这点兵部也有所考虑，兵部认为，现在还是主要从山西都司、山西行都司的卫所军官们挑选，因为武官和文官不同，大明选任文官，是要实施回避制度，但是武官反而不用。
因为武官主要承担作战，朝廷认为在中低级武官上使用本地人，他们为了保卫家乡，会更加尽力，而且他们也熟悉当地的情况，能够更好的作战，所以中下级武官往往都是从本地卫所军官中选任。
不过现在大明武官冗滥也是一个很麻烦的事情，黄嘉善就说道：“陛下，我祖宗创制立法，不知几经参酌，几度裁成，载在《诸司职掌》《大明会典》之中。至万历三十八年，尚书李化龙采辑为书，名曰《邦政条例》，进呈御览，刊布通行。是年，臣已入职。又数年，窃禄寒毡，亦未闻四方用兵有骤更祖制之事也。迨至四十八年，始见各处调援，有加衔守备、都司，浸假加游击、参将，又浸假加副总兵，冒滥极矣！在外加衔既多，内部仅争实授。加者既不能革，实授只见为因，而不知祖宗典制，从此一加一授之中，逾越殆尽！”
黄嘉善认为这次既然要整顿宣大，就必须连同此事也一道解决，武官的冗滥主要是卫所官职的贬值所造成的，因为现在的总兵等职务在大明朝廷中只是差遣，实际决定武官品级的是他们在卫所中的职务。
而总兵等职权犹重，最初的总兵官，那是以公侯伯充任的，都是超品，后来尽管总兵的地位和权力都极大的下降了，但是那是对于文官而言的，总兵在整个武官体系中的地位反而是得到了极大的提升。
在大明初年，作为常设的地方军事主官，都指挥使掌管地方卫所军队，负责日常的军政管理、屯田、练兵及边防等事务，而总兵权力虽重，但是并非常设官职，遇有战事，朝廷会任命公、侯、伯或都督等高级武官充任总兵官，统帅卫所军队出征，战争结束后，总兵官交回印信，军队返回卫所，任务即告完结。因此，大明初年的总兵官“无品级，无定员”。
虽然彼时的总兵官地位虽然尊贵，但是和都司并不相干，在体制上，都指挥使隶属中央的五军都督府，并受兵部节制。在大明朝，都司确实是地方上握有实权的最高军事长官。
但是永乐以后，总兵常驻地方，逐渐成为镇守地方的最高军事长官。这使得原本的都指挥使司及其长官，在权力层级上沦为了总兵官的下属。原有的都指挥使的军权，逐渐转移到了总兵官手中，再加上营兵制取代了卫所制，总兵的权力就更大了，在体制上也就更加尊崇了。
朝廷面对都司卫所官职的贬值，并未试图全力恢复旧制，而是另觅他途来填补其功能的缺失。隆庆以后，朝廷开始将副总兵、参将、游击等将领职衔加授给武官以奖酬功劳。将领职衔附带诸多利益，对武官的吸引力远远超过都司卫所武职。
而为了解决军功，朝廷往往给大臣子弟、立功总兵的子弟等荫官卫所世职，使得武官更加冗滥，举一个很简单的例子，正统时辽东镇静堡守备指挥佥事赵忠守城立功升指挥同知，万历时宁夏平虏城参将萧如薰守城立功升总兵，有人评论道：“二事颇相类，萧之赏故非幸得，而赵忠当时仅进一阶，何酬庸之薄也！”
熟谙掌故的申用懋就指出，赵忠之功“在今日，则必升参、游等官，即不然，亦必都司、佐击矣，而英宗朝尚不然，盖挥佥乃其实职，故正四转从三”，说白了就是现在卫所官职不值钱了。
要想整顿宣大三镇和两都司，必须首先解决这个问题，朝廷这次一次开革大量的武官，实际上是解决了武官冗滥的问题，现在就是要补缺的事情。
朱常洛问道：“兵部有什么成算？”
黄嘉善当即说道：“陛下，臣以为武官亦当回避，隔卫、隔所调用，不再官其本籍，且本朝袭职，本有成例，应考察武艺，而今承平日久，考察荒废，朝廷此时欲选拔材勇，宜严加考选才行。”
黄嘉善说的确实是实话，原本武官袭职规定是很严苛的，武官职位的继承有严格的顺序，优先嫡长子孙。年幼者需到16岁才能正式袭职，并且要通过比试武艺的考核。比试制度在大明初年非常严格，但后来逐渐废弛，出现“贿赂无不中”的现象。
现在朱常洛要整顿官军，就必须从军官做起，对于这些卫所军官，朱常洛和大明朝廷都是态度比较复杂的，从一方面来说，这些卫所军官的祖先，可都是勇武之士，身亲战阵，冲冒矢石，卧雪眠霜，出百死而博一生，百战余生，才得一世职，可见其艰险。
而大明的不少名将，也确实都是卫所出身的，如戚继光、俞大猷、李成梁他们，都是世袭的卫所军官出身，他们熟悉当地和卫所的情况，又有家学，确实是大明将才的重要来源。
但是卫所世袭军官之中，更多的是膏粱子弟，这些事情不是在本朝才有的。
永乐年间成祖就曾经下旨痛斥这种行为：“天下卫所军官比先身亲战阵，冲冒矢石，卧雪眠霜，出百死而博一生，积累功劳致有爵禄，子孙世袭。这等老头目每心里想着旧日勤劳，好生感恩知报，好生小心保守爵禄，十分遵守法度，诸事勤一些，不肯怠慢了，十分爱恤军士，这等的鬼神护佑，长享福禄，他那有祸患？如今他的子孙多有不知他父祖从军立功艰难，又不听父母教训，每日惟务安乐骄奢，互相勾引吹箫、弹琵琶、唱曲儿，赌博财物、看勾栏、说平话，去那歌楼酒馆挟妓买笑，恣肆粗狂，鼓弄唇舌。本等弓马全不肯用心操练，其余的武艺又全然不去习学，及至赴京来告袭替，比试时弓也不曾射，枪也不会拏，马也不会骑，只拼着钱物买求监比官取中。一做了官便百般苦害军士；遇有征调惟务假装事故，使钱买免；便有调到军前的百般畏避退缩，只是藏躲在人后，得走时便先走了，今后军官子弟务要如法操练，弓马惯熟，不许怠慢废弛。日后如有赴京比试，不中的发充军三年，着他知道祖父己先从军立功艰难。三年过再着他来比试，若再不中时发他烟瘴地面永充军役。”