王恭厂乃是内城西南隅的皇家兵工厂，原隶属于工部，主要从事火药生产与存储，日常贮存火药数万斤至十余万斤，专供京营和禁兵使用，其职能包括制造盔甲、铳炮及火器，设监厂太监及工匠管理，是现在大明内城最大的火药作坊。
现在朱常洛成立了军器监之后，这些一应有关军器制造的工场，都交由军器监负责。
毕懋康赶紧说道：“陛下，京师诸火药局，以王恭厂为大，现在朝廷虽在外城、天津等处设立火药工场，然京营等处火药，一直有王恭厂提供。王恭厂负责火药生产与存储，日常贮存火药数万斤至十余万斤，专供京营使用，凡本监领银制造京营、禁兵军器，由盔甲厂制造十分之六，王恭厂制造十分之四。”
朱常洛当即说道：“火药军器，极为敏感，一旦出事，震惊中外，且京师内城要地，岂可如此？尽速将其迁出，一应军器制造，不准再内城进行。”
王恭厂作为朝廷重要的火药制造设施，绝对不能放在京师城内，这对于百姓和朝廷的威胁的实在是太大了，朱常洛命令重新选择地方，营建火药工场，同时将朝廷的大型军器制造工业集中到一起来，这样既便于管理，同时也便于朝廷加强防备。
除了这些事情之外，毕懋康还向朱常洛奏报一些事情，由于北直今年也遭受了大旱，所以之前军器监所使用的水力锻锤等难以使用，还是要大量使用牲畜或者是人力锻锤，才能够保证朝廷各种军器的生产，同时也要更新朝廷军器监的各种机械。
同时毕懋康还请求对于军器监下属工匠实施工艺考核制度，将所有工匠分为八等，按照工匠的技术等发给钱粮，对于有发明创造的，也要给予冠带等技术官作为奖励，这些朱常洛都予以批准了。
现在对于朱常洛来说比较重要的还是解决东南的问题，熊廷弼到了东南之后，向朱常洛上密疏，提了三件事情。
第一就是兴海运，熊廷弼指出现在漕运的耗费太高，对于朝廷来说实在是难以负担，而且在漕运过程之中的弊端丛生，现在必须要保证漕粮的如数抵达京师，同时尽可能的节省朝廷的开支，熊廷弼主张海漕各半，也就是漕运二百万石，海运二百万石。
经过熊廷弼的测算，可以节省朝廷运费三十万元，同时将多余的运军安置到运河沿岸，负责维护运河，保证运河的通畅。
第二就是行钱法，现在东南银贵谷贱，这对于朝廷来说并不是什么好事，而且朝廷的银元和制钱确实在东南海没有形成优势地位，这就使得朝廷每年无法获得充足的钱息，所以朝廷必须要在东南、闽粤等地强制使用朝廷所发行的银元和制钱，将这些富商大贾和士绅手中的白银控制在朝廷手中。
一来可以通过铸钱获得丰厚的钱息，以保障朝廷的财政收入，二来可以调控物价，防止这些豪商、士绅通过控制白银来攀比百姓。
第三就是清欠粮，对于东南现在的欠粮问题，朝廷现在也是极为关注的，之所以内阁和各部院在派遣熊廷弼出镇一事上其实是达成了相当的默契的，虽然有反对，但是其实更多的还是顺水推舟，就是希望能够借重于作风强硬的熊廷弼，在东南打开局面。
朱常洛一开始是寄希望于朱燮元的，因为他长期在东南任职，熟悉当地的情况，同时在东南有较高的威望，朱燮元也确实做出了一些成绩，可以说和万历年间相比，现在东南的欠粮数量已经下降了一半，同时漕粮的征缴也基本上得到了保证。
但是东南仍旧有存在大量的欠粮情况，同时作为大明经济最发达的地方，朱常洛认为东南的赋税是不足的，尤其是工商业赋税是显然很少的，现在必须要增加赋税，保障朝廷的收入才行。
朱常洛将熊廷弼的奏疏下部议，然后开始批阅有关福建的奏疏，洪承畴、南居益等人也就台湾和颜思齐的事情向朱常洛上疏有关善后事宜。
首先自然是钱粮问题，为了向台湾迁移福建行都司和闽粤两人的无地百姓，南居益一共需要花费二十万和相应的物资，除了福建藩库能够动支的八万之外，剩余十二万则是由市舶司关税支出，同时还要从佛山订购大量的农具等，帮助这些卫所军士、百姓开荒。
除此之外就是医生、药材等的配置，所以台湾物产丰饶，但是同样也是疫病横生，尤其是疟疾等，如果朝廷不早做准备的话，就必须要准备相关的药材，南居益特别提到，在澳门的佛郎机人手中，有一种治疗疟疾的药材，名唤金鸡纳霜，有奇效。
但是佛郎机人把持着这种药材，想要卖出高价，朝廷必须要想办法解决此事。
除此之外，就是对于颜思齐部的善后处置问题，经过洪承畴、南居益、许弘纲等人的商量，除了他们已经采取的手段之外，还要继续加强对于这些人控制，其中的重要在他们的家属。
洪承畴提议，将颜思齐等大小头目年纪稍大的儿子加恩入监，送南京国子监读书，以圣人之道加以教诲，同时台湾立即兴办学堂，不仅各卫所的卫学要搬迁过去，府州县学也尽快设立，选拔教官，给予重赏，对于颜思齐部下的后代加以教育，这也是控制他们的一个重要办法。
朱常洛予以批准，同时专门给洪承畴、郑芝龙下旨道：“朕闻台澎副将郑芝龙长子森，系泰昌四年生人，随父远来，朕颇感慨，着赐名成功，加恩府军前卫千户带俸、勋卫，待其长成，可充宿卫之重，备楼船之征也。”
这确实是非常之遇了，毕竟府军前卫乃是太子幼军，朱常洛这个安排就是将其作为未来太子的心腹培养，一旦长大，先充任勋卫，然后就能够外放为大将了。