，这些粮商们囤积居奇，以次充好，借机涨价，但是由于辽东紧缺豆料，户部也不得不加价购买，以保证军资。
朱常洛就此事给内阁下旨，要内阁、户部商议朝廷财政问题。
朱常洛在上谕中说道：“内帑虽用，然为应急之策，今民穷财尽，府库空续，辽东日望粮饷，该部何以处之？明白回话。”
接到朱常洛的上谕之后，方从哲也是要求户部回奏此事，怎么保障朝廷的用度，这是现在朱常洛最关心的问题。