丁魁楚说了半天，自然都是在推卸责任，他认为现在饷银短少的责任不在于户部，而在于在运输途中的各种舞弊行为。
丁魁楚说道：“诸位，这银钱之出纳，责任确实是在户部，但是本部只负责文移审批，一应银钱，并不经手，饷银短少，想来也就是在解运过程中有舞弊行为，诸位不去查解官，反倒来责问户部司官，这也未免有些本末倒置了吧！”
丁魁楚咬死了一点，就是户部山西司对于宣大三镇饷银的审核，只是进行文书审核，从头到尾，他这个山西司郎中就没有见到过饷银，现在饷银短少，都察院要查察此事，自然是应该从解运官员查起，为什么就莫名其妙的差户部司官，丁魁楚反而对于都察院的办案方式提出了质疑。
几位御史脸色都不太好看，但是邹元标却是面色如常，对于丁魁楚的辩解无动于衷，邹元标对丁魁楚说道：“丁郎中所言，本宪会一一查实的，只是此案重大，圣上严旨督促，只能暂且委屈丁郎中了。”
虽然邹元标的话说的很客气，但是意思也是很明确的，就是要将丁魁楚暂时留在都察院之中，丁魁楚的脸色当即极为不好看了，他对邹元标说道：“敢问邹总宪，可有上谕？”
丁魁楚毕竟是老官僚了，对于大明朝廷的各种制度还是非常之熟悉的，他很清楚按照都察院虽然是大明的风宪衙门，但是也不能随意对于官员们采取强制措施。
按照大明律的规定：“凡京官及在外五品以上官有犯，奏闻请旨，不许擅问。六品以下，听分巡御史、按察司并分司取问明白，议拟闻奏区处。”
也就是说，五品及以上京官，都察院无权擅自拘捕或审问，必须先将所犯事由实封奏闻请旨，得到皇帝批准后方可行动。
对于六品及以下京官，都察院及巡按御史等确实是可以直接“取问”，但审问明白后，仍需议拟闻奏，将拟定的处理意见上报皇帝裁决。
而户部郎中就是五品，也就是说，如果都察院要想对于丁魁楚采取强制措施，将其扣押，必须要有朱常洛的上谕才行，这点丁魁楚是很清楚的，所以他直接询问邹元标是否有上谕，没有上谕那就是非法的。
邹元标还是极为温和的说道：“丁郎中说笑了，本宪并非将丁郎中下狱，只是此案事关重大，天子对于此事也是极为重视的，何况帑银调拨，所涉流程复杂，恐怕也不是三言两语能够说清楚的，本宪将丁郎中留在乌台，也是为了查明事情真相，好还丁郎中一个清白嘛。”
邹元标当然知道自己没有上谕是不能羁押丁魁楚的，而且就现在所掌握的证据，也不足以对于丁魁楚采取强制措施，这点邹元标还是很清楚的，当然，如果邹元标向朱常洛请旨的话，朱常洛肯定是会支持邹元标的，但是这样一来，都察院和厂卫又有什么区别呢？
所以邹元标认为，必须要在拿到实证之后再对这些犯官采取行动，这样才能够体现朝廷法司和厂卫的不同，而现在丁魁楚是有重大嫌疑的，肯定是不能放过他的，所以邹元标采取的办法就是以协助调查为名，将丁魁楚留在都察院。
对于此事丁魁楚自然是极为不满的，但是邹元标直接拿出了朱常洛的天子剑，对他说道：“老夫以为，丁郎中是两榜进士，应该是明白道理的，这些东西，还是不必要拿出来的为好。”
邹元标这么说，丁魁楚也是没有办法，邹元标的意思已经是很清楚的，丁魁楚要是非要和邹元标纠缠上谕的问题，邹元标就只能拿出天子剑来说事了，到时候就算是李汝华出面，恐怕都说不出什么来。
邹元标随即命令将丁魁楚带下去让他详细将饷银的调拨等流程写清楚，同时就是命令严云从去调查丁魁楚的交际还有财产等信息。
同时再次签发牌票，传唤兵部车驾司崔呈秀，而且其他的御史们则是去调查他们两人在朝廷之中的风评，同时将与这些饷银有关的官员一一传唤到都察院来接受调查。
除此之外就是经手此事的吏员，对于这些吏员，都察院的态度就没有对于这些官员们这么好了，作为三法司之一，都察院设有自己的监狱，史称“都察院监”或“都察院狱”。它并非关押普通犯人的地方，而是一个专门关押由皇帝交办或都察院纠劾的重大案犯，尤其是具有一定品级的朝廷命官的特殊监狱。
这次从前代继承而来的，都察院监由下属的司狱司进行管理。其主管官员为司狱，品级为从九品，都察院监主要关押的是重要的朝廷命官，通常需要具备一定的品级和身份，并非普通官员可以随便被关押进去。主要是关押的职务犯，这点和刑部天牢、大理寺狱是有很大区别的。
但是之前，由于刑部权重，所以“今狱词皆具于刑部矣，都察院并无狱囚”，这就导致都察院狱沦为虚职，不过邹元标上任之后，奏请朱常洛重新恢复了都察院狱，专门用于侦办都察院所办理的职务犯罪案件，这次正好派上了用场。
邹元标直接将涉案的吏员下都察院狱严审，同时奏请朱常洛，借锦衣亲军北镇抚司查检校尉来查抄这些吏员，从中获得相关的证据，朱常洛当即同意了邹元标的奏请，下旨命令北镇抚司配合都察院行动。
这下朝廷上下的目光都被都察院所吸引了，这次都察院所采取措施的官吏可不少，已经下狱的兵部、户部吏员、书算二十余人，被软禁在都察院的官员也有差不多近十人，虽然这些官员的品级不高，除了两位郎中之外，大部分都是主事、员外郎，甚至还有经历司经历等首领官，但是这已经传递出一个很明显的信号了，都察院这次可是动真格的了。