对于这些海盗，不仅仅要加以分化瓦解，同时还要安置好他们的子弟，使得他们安心为朝廷办事。
这样一来，大明水师能够一段时间加以发展，使得朝廷有喘息之机了。
而对于熊廷弼提出的三件事情，朝廷上下也进行了讨论，争议比较大的主要在漕运问题上，不少人还是认为海运漕粮风险太大，终究不如运河方便。
这种言论尤其在科道和户部声音比较大，户科给事中张焕上疏称：“当今之行海运，譬北方之种稻，始必树艺少许，以试地利，若不论南北之高下寒燠，菽粟与稻并树，则虽三尺之童，亦知稻之所获不如菽粟之尝多矣。河运之与海运，其经权久暂之宜，殆亦类此。当事者议复海运，悉心讲画，法非不周，然风涛险阻，终属可虞。所以岁运祗限八十万石，意正为此。今闻海运至山东即墨县福岛等处，忽遭异常风雨，冲坏粮船七只，哨船三只，漂消正耗粮米几五千石，淹死随军水手十五名。”
他们以在朝廷实施海运过程中所发生的事故为由，认为现在的海运仍旧有发生海难的可能，所以他们认为海运终究不可靠，不如漕运稳妥。
巡仓御史鲍希颜也上疏称：“因此反复其事，海道之势与河道异，河道之可恃者常，海道之可恃者暂，特数百艘行数千里巨浸，侥幸于暂可恃，未有而无虞者也。”
尤其是以运河沿岸的山东籍官员和山东地方官府官员反对声音是最大的，他们担心的主要是朝廷一旦大规模实施海运，运河给沿岸所带来的便利就将不复存在了，这点是他们最担心的。
但是户部却支持增加海运的数量，原因也是非常之简单的，能够节省三十万的运费，对于现在财政拮据的户部来说，确实是极为重要的事情。
至于海运的风险和漂没问题，其实熊廷弼在奏疏之中也已经进行了非常之详尽的分析，海运确实存在风险，这点是肯定的，但是将海运的风险和漕运的各种开支相比的话，那完全是小巫见大巫了。
根据熊廷弼和南京户部的奏报：江西、湖广、浙江三省漕粮，每石加耗米六斗六升，又加尖米一斗，共七斗六升。其中四斗随船作耗，余三斗六升折银一钱八分，称为“三六轻赍”。
南直隶江北各府州县漕粮，每石加耗及尖米共五斗六升，内除三斗随船作耗，余二斗六升折银，称“二六轻赍”。
南直隶江南各府州县漕粮，每石加耗及尖米共六斗六升，内除四斗随船作耗，余二斗六升折银一钱三分，也称之为“二六轻赍”。
河南、山东二省漕粮，每石加耗尖米共四斗一升，内除二斗五升随船，余一斗六升折银，称为“一六轻赍”。
也就是说，最轻的加耗，也在四成左右，多的甚至到六成，这还是朝廷所规定的正项加耗，实际上朝廷在运输漕粮的过程中，所支出的费用是远远超过这个数字的。
户部左侍郎总督仓场汪应蛟是当过南京户部尚书，组织过督运漕粮的，对于其中的各种猫腻，自然是非常之清楚的。
他在奏疏中说道：“计朝廷一石之费，实不啻费二三石也。每过一洪，用银十余两，过一闸用银五六钱，所过三洪五十余闸，费可知矣。其领水脚也有费，其领修造也有费，其领繵缆轻赍也有费，其繇闸过坝也有费，其派给剥船也有费，其坐廒拨车、??扬淋尖也有费。米未下船而先行盘诘，牌票百出，索取千方，各官原有费额，另纳公堂使费银两，粮未行而水脚已耗过半矣。至于雀鼠、漂没之耗，尚在其外业。”
而现在朝廷召商海运和自己利用水师从松江府发运漕粮，每石只给运费四钱，别无他项支出，对于朝廷和地方百姓来说，都是极大的好处，即便是算上运输途中可能的事故，每石的耗费也不过五钱，比之之前，肯定是大为节省的。
何况如此一来，就可以将宝贵的运河运力让给民间，使得南方百姓能够得到好处，朝廷也得以减少开支，何乐而不为？
内阁也对于此事表示了支持，尤其是江南出身的官员，自然是对于此事极为支持的，这样对于江南各府州县来说，自然是极大的缓解了当地百姓的负担，所以朱常洛于是下旨批准增加海运，将江南各府州县的漕粮大部分改为海运。
对于清欠粮一事，朝廷上下也没有多少意见，拖欠朝廷正项赋税，这是无论如何也不能容忍的，而且对于东南出身的官员们来说，朝廷清理欠粮，不知道下过多少诏书，派遣过多少钦差，真正能够完成此事，能够有几人？
但是对于熊廷弼所言的强制推动朝廷的银元和制钱在江南等地流通一事，朝廷上下的争论就是很大了。
内阁、户部、太府寺等衙门，自然是坚决要求强制推动朝廷的银元和制钱在江南地区的使用，户部尚书李汝华就上疏指出：“盖繇富商大贾设谋网利，欲贵卖其所积，以图目前之饶，则偏重行之；欲贱收其所弃，以规日后之利，则惑众阻之。钱法不行，率是之故也。”
户部认为东南钱法不行，主要的原因还是地方豪强的阻碍，所以朝廷和地方官府必须要以严刑峻法推动此事，强制将市面白银兑换为银元和制钱，只允许流通朝廷的银元和制钱，这样朝廷才能够加强对于经济控制。
但是东南官员们显然不是这么想的，他们指出此事可缓不可急，要逐步推动银元和制钱在东南的使用，建立朝廷信用之后再强制推动，何况东南经济发达，朝廷要想推动此事，必须提前准备大量的货币才行，现在户部府库之中，有银元和制钱几何啊？
户部主张收市面白银，然后再加以铸造，但是这被东南官员们视为强夺民财。