朱常洛当然听出了辅臣们的意思，虽然阁臣们说了什么，从风气到吏治，其实叶向高和孙如游都在和稀泥，将现在的这些贪墨问题，归咎为各种复杂原因所导致的问题。
这样一来申用懋等人的罪责就要轻很多了，因为这次借由军饷案所暴露出来了大明朝廷各个部院的贪墨行为是十分之惊骇的，一旦朱常洛准备严究此事，作为吏部尚书的申用懋必然首当其冲，这点他们是很清楚的。
孙如游自然是希望能够保全申用懋，毕竟他在吏部尚书这个位置上，能够帮东南士绅争取更大的利益，还有一个重要的问题，就是申用懋和内阁的关系比较融洽，这点也是叶向高也出来和稀泥的重要原因之一。
从自己的政治利益上来说，叶向高原本是没有立场帮申用懋说话的，但是作为首辅，叶向高必须要考虑整个朝廷的稳定，朱常洛之前已经因为此事处置了户部的两位堂官，虽然只是革职留任，但是事情可还没有结束呢，现在兵部肯定也是跑不掉的了，吏部也被牵涉其中。
也就是说，朝廷六部之中，有一半牵涉进了此案之中，可以预见的就是大批的司官和部院中低级官员要被此案牵连，还有就是大量的吏员也要被处置，这样一来，朝廷的行政效率和稳定就会受到很大的影响，如果这个时候吏部出了大差错，对于朝廷上下的影响是很大的。
和孙如游一样，叶向高所看中的就是申用懋与内阁关系融洽，这个时候更易吏部尚书，万一换一个相对比较强势的吏部尚书，挑起阁部之争的话，对于朝廷来说并不是什么好事。
尤其是从万历中期以来，阁部之争激化，吏部与内阁的斗争，本质上是制度性的“部阁之争”，核心是对人事任免权的争夺。自太祖废丞相、权归六部后，吏部在法理上成为人事行政的最高权威，吏部尚书号称天官，为百僚之首。然而，内阁凭借票拟权逐渐侵夺部权，尤其是高拱、张居正时期，内阁全面控制六部，导致矛盾激化。
而在张居正死后，内阁权威不断下降，给了吏部挑战内阁的机会，因为内阁的权力更多源于皇帝信任和惯例，缺乏法定地位；吏部则拥有祖制赋予的独立职权，这导致双方在权力边界上持续摩擦。吏部手握法定的铨选大权，内阁则凭借票拟权不断侵夺部权。
到了朱常洛即位，才开始加强内阁权力，同时申用懋也相对比较温和，阁部关系可以说相对比较融洽，而如果在这个时候将申用懋罢免的，很有可能激化阁部矛盾，而且肉眼可见的这次朝廷上要空出一大批位置来，在这种情况下，到底是内阁主导铨政还是吏部主导铨政，这就是一个非常重要的问题了。
一旦选任一个相对比较强势的吏部尚书，必然和内阁争夺对于铨政的控制权，这对于朝廷来说是极为不利的，而且叶向高对于申用懋还是比较了解的，要说申用懋有私心，在铨政上倾向于东南士绅集团，袒护乡党，这点是有的，但是说他借由铨政受贿贪墨，这倒不至于。
申用懋更多的是失察，毕竟吏部尚书事务繁忙，对于一些部院司官、地方州县官的选用，申用懋不可能仔细的去审查，很多时候都是放任文选司是处理此事，这就给了周应秋在其中上下其手的机会。
朱常洛当然知道他们的想法，朱常洛说道：“朕不是这般不知轻重的人，现在朝廷要务，在缉拿贪官污吏，同时进贤黜不肖，卿等以为何如啊？”
李腾芳这才说道：“陛下所言极是，彼辈干犯王法，不可轻恕，然后用舍刑赏，人君之大权也，臣等不便置喙也。”
朱常洛看了一言不发的韩爌，有些好奇的问道：“韩师傅何以一言不发？”
韩爌说道：“陛下，臣在想军饷一案，由邹总宪承办，此自无不可，然吏部一案，牵涉甚广，恐要分开办理为好。”
韩爌的想法也是很简单的，虽然吏部案是由军饷案所引出来的，但是毕竟性质不同，如果还是由都察院来查办的话，确实是有些不合适的。
韩爌虽然没有明确表达自己的意思，但是朱常洛显然是很清楚他的意思，军饷案的性质是极为严重的，这点毋庸置疑，但是军饷案所能够牵涉的官员毕竟是有限的，在朝廷不过户部山西司、兵部职方司、车驾司和相关的解运官员。
在地方不过宣大发运司、各镇饷司以及兵备道、宣大三镇的一些将领，所能够牵涉的官员还是比较有限的，而且基本上不是什么重要人物。
但是吏部案就不同了，虽然现在看起来只是文选司、考功司的舞弊行为，但是要知道，文选司和考功司，几乎控制着整个大明各级文官的选拔任命，即便部堂大员、地方督抚是经由会推或者是廷推任免的，但是文选司和考功司仍旧是第一个关口。
这些廷推和会推的名单，文选司和考功司也是能够影响的，所以可以说现在大明官场上没有不和文选司、考功司发生关系文官，上到朝廷的部堂大员，地方的督抚，下到州县守令，都在其中，一旦查处文选司和考功司，从里面带出些什么来，根本无法预料。
而都察院的保密性是很差的，一旦出了什么事情，朱常洛都很难收场，所以韩爌的意思此案还是交由厂卫办理比较合适，这样的话，即便是发现了什么，也在相对可控的范围之内，朱常洛能够及时收尾。
同时也能够让朝廷上下安心，这点也是很重要的，否则的话，所有向文选司、考功司行贿过的官员都要依大明律论处的话，恐怕大明朝廷上就剩不下几个人了，那谁来给朝廷干活呢？谁来安抚地方呢？这点确实是极为重要的事情。