朱常洛当然是很清楚这其中的轻重了，他对辅臣们说道：“此事朕会遣锦衣亲军来处理的，但是部院的事情，应当怎么处置啊？”
这点确实是一件极为要命的事情，这次吏部所暴露出来的问题，对于大明朝廷来说是极为致命的，大明朝廷现在是贪腐成风，行政效率极为低下，京官向地方官员索要贿赂，导致地方吏治腐败，而吏部作为朝廷的铨选部门，率先腐败，这确实是极为要命的事情。
所以朱常洛认为这次必须要依严刑峻法整顿朝廷吏治，才能够提高朝廷的效率，对于涉案的官吏，要重典惩处才行，同时还要严厉追赃，这点也是非常之重要的，现在这个官吏们之所以有恃无恐，一来是因为大明法纪荡然，朝廷上下因循苟且，他们有恃无恐。
二来就是因为朝廷追赃不力，即便是被朝廷发现了，对于这些官吏来说，大不了就是丢官罢职，回到家乡之后，有自己贪墨所得和在官场的关系，他们仍旧可以过得极为富足的生活，所以他们对于朝廷整饬吏治的行动并没有什么太大的感觉。
朱常洛这次就是要让他们感受到痛苦，知道知道一袋米扛几层楼，这样才能够使得朝廷的吏治得到整顿。
还有就是打击的重点问题，以往朝廷主要是对于官员加以整饬，认为吏治的关键在于这些官员，但是朱常洛认为，吏治的关键首先在于这些吏员，不管是在朝廷衙署还是在地方官府之中，吏员都是最基层的群体，他们也是绝大多数行政行为的直接执行者。
官员们的受贿、贪墨等行为，往往都是这些吏员在实施的，但是大明朝廷之前又离不开这些吏员，这点朱常洛其实是很清楚的，在这种情况下，朱常洛认为大明要推广之前所试点的吏员考选制度。
袁可立在北直隶和山东试行吏员考选制度，也还是有了一定的成果，首先就是考选吏员和科举考试不同，吏员注重的是基本的行政能力，而不是经义和策论知识，这点也是极为重要的，而且吏员考选，首先就是要具备生员功名，他们已经有了一定的经义水平。
对于朝廷来说，主要是从中选拔熟悉朝廷行政、律令、书算等的人才，才能够作为地方官府的吏员使用，同时就是分科取才，袁可立之前就向朱常洛详细介绍了北直和山东考选吏员的相关情况，主要就是分科选取。
袁可立将吏员分为三种，行政吏员，主要是在地方各级官府之中负责文书处理，基层行政工作等吏员，他们主要考核的方向就是公文写作和处理。
然后是书算吏员，他们主要是负责处理各级衙门之中的各种计算、统计等财政事宜的吏员，所以主要以书算作为考核的重点。
第三种就是司法吏员，主要是协助官员处置各种司法案件，以及刑名事务，所以主要考察对于大明律、问刑条例以及朝廷各种法令的理解，判词的撰写等内容。
这三种吏员，基本上包括了大明地方官府现在主要需要的吏员种类，对于地方官府来说是能够满足相关的需要，对于大明朝廷来说，其实也是差不多的，不过袁可立也在其中指出了现在朝廷实施吏员考选的不足，主要是考试的难度不够。
按照朝廷的制度，考试是礼部来负责的，朝廷的抡才大典，一般都是由礼部主持的，同时考官也主要从翰林院或者是科道之中选择，这就造成了一个很麻烦的事情，就是这些科举出身，尤其是翰林官们，长于文辞经义，短于政务书判，他们自己在这方面就并不擅长，同时不熟悉地方政务，所以他们所出的题目并不怎么符合地方的要求。
朝廷如果要推动吏员考选的实施，在考官上必须要保证质量，选拔的考官必须要是相关方面的专业人士才行，这样才能够保证朝廷遴选到合适的人才。
朱常洛随后将阁臣们留下来，同时召见了吏部、户部、兵部的堂官，这些部堂大员们到了西苑之后，看到的是朱常洛和一众辅臣们铁青的脸色，他们都暗叫不好，王象乾和李汝华自然是很清楚是什么事情，这次的军饷案影响还在不断地扩大，已经有大量的官吏被牵涉其中了。
同时户部和兵部的一些所谓的潜规则也被暴露出来了，在朝廷财政如此吃紧的情况下，两部的官吏合谋贪墨朝廷的军饷，这自然是朱常洛极为不满的事情，邹元标也在详查此案，尤其是解运官吏被押解回京师之后，此案各种细节更加明朗，户、兵二部之中的各种破事也更多了。
吏部尚书申用懋的预感也是极为不好的，虽然看似此案和吏部没有什么关系，但是这些官员的铨选都是由吏部在负责的，而且对于文选司郎中周应秋的事情，申用懋也并非毫不知情，只不过之前一直睁一只眼闭一眼罢了，周应秋对于申用懋这个吏部尚书还是比较恭敬的，而且能够领会申用懋的意图，所以申用懋对于其贪婪也加以包庇。
堂官们叩头行礼之后，朱常洛这才说道：“诸位每日在衙署之中，做的好大事！朝廷铨政、军政、财政，尽为胥吏所制，尔等惶惶然列于朝班，能无愧乎？”
皇帝亲自对于部院重臣这么严厉的指责，这是极为罕见的事情，申用懋等人赶紧请罪。
朱常洛对辅臣们说道：“将他们各自衙门的烂事给他们看看！”
叶向高等人将相关的供状按照衙门分发给了各部院堂官，申用懋虽然已经有了一些准备，但是还是被其中的内容给吓到了，周应秋、李夔龙合谋卖官，甚至于将已经被御史参劾查实的崔呈秀升任兵部，而崔呈秀在本案中又是关键人物，其中的厉害，申用懋怎么可能不清楚。
一众部院堂官们自然是立即请罪。