可以说户部上下各级官吏，没有不沾上这笔银子的。
不仅仅是户部，各个部院都依托本衙的权力，想尽办法的捞银子，由于这次军饷案主要就是关乎兵部和户部的，所以这两部也是都察院稽查的重点，户部主要是依靠财政收支过程中的种种漏洞来捞银子，而兵部则主要是依靠官军来捞银子。
首先就是号称京官四大肥差的兵部武选司，武选司掌管武官选拔升迁，是兵部最核心的肥缺。其贪墨手法主要是收受贿赂，篡改档册。导致现在官军之中，债帅横行。
邹元标等人经过调查之后发现，兵部将各地把总改由部选，“滥用三科武举，辟此一途，以便请托通贿赂”，导致武将上任前就已负债累累，上任后必然大肆克扣军饷来还债，也就是所谓的债帅。
更恶劣的是，兵部武选司的吏员竟勾结钦天监革职博士，盗出内府黄册，篡改功次，伪造御宝，前后帮助38人冒袭了千户等世职，这是朱常洛所绝对不能容忍的，也是这次都察院所发现的最为恶劣的事情。
除此之外，职方司与武库司也是贪墨横行的地方，职方司负责核定兵额、军费，武库司掌管兵部银库与军器，两者在军费流转中扮演了关键角色，也是贪墨的重灾区。兵部官员与边将勾结，在册籍上虚报兵员，冒领饷银，这已经是最为普遍的事情了。
一般来说，边将所吃的空饷，三成要用于打点督抚、饷司、巡按御史、清军御史、兵备道等地方文官和镇守太监等，四成要用于打点兵部、户部等朝廷官员，剩下的三成才是自己能够贪入私囊之中的，这下真成了三七开了。
如果有的武将敢质疑怎么才七成啊，各级官员就会教他做人：七成是人家的！能得三成还得看兵部的脸色！
即便是朱常洛在严旨之下，兵部尚书王象乾、户部尚书李汝华都极为关注的辽饷问题上，兵部拨发了足额军饷，经手官吏也会想方设法克扣。边军月粮本已微薄，且常“越三四月不沾实惠”，加上“该管官司又有公私使用之扣”，最终到手“名虽四钱，计所得不过一二钱”。
兵部的贪墨，已形成一个从堂官到司吏、从武选到钱粮的完整腐败链条。武选司卖官，职方司虚报兵额，武库司克扣军饷，不是找一个相对清廉堂官就能够解决问题的。
除了兵部和户部这两个被重点查缉的部门之外，吏部也是这次清查的重点，原因也是非常之简单的，之前崔呈秀就因为贪墨被张铨所弹劾了，而且是已经查实的弹劾，在这种情况下，崔呈秀怎么还能够得到升迁，文选司在其中肯定是有猫腻的。
所以通过这些吏员，都察院也将吏部的贪墨情况给摸了一遍了，而且令一众御史们咋舌的是，不仅武官有所谓的债帅，文官也有所谓的债官，文选司掌官员升迁调补，考功司掌官员考核奖惩，这两个最具实权的部门是贪墨的重灾区，也就是京官四大肥差之中的另外两个。
武选司是卖武职官缺，而文选司自然是卖文官的官缺了，文选司郎中虽仅正五品，却是“权倾朝野”的职位，号称天下第一五品，崔呈秀要想晋升，必然要走通文选司的路子，在邹元标的严审之下，崔呈秀交代了自己贿赂文选司郎中周应秋、主事李夔龙，谋求升迁的事情。
崔呈秀向他们两人分别行贿五千两、三千两，才得到了这个职务，当然除了京官职务之外，地方官的职务才是吏部文选司的重点，因为大部分的地方府州县官的任用，都不必经过吏部堂官之手，文选司自己就能够决定了，所谓文选司得以在其中上下其手，定价卖官。
现在在京师之中，对于文选司郎中周应秋的绰号就是周日万，因为他老人家日进万金嘛，由于吏部卖官，官员为谋取职位往往需要在京城借贷巨款行贿，这笔债务被称为京债。
据这些官员们供称：“选官动借京债若干，一到任所，便要还债。”
而大明官俸本就微薄，所得的各种常例银还要向上级分润，为了还清京债，官员到任后，为偿还京债，必然剥民。这形成了一个吏部受贿、官员借债、到任搜刮、百姓遭殃的恶性循环。
除了卖官之外，京师各级衙门的吏员职务买卖，也是吏部各级官吏的财源之一，腐败不仅限于官员，吏部和朝廷各衙门的书吏职位同样可以买卖。吏役期满出让职位时，接替者需支付“顶首银”，举荐者可得五六百金的酬谢。这种吏职的世袭与买卖，也是吏部各级官吏贪赃的重要来源。
以顶首银为例，一般介绍人拿一成，原本职务上的书吏、吏员拿三成，吏部官吏拿三成，本衙官吏再拿三成，在这个链条上的所有人都是有利可图的。
对于这些事情，邹元标都详细加以记录，并且向朱常洛加以奏报，请求朱常洛圣裁，邹元标很清楚，这里面涉及到的官吏实在是太多了，对于朝廷来说，必须要慎重处置。
尤其是其中大量的吏员、书手、算手等，他们看似不重要，但是确实各个衙门正常运转的重要保证，要是将他们都给抓捕了，朝廷部院可能立即就要停摆了，而且不要看现在所查到的仅仅是一些郎中、主事级的官员，但是他们的背后，有没有部堂大员呢？
邹元标必须要考虑到这个情况，抓人下狱确实是一个非常痛快的事情，但是要是因此把整个朝廷的行政机构给搞停摆了，那吃不了兜着走的就是他邹元标了。
所以邹元标将相关的案件、口供等封存，赶紧送往西苑，请求朱常洛圣裁。
而朱常洛在收到这些供状之后，也是一点都不意外，大明朝廷上下贪墨，已经并不是什么稀奇的事情了，这次朱常洛本来就是要整顿整个朝廷的风气。