朱常洛认为要增加两淮运司的编制官吏数量，才能够保证朝廷对于两淮盐政的充分掌握，所以对于两淮运司的品级，首先是加以提高，并且加重其权力，将两淮都转运盐使司的品级从正三品提升为从二品，同时加南京户部左侍郎兼南京工部左侍郎衔，成为名副其实的盐政重臣。
之后就是严密内部的官署机构，在两淮运司下设盐政、盐运、审计、按察等司，专门负责盐政的各个方面，同时专门设立一员缉私参将，负责统帅整个两淮运司辖区内部的巡检司，负责打击私盐和武装盐枭，押解大宗食盐和盐税等事务，受镇守江北总兵官和两淮运司的双重管理。
整个两淮运司的官吏规模扩充到一千余人，当然包括三个分司，还有三千六百名各巡检司的弓兵等，运司的各级官吏都必须经过朝廷的考选，同时吏员的出路也相对比较好，两淮运司的吏员在考满之后，可以迁转为官员，调动到其他衙门中任职。
同时从盐运使到基层小吏、巡检弓兵，除了自己的官俸、工食银之外，都有一份养廉银可以拿，养廉银是从余盐银中提取的，经过朱常洛和袁世振等人的商量，余盐银的百分之五留存两淮运司使用，其中五分之三用于给各级官吏发放养廉银，五分之一用于在各盐场建立学校，聘请教师等，使得灶户子弟可以免费上学，五分之一用于盐场各种基础设施的基本修理。
通过这种方式，一面是严刑峻法，一面是保障待遇，来减少两淮运司之中的贪墨行为，减轻盐商的成本，从而控制盐价，增加官盐的销售量。
而内官监也要在扬州和淮安设立盐政官银号，主要是负责兑换盐商的银两，从今年开始，两淮运司的食盐只有本折两种模式，正盐全部本色开中，用于九边的军储和士卒、战马的本色粮秣开支，余盐则是全部折色发卖，只能通过朝廷的银元购买，所以盐商先要将自己手中的银锭到朝廷的官银号之中兑换成银元，才能够到运司购买盐引。
通过这种方式，逐步在大明推广朝廷的银元和制钱，保障朝廷对于铸币权的控制。同时朱常洛遣翰林侍读学士孙承宗为提督南直隶学政，前往南京负责整顿学校和考选吏员等事情，徐光启加翰林侍讲学士衔，提督北直隶学政，同样负责教育和考选吏员等事情。
而左光斗则是奉诏南下，出京师先经由陆路到通州，然后从通州转走水路，经运河赶赴南直，而通过邸报得知消息的杨涟，派人在扬州的运河码头等待，请左光斗一叙。
在之前，左光斗和杨涟基本上算是绝交了，毕竟在东林看来，杨涟算是叛徒，而左光斗作为东林干将，自然是和杨涟割席断义。
但是现在时过境迁了，从某种意义上来说，左光斗也算是背叛了东林，科道之中对于他的非议也是不少的，所以杨涟派人来请左光斗，左光斗并没有推辞。
到了杨涟的官署，上面是各种各样的奏疏文牍，杨涟可谓是忙的不可开交，见左光斗来了，才说了一声：“遗直（左光斗字）稍待，这里还有些文书尚未办结。”
左光斗答应了一声，随手拿过这些文书看了一下，作为巡盐御史，杨涟的工作量是很大的，主要是监察运司的各种不法行为，尤其是现在，主要是对于之前的运司官员加以参劾，同时还要追赃，为了理顺两淮盐政，杨涟还要和袁世振配合，对于盐政之中的积弊加以清理。
处理完了手头的公务之后，杨涟才说道：“些许俗务，让遗直见效了。”
左光斗笑着说道：“文孺（杨涟字）巡视盐政，职责重大，自当是以公务为重了，不知文孺如今作何感想啊？”
杨涟苦笑着摇摇头说：“感想嘛，也是有一点的，就是生民之苦啊。”
作为巡盐御史，杨涟得以深入的了解大明盐政之中的各种弊端，还有各地盐价的情况，灶户的处境等事情，以盐引为例，引价是盐引的基础价格，即商人获取盐引销售权所支付的官方定价。例如，洪武年间每引八分，嘉靖年间涨至七钱五分。
除此之外，商人购买正盐后，可附带购买“余盐”。这部分盐需单独缴纳“余盐银”。例如，嘉靖年间规定，每二百斤余盐，淮南纳银八钱，淮北六钱。余盐银河引价构成了盐引最基础的费用，
而随后的各种规费，才是其中的大头，首先就是窝价，这是最典型的灰色规费。权贵势豪通过关系预先占定盐引份额，再高价转卖给普通商人，坐收渔利。这笔费用被称为“窝价”或“卖窝钱”，每引可获利六钱，千引即可获利六百两。
除此之外，盐商支盐，每引需纳纸价三厘或一钱三厘，还有地方的各种加派，如两淮就规定正盐每引纳饷银九钱，余盐每引纳一钱五分，名义上是补充地方的军饷，但是实际上都是进入了官吏们的腰包。
还有公使银，名义上是运输补贴，实为一项固定规费，每引可达三两之巨。这些林林总总的规费加在一起，是朝廷正额引价的数倍之多，盐商为了支盐，自然是要承担这些规费的，但是也必然将其转嫁给百姓，这就导致了大明官盐的价格高昂。
杨涟将这些统计给左光斗看了之后才说道：“遗直，如此百姓所食之盐，安能不贵？百姓安能不铤而走险，食用私盐？此皆朝廷之失也！”
说白了，之前朝廷为了弥补财政亏空，增加财政收入，在盐引总量基本不变的情况下，不断提高每引的课税标准，即“增课不增引”，直接将财政压力转嫁给盐商，而盐商则是转嫁给百姓，最终受苦的还是普通的升斗小民。
杨涟和左光斗相视苦笑，不由得喟然长叹。