但是整顿风气也是要有轻重缓急的，这点朱常洛也是很清楚的，别说按照大诰了，就是按照大明律，现在这些官员们，有多少都该身送东市，悬首都门了？
朱常洛很清楚，整顿官场风气的前提是维持朝廷的运转，他不是重八哥，可以大刀阔斧的将这些官员一杀了之，而且朱常洛也很清楚，大明朝廷仅仅是吏部、户部、兵部如此吗？
就是以朝廷风宪而着称的都察院，其内部的腌臜孑孓也一样不少，都察院原本负责整饬吏治，维护朝廷的纲纪，但是现在却成为了敛财的工具和党争的武器，其腐败手段之系统、数额之巨大，比之其他部院，一点也不差。
因为都察院有一个其他部院都都无法比拟的优势，就是巡按御史，他们手中可是直接握着这些地方官员的命根子，巡按御史“代天子巡狩”，拥有“大事奏裁，小事立断”的巨大权力，是都察院贪墨最严重的群体，他们也是地方各级官员们奉承的对象。
地方官为求举荐、免于弹劾，对巡按御史百般讨好，沿途跪迎、盛宴招待、馈送金银。这种“馈送”已成为官场惯例，甚至被视作御史出巡的“养活之计”。巡按御史查获的赃贿银两本应存于州县作为公费，但常被御史据为己有。
据两淮巡盐御史杨涟向朱常洛奏报，仅仅从泰昌元年到现在，各任的两淮巡盐御史就从两淮盐税银中支取了二十八万两官银之多，主要是用于馈赠京师官员，好为自己在巡按结束之后谋求一个好的前程，除此之外，御史们党同伐异，这些都是非常之正常的事情了。
吏科给事中韩一良久曾经上疏称：“臣所闻见，一督抚也，非五六千金不得；道府之美缺，非二三千金不得；以至州县并佐贰之求缺，各有定价；举监及吏承之优选，俱以贿成。”
至于六科给事中，在稽核六部事务时，常以“旧例”为名收取规费。地方官员和部院司官为求考核过关、避免被弹劾，也必须向相关的科道官员输送利益。这种“常例”虽非明面贿赂，却是六科灰色收入的基础。
这些事情朱常洛都是有所耳闻的，不过现在借由军饷案，朱常洛将这些官场之上的种种赃私行为都给翻出来了。
朱常洛在无逸殿召见了内阁辅臣们，将邹元标送来的供状给辅臣们看，朱常洛问道：“这些事情，诸位是知道还是不知道呢？常例银子，诸位又拿了多少呢？”
朱常洛很清楚，现在朝廷上下，收受常例银子已经成为了惯例，即便是内阁辅臣，一样也不能幸免，辅臣们赶紧向朱常洛请罪，朱常洛没好气的说道：“今日叫先生们来，不是为了发火的，而是当下之局，如何了结，朕也知道，大明官俸微薄，朝廷嗣后也要想办法处理此事，但是现在法纪荡然，贪墨横行，如此大明怎生得了？”
对于这个问题，首辅叶向高自然是首先要发言了，他认为根源还是在吏部上，吏部选司在选官的时候就无法做到公平，朝廷的风气怎么能够好呢？
现在钱多者取高位，钱少者得低位；钱多者任京官或地方肥缺，钱少者打发到清水衙门或边远省直的贫州僻县。于是每个官员都要找到自己的靠山，靠什么去找，行贿是最好的办法。当时地方的州县官员给督抚大员送礼，督抚大员又给京官送礼，以至形成了“朝觐之年为京官收租之年”的状况。
所以当务之急就是整顿吏部，加强朝廷对于铨选的监察，同时整顿风气，才是最重要的事情，现在大明风气败坏，对于这些官员们来说，升官并不是终极目标，终极目标是为了发财，而发财就要找一份肥缺，为了讨一份美缺，他们也是四处钻营。
当获得肥地美差，博带高冠，洋洋道路时，周围一片羡慕的目光，人们举酒为之庆贺，认为“此行万金可致也”。当被派往僻远贫困州县或者清水衙门，俯首吁气、含泪抱憾时，也会听到温馨的慰藉：“纵不得万金，数百金可必，何至作凄恻状哉？”
同时还有各种官场的繁文缛节，也是其中的一大弊端，叶向高就说道：“陛下，今者上司初任一见，有事商量再见，无妨矣。乃年节一见，端午一见，中秋、重阳、辞岁又数数见。生日一见，考满一见。上司凡有家庆，自己欲效殷情，又常常时见。近者犹可频来频往，尚有远在一二千里外者，往返或二月，或一月，或半月，其见时之馈送，又不可问也。”
孙如游也认为，整顿风气才是最重要的，大明官员的官俸微薄确实是事实，但是现在整个官场上的豪奢之风也是极为要命的。
孙如游就说道：“陛下，今士大夫寡廉鲜耻，以豪奢为夸，臣见其家设客，用银水火炉金滴嗉。是日客有二十余人，每客皆金台盘一副，是双螭虎大金杯，每副约有十五、六两。留宿斋中，次早用梅花银沙锣洗面，其帷帐衾裯皆用锦绮，纨绔豪奢，又以椐木不足贵，凡床厨几棹，皆用花梨、瘿木、乌木、相思木与黄杨木，及其贵巧，动费万钱。囊橐既裕，治第太侈，制一床费至一千余金，不知何木料妆饰所成。如此豪奢，官俸如何能支？”
而且即便是公认官俸最高的两宋，也有官员认为官俸太薄，他们还公然叫苦称：“今天下吏禄，盖有丰不胜其丰，而约不胜其约者矣。士之贫者，扶老携幼，千里而就一官，禄既薄矣，其或州县之匮乏者，上官之私怒而不悦者，有终岁而不得一金。 且夫假责以往也，而饥寒以居也，狼狈以归也。非大贤君子，谁能忍此？而曰：‘尔无贫，吾有法’， 岂理也哉！”
所以仅靠增加官俸，是无法解决这个问题的。