但是此事遭到了兵部尚书王象乾等人的反对，贸然裁减军额，对于大明的北部边防并没有什么好处，王象乾向朱常洛奏称：“九边共计一十三镇官兵八十六万七千九百六十四员名，实在恐不过五十余万，蓟辽等镇除外，又多老幼，且乏战马，难以图敌，今欲整顿九边，不可轻动，且九边欠饷累累，军心浮动也。”
对于此事，王象乾是坚决反对了，同时石昆玉等人也向朱常洛详细的奏报了现在宣大三镇的实际情况，由于朝廷之前的重心在蓟辽，尤其是辽东，不管是粮饷、战马、军器、装备，朝廷都是优先向辽东官军倾斜的。
而即便是在辽东战事结束之后，朝廷又在整顿京营，遵化铁厂等朝廷的官营工场所生产的装备，也都是优先供应京营和御马监禁兵，宣大和陕西三边各镇的军器装备已经多年没有更新了。
至于户部所弹劾的宣大靡费粮饷等人，石昆玉只是举了两个例子来说明此事，首先就是户部的欠饷问题，从万历四十五年朝廷开始着手解决辽东事务，到泰昌三年攻克赫图阿拉，朝廷的重点都是在辽东上，辽东稳赢成为财政最优先项。从万历四十六年到泰昌三年，辽饷用银本色折色合计即达一千七百二十万两，平均每年近三百万两的开支。这无疑极大挤压了宣大三镇等传统边镇的军费来源。
虽然宣大三镇有额定军饷，但是实际上户部并不能足额解发，尤其是京运年例银，往往低于一半，每年户部所拨发的京运年例银，不到应发数额的四成，如大同额该军饷四十五万余两，但是万历四十八仅仅解发二十万两不到，朱常洛在即位之后虽然动支内廷补发了部分欠饷，但是实际上仍旧是杯水车薪。
除此之外，边镇军费本由民运、屯田、京运等多渠道供给。而现在民运钱粮也普遍拖欠，导致边镇更加依赖京运，而京运又无力足额拨发，形成恶性循环。石昆玉即指出，宣府一镇该民运银七十八万七千余两，大同该民运银六十七万一千七百余两，但“民运拖欠数多”，致使月饷不敷。
还有一个重要的问题，就是漂没，石昆玉也不怕得罪人，直接将此事摆在明面上，漂没特指以运输损耗为名，行克扣侵吞之实的行为。这并非个例，而是层层克扣、层层贪墨的系统性行为。朱常洛调发内帑，还能够保证绝大部分都运到辽东去，同时由于朝廷对于辽东比较重视，熊廷弼也不是什么善类，克扣他老人家的钱粮，是要被喷的，所以在辽东问题上，漂没不是很严重。
但是对于其他各镇，漂没已经是公开的事情了，石昆玉在给朱常洛的密疏之中的坦陈，朝廷所调拨的粮饷运往宣大三镇，要经历六道“漂没”，导致百石军粮运抵宣大只剩三十石。发到士卒手中的军饷，“名虽四钱，计所得不过一二钱”，大部分都在“公私使用之扣”中消失了。
至于是哪些人在其中上下其手的，石昆玉虽然没有明说，但是朱常洛心中也有数，从户部到地方边镇，文武官吏们，有一个算一个，都在其中脱不了干系，钱粮在京师经过漂没之后，再能够发运出去，到了边镇之后，督抚与总兵们首先以“弥补空饷”名义截留部分银两——因为实际兵力往往不足编制七成。然后还有弥补欠饷等方式在克扣部分，剩余饷银发放时，军官们又发明“搭钱法”也就是掺入劣钱、“扣折法”，也就是强行折扣等手段，从士卒们手中克扣银子。
这些事情在大明已经是公开的秘密了，甚至都不是在现在才形成的制度，如果朝廷向官军拨付一万两军饷，经过各级经手官员的“漂没”，最终到达军营的往往只有八千两甚至六千两，其余部分则被文官和将领中饱私囊。他们会对外宣称这些钱是在路上遭遇意外损失掉了。
这些事情在大明都是习以为常的事情，但是朱常洛显然是不能容忍的，朱常洛之所以设立发运司和相关的饷司，其实就是准备整顿整个大明的财政体系，之前朝廷的重点是征讨辽东，所以在很多时候，只有做的不太过分，朱常洛为了取胜，都采取了睁一只眼闭一只眼的态度，而且户部在辽东军饷之中主要是负责本色的调拨转运。
大量的银元等调拨，是由朱常洛从内帑支出，然后派遣内侍和锦衣亲军一道押解，避免出现大量的漂没，所以朱常洛调拨给辽东的军饷，相对是比较充足的。
但是朱常洛也很清楚，户部作为朝廷的财政机关，要主导各种钱粮的调拨，内承运库只是辅助作用，再加上经过辽东战事之后，朱常洛的内帑也不宽裕了，在这种情况之下，朱常洛要借此机会整顿朝廷的发运司和饷司制度，对于边镇军饷，也要制定新的规则了。
朱常洛首先先是收拾宣大的这些军头们，他给石昆玉下达了密旨，对于宣大三镇之中贪墨军饷、放纵士卒逃亡、与北虏勾结等情况比较严重的军官，挑出一部分来当作典型，该杀的杀，该抓的抓，先震慑住这帮大小军头们。
除此之外，朱常洛命令蓟镇总兵满桂与京营等一道，以防秋为名，移兵宣大，名义上是加强宣大三镇防务，实则是震慑这些大小军头们，防止他们狗急跳墙。
然后由督抚会同总兵，对于三镇的大小军官们加以甄别，将其中老迈不堪用、武艺不精、贪墨胆怯等军官全部予以黜退，同时从国子武学毕业的这些立功士卒们，整建制的拉到宣大三镇之中，充任中下级军官，先将士卒们给控制住。
同时朱常洛命令户部筹措十五万军饷，散给三镇军士，先将三镇官军的军心给安抚下来，补充一部分欠饷。