除了此事之外，就是要建立兵站制度，理顺军事后勤，这点才是最重要的问题。
朝廷为了征战辽东，从海陆两条路径向辽东转运物资，大量的粮秣、军器、军资等物资运输到辽东，但是这些物资怎么运输，又如何储存，然后再该由哪些部门来领取，这些事情都是极为混乱的。
朱常洛要整顿整个蓟辽的军事后勤体系，减少在运输途中的各种损耗，同时保障官军的各种后勤物资，这点是最重要的。
在和熊廷弼、王象乾等大僚们商量之后，朱常洛下旨成立蓟辽发运使司，由督饷户部左侍郎李长庚担任发运使，监管整个蓟辽六镇的物资筹措和运输。
同时在蓟辽的重要节点、港口等地方设立兵站，和驿站一样，准备牛马等牲畜以及草料，还有临时储存的仓廒等设施，以供官军运输以及辎重部队停留修整，然后接力转运。
新设立的蓟辽发运使司权力是很大的，除了朝廷新设立的兵站之外，还直接将各镇的部分辎重营划给发运司管理，而且北直、山东、辽东三个布政使司和下属州县也要配合发运使司转运各种物资，原本设立在各镇的饷司也归发运司管理，兵站等也统一归发运司管理。
凡是蓟辽六镇的粮秣、军饷、物资、军器等物品的转运、仓储、交割等事宜，统一由发运使司负责，饷司也归属发运使司管理，这样就在军事后勤上形成了朝廷，发运使司、饷司、各镇的军事后勤体系。
朱常洛随即下达诏书，向各镇派遣清军御史，在饷司的配合下核定各镇的人数、马匹等牲畜的数量，明确粮秣、军饷的供应计划等事情，各种账目也必须要齐备，损耗、脚价等都必须明白支出，单独列支，抵达各镇的数量就是实际发运数量，保障各镇军需。
同时新的官军将士粮饷方案也得以实施，朱常洛才从内帑拨出一百五十万银元，其中一百万给发运使司用作建立兵站，购买牲畜等的费用，五十万用于召买冬衣布花，给发蓟辽六镇军士，用于防寒。
官军各种被服等的生产、发放也必须由朝廷负责，重新建立起大明的军需、军器工业，保障官军的用度问题。
朱常洛的诏书下达之后，都察院和六科迅速派遣清军御史，核查蓟辽六镇的官军情况，而督饷户部左侍郎李长庚也向朱常洛请求考选吏员并且添调精于算术的官员，因为发运司作为一个后勤单位，要和海量的数据打交道，必须有大量精于算学的官吏才行。
这点得到了朱常洛的赞同，决定在国子监重新设立算学科，同时将算学作为考选吏员、首领官的重要科目，之前算学并未成为独立学科，仅作为监生?兼习内容之一?，依附于经史教育，无独立招生、考试及授官体系。朱常洛命令从民间征辟精于算学的人才，授官编写教材，为朝廷培养精于算学的吏员首领官等。
同时进入发运司、户部等衙门的官员，自己也要精通算学才行，否则的话，就容易被小吏所欺骗。
除了建立后勤体系之外，就是之前朱常洛所召见的一批旧将等也到了京师，朱常洛也予以召见，同时应辽东经略熊廷弼的奏请，以尤世功为协守开原副总兵。
受召的麻家诸将还是比较精悍的，不过朱常洛对于姜弼并不看好，同时兵部尚书黄嘉善向朱常洛推荐了原宣府参将黑云龙，各镇督抚所举荐的鞑官等有猛如虎、虎大威等人，作战勇悍，可以为用，王象乾举荐锦州游击杨国柱等人。
朱常洛都加以任用，将整个宣大从总兵以下到游击的中高级将领全部予以更易，同时派遣户部郎中张凤翼为宣大管粮郎中，控制宣大两镇的粮饷，核实账目。
点用侯世禄为大同镇总兵、麻承宗为山西镇总兵，同时为了防止宣大三镇出现问题，朱常洛密旨给提督蓟辽军务戚金，命令他集中兵力，威慑宣大三镇。
除了蓟镇的精兵之外，朱常洛也要加强禁兵的力量，朱常洛命令从各镇挑选精锐士卒，还有亲军诸卫之中的材勇军余，补入腾骧四卫之中，对于四卫的训练和装备也做了明确的规定。
和勇士营一样，腾骧四卫也是天子禁兵，之前主要负责的事宿卫宫禁，但是由于长期不作战，导致四卫士卒逃亡，军士操练不勤，在补充人员和军器装备之后，四卫除了负责宿卫之外，也要承担起作战任务，朱常洛明确规定，四卫中一卫宿卫，一卫训练，一月一换，剩余两卫一驻蓟镇，一驻辽东，作为机兵使用，受蓟辽督抚节制。
在京师的两卫和在外两卫，一年一轮换，在外两卫可以获得额外战费，作为鼓励，这样做主要是为了加强禁兵的战斗力，在自己手中掌握住一支可靠的力量。
而今年各处的灾伤也确实使得朝廷极为痛苦，户部和地方督抚们都向朝廷上疏，以荒政为要，要大举兴修水利工程，开垦土地，推广备荒作物等办法，对抗可能发生的各种灾荒。
唯一令朱常洛感到高兴的就是洪承畴从暹罗召买的粮食运抵了京师，这些潮汕商人对于朝廷的制钱和银元是很喜爱的，因为大明货币流通于整个南洋，可以在暹罗等处购买大量当地的土产。
而且他们运来的糖料、香料等都在京师很受欢迎，能够卖到高价，而朱常洛之前命令朝廷重振钧瓷、汝瓷的烧造，也得到了这些潮汕商人的追捧，虽然本朝钧窑衰落，但是仍有工匠摸索仿制天青釉钧器，虽然远不如之前的钧瓷，但是胜在价格便宜。
潮汕商人可以大批采购之后运到南洋贩卖，可以获得很高的利润，朱常洛命令户部与他们商量运输暹罗粮食的事情。
由朝廷出面购买，潮汕商人协助运输，朝廷给予免税等待遇，鼓励他们运输粮食到北方来。