饷司和地方督抚经略，乃至于边镇大将，关系都十分之紧张，这点朱常洛是很清楚的，所以必须要厘清整个边镇的粮饷关系。
朱常洛在和熊廷弼的沟通之中也认为将饷银直接给将帅们是不妥的，且不说朝廷就此无法掌握官军的实际虚实情况，就是各级将校的层层盘剥，对于士卒们来说也是难以接受的。
所以必须清查军籍，按照官军现在实有数量发饷，使得朝廷能够掌握官军的实际情况，同时就是彻底改革官军的后勤保障体系，扩大饷司官吏数量，对于官军所需要的粮秣、军器等物资分门别类将管理。
在和王象乾、熊廷弼等督抚重臣们商量之后，准备首先在蓟辽六镇展开清军，朱常洛之所以选择在蓟辽六镇加以清军，也是经过深思熟虑的，这六镇已经经过朝廷一轮整顿了，虚籍相对比较少，同时朝廷对于这六镇的控制也比较强，便于朝廷开展清军活动。
另外一点就是严格区分饷司的职权，饷司的主要作用是解运军饷、粮秣，主要是户部所拨发的各种物资等，按照督抚和清军御史清军所得的士卒数目加以发放，同时现场进行监督和稽核，对于有出现虚籍、空饷等行为的，饷司可以立即上奏朝廷，请求进行清军。
但是武器装备等物资，不归饷司所管理，现在蓟辽六镇的军器装备主要是两个来源，主要是遵化铁厂所提供的军器装备，熊廷弼在沈阳等地也开办了一些小型的军器修造工场，生产一些简单的军器，如箭镞、刀矛等物，同时对于一些甲胄进行修补等。
这些物资的调拨由兵部负责统计，然后上奏朝廷，经朱常洛御批之后从内官监遵化铁厂调拨，经略和提督总兵负责接收物资并且加以调配，不归饷司管理。
而内帑犒赏等支出，也是经略或者提督总兵上奏之后，由内承运库直接拨发，但是饷司在发给的时候要负责监督，防止出现冒滥等行为。
粮秣、马豆、冬衣布花等物资，则是户部或者是内承运库召买之后解运到指定的地点，由饷司、御史和经略衙门派员核验之后予以签收，在发放的时候也不能直接发放给各级将校，而是由经略或者是督抚于御史一道监视发放这些物资，尤其是冬衣布花等物资，务必要保障发到士卒们的手中。
而官军的军饷等构成也要加以改进，原本官军的军饷是由月粮加行粮等构成的，折算标准是以粮食为单位核算的，但是粮食的价格存在极大的波动，不便于朝廷折算，所以朱常洛在和熊廷弼等沟通之后，将官军的军饷统一折算为银元和制钱发送，和军粮构成官军士卒基本的军饷和粮秣保障。
大明初年所规定的马军月支米二石?，?步军总旗一石五斗?，?小旗一石二斗?，?普通步军一石?的标准也随之废除，除了军饷之外，就是实物保障，熊廷弼等人认为士卒每人每日至少需要一升半的粮食，才能够保证有足够的体力，一月就是四斗五升，加上食盐等配给，大概是六斗左右。
马军士卒还有单独的马草豆料，这些是给战马食用的，在作战时，士卒还会获得额外的战费和配给，朱常洛在熊廷弼商量之后将战费规定为步卒一月八百文，骑兵一千二百文，尖哨、夜不收等三千文，同时士卒的各种食物配给也要随之增加三分之一，以激励士卒们作战。
而在实施新的供给办法之后，各级将校们能够从中上下其手的空间自然是少了很多，熊廷弼认为还是要安抚这些将校们的，必须要加以笼络才行，主要是要在经济上增加这些将校们的待遇。
之前将门之家普遍在边塞地区有自己的产业。大明初年，朝廷解决军饷问题的办法之一是安排大量土地给卫所的军户屯种。屯军需要将一部分的农产品上缴，剩下的可以自行支配，因而屯军在某种意义上说可以算是国家的佃农。而边远地区由于土地贫瘠，官兵分得的屯田产量不足以上缴，便可以不交田赋而将农产品折算为本人的一部分俸禄，而另一部分俸禄由朝廷支付，这类田称为“准俸田”。
此外，有的地方还专门为军官提供“养廉田”，顾名思义，这类田地专门奖给各级军官作为养廉之资。辽东之前也有这种给将校们的养廉田，一般百户一级的军官给田一百亩，而士卒则只给田五十亩，百户多出的五十亩就是养廉田。百户以上各级军官的养廉田都相应有所增加。
朱常洛认为直接给土地弊端太大，容易使得边境的各级将领也不满足于有限的朝廷赐田，多数人利用职权巧取豪夺，具体的办法有开垦荒地及霸占军屯等而逐渐聚敛了大量的田产，一些将帅拥有田产多达百顷以上，变成了地主。
最典型的例子是镇守云南的沐氏一族。沐氏早在洪武年间即获得朝廷的赐田，后来又通过奏讨、开垦、买卖、夺取以及投献，主要是一些老百姓为了逃避官府的税赋而带田投靠，自愿成为庄民等各种方式占有了大量的庄田，据云南抚按官员的奏报，黔国公府在云南的庄田有八千顷之多，之前的李家也拥有大量的庄田。
朱常洛在和熊廷弼商量之后，决定以折支的方式给这些将校们发给养廉银，折支的标准有二，第一是品级和地点，按照将校品级和驻防的地点，给予土地的多少，每亩折支三钱，最低的小旗官都有五十亩，总兵为一万亩，也就是每年三千两。
第二就是战功，日后将校们作战有功，除了升官赏赐之外，还有养廉田产的增加，视其功劳的大小增加养廉田的数量，提高一线将校们的待遇，激励他们作战。
除了养廉银之外，还有就是添支银，主要是实物赏赐，如甲胄、彩缎、布匹等物的赏赐，还有内承运库的特旨犒赏，主要是对一线驻守的官军将士们发给的。