除了这些事情之外，朱常洛还要解决的就是传教士的问题，之前他们向朱常洛进献了大量的礼物，朱常洛虽然没有召见他们，但是指令右都御史邹元标接待他们。
邹元标不是没吃过见过的人，万历年间，利玛窦委托郭居静携带书信与邹元标进行思想交流，双方展开深入对话后，邹元标按礼制回信予利玛窦。利玛窦驻留北京期间，郭居静与苏如望、龙华民等传教士在江南地区巩固传教成果，陆续刊刻出版了多部译着文献。
在和这些传教士交流之后，邹元标回奏朱常洛称：“西洋军器等物，确有可观之处，至于传教等事，有干大法，事涉名教，不可轻允。”
这点也基本上是现在大明现在朝廷官员们的主要看法，对于这些传教士，他们还是非常之警惕的，虽然大明的官员们当中，有一些人和这些传教士的关系很密切。
甚至如前首辅沈一贯也于他们有往来，利玛窦在北京拜访沈一贯时，向他介绍了天主教的教理。当沈一贯听到天主教信徒“只许有一妻，不能养妾，也不能休妻”的婚姻制度后，他感叹道：不必问别的事，只此一件，已足说明你们那边的国家，一定很有礼教，很有秩序。
但是总体上来说，大明官员对于这种外来宗教都是很警惕的，所以对于传教一事，邹元标认为不能轻易准允，但是西洋的书籍、工匠等能够提高大明国力的东西，是可以引进的。
李之藻、毕懋康、赵率教等人也向朱常洛上报了西洋军器的相关问题，西洋的自生火铳确实是很精巧，但是造价过高，结构复杂，现在西洋所用的是簧轮燧发枪，结构十分之复杂，而且故障率很高，并不实用，至于西洋火炮，从工艺上来说并不如大明的铁胎铜体炮，但是其炮规等瞄准机械确实比大明要好一些，他们建议仿制配发官军，以提高官军炮兵的战斗力。
至于甲胄，确实是有可以借鉴的地方，官军现在所使用的札甲，由大量小甲片叠加编缀而成，甲片间的重叠部分增加了额外重量。在提供同等防护面积时，这种结构使其重量通常高于板甲，甲使用大块钢板，结构更精简，重叠更少。其重量能通过弧形结构均匀分散至全身，体感上会比实际重量轻便，活动性也更好。
但是札甲也不是没有好处的，札甲最大的优点就是便于修复，板甲一旦损坏，只能够返厂回炉再造，无法修复，但是札甲损坏之后，由于其是通过甲片编织起来的，所以便于修复，这对于要大量装备甲胄的官军来说是很重要的。
所以综合考量，札甲还是更加适合大明官军，但是板甲的一些优点也是可以被官军甲胄所吸收的，板甲最大的特点是拥有穹顶或弧面结构。当箭矢击中时，这种弧面如同坦克的倾斜装甲，能有效将箭头“弹开”或“滑开”，极大地减小了垂直冲击力。
一旦板甲的厚度达到一定程度之后，几乎可以免疫所有的箭矢直射，所以遵化铁厂提出在官军现有札甲的形制上，在要害部位增加类似于板甲的大片甲胄，提高对于士卒的防护，同时便于生产。
不过官军对西洋的船只评价还是很高的，西洋船只便于远洋航行，同时在设计的时候就考虑了炮战，这点是大明传统船只所不及的，西洋船身更长、更窄、更修长，降低了前舷风阻，并采用方型艉楼取代弧形船尾。这些改进让它稳定性更好、速度更快、也更易于操控。
西洋船普遍拥有三至五根桅杆，主桅可能由多段拼接而成。帆面以巨大的横帆为主，同时结合了三角帆，使其在顺风和侧风时都有良好的表现，部分船只的桅杆被设计成可升降的，以便根据风力大小调整。船首还装有首斜桁帆，有助于转向，使得他们的机动性更好。
而且通过在船舷两侧开设炮窗，将重型火炮布置在船舱内，实现了从“船头对敌”到“侧舷齐射”的战术革命，大型战船可装备数十门到上百门火炮。舰炮种类从早期的后装佛郎机发展为威力更大的重型前装加农炮，从接舷战变为以炮战为主的作战方式。
这些都是大明水师应当学习的，所以朱常洛命令天津造船厂仿造西洋船只，装备水师，同时仿造西洋大帆船，提高朝廷的运输能力。
对于这些西洋传教士，朱常洛认为要既防范又利用，朱常洛传旨给徐光启等人，要求他们善待这些西洋传教士，鼓励他们向大明介绍西洋技术、学术等，翻译各种书籍，朱常洛资助他们刊刻这些书籍，同时赏赐他们财物，请他们到西洋聘请工匠、技术人才等到大明来，大明不吝报酬。
对于传教一事，朱常洛认为还需要从长计议才行，朱常洛很清楚要是现在就拒绝他们传教，那肯定是不行的，必须要给他们希望才行，同时他们也需要东西来取信于教廷，才能够说服教廷协助他们帮朱常洛搞来各种工匠、人才和书籍等物。
所以朱常洛给徐光启下旨，同意在天津建立一所教堂，供这些传教士自己礼拜使用，但是锦衣亲军和地方官府要严加看管，不准随意传教，朱常洛还命令翰林院草拟一份诏书给罗马教廷，表达大明的善意，对于传教一事，要说的模棱两可，似乎大明同意，但是实际上并没有确定，将主动权操之于大明手中。
这样的官样文章翰林院自然是很拿手的，朱常洛将这份诏书赐予这些传教士，同时赏赐丝绸、锦缎、瓷器、茶叶等物，让他们带回西洋，取信于教廷。
而蒙古方面也确实如之前的奏报一样，由于草原之上受灾严重，他们纷纷南下，请求大明卖给他们粮食，甚至准备武力恫吓。而女真也借机动手，进攻察哈尔部。