魏忠贤不仅仅对于南京的这些太监们加以整顿，对于南京守备麾下的苏州、杭州等织造局也加以整顿，作为专供朝廷和内廷的织造衙门，苏杭两地每年都要向京师进贡大量的布匹丝绸，这其中的猫腻自然是很大的。
魏忠贤也对于两地的织造局清查账目，逼迫这些织造太监们把银子给吐出来，除了上缴内承运库之外，更加重要的就是组建朝廷在南京和东南的锦衣亲军了。
朱常洛是绝对组建苏松等千户所了，但是相应的人员招募也是一个极为重要的事情，全部用京师调来的锦衣校尉显然是不行的，京师调来的锦衣校尉确实比较可靠，但是不熟悉当地的情况，必须要借重于东南本地的力量，这点魏忠贤和许显纯还是很清楚的。
为了此事，魏忠贤专门找到了许显纯，询问道：“陛下以许指挥乃是国戚，掌南京锦衣卫事，是为了加强朝廷对于东南的查缉，许指挥可有成算啊？”
许显纯自然还是很清楚朱常洛对于他的希望，朝廷加强南京锦衣卫和各个千户所，主要就是对于东南不放心。
许显纯对魏忠贤说道：“魏公公，南京锦衣卫与魏国公府关系密切，如不加以整顿，恐怕难以济事。”
这点魏忠贤也是很清楚的，现在的南京锦衣卫，完全不堪趋使，里面都是南京的勋臣子弟，尤其是南京锦衣卫与京师锦衣亲军多卷入宫廷内部斗争不同，南京锦衣卫的职任往往起到“恩荫寄禄”之用。
在南京锦衣卫之中，有开国功臣常遇春、汤和、李文忠、邓愈和徐达等人的后嗣，就分别任职南京锦衣卫世指挥使或世袭南京锦衣卫指挥佥事，而这些职任大多是只领俸而不亲事任的。同时，有不少丝路归化人隶籍或在南京锦衣卫为官，并世代袭位于南京锦衣卫。
其中尤其是魏国公府，在南京锦衣卫之中势力极强，徐达的后裔徐膺绪、徐世礼、徐天赐、徐缵勋等在此世袭传位，并利用这种特殊身份和各种人脉在南京大兴土木，拓建成现在南京最大而雄爽的私园，取名为东园。
从迁都之后，徐家一共有十代二十八人担任过南京锦衣卫指挥使、指挥同知、佥事掌本卫事等职务，可以说现在的南京锦衣卫基本上都在魏国公后代的掌握之中，这次朱常洛让许显纯来整顿南京锦衣卫，第一个问题就是要将这帮勋臣子弟给按住，否则的话，许显纯恐怕是没法在南京锦衣卫打开局面的。
魏忠贤当然也知道现在的情况，许显纯想请求魏忠贤帮忙，但是魏忠贤说道：“咱家确实是能够帮你镇住一些人，但是魏国公恐怕无能为力。”
对于自己有多大的本事，魏忠贤也是很清楚的，对于一般的勋臣，魏忠贤这个南京守备还是很有威慑力的，但是对于魏国公，他就有点不够看了，作为大明勋臣之首，尽管魏国公长期在南京，但是和皇室关系密切，深受信任，根本不会鸟自己这个内侍的。
不过许显纯拿出一份奏疏，请魏忠贤和自己一道上疏，主要就是对于南京锦衣卫的整顿事宜，许显纯请求朱常洛在南京锦衣卫设立南镇抚司，专门负责本卫刑名军纪，同时负责监察南方各部官军的军纪。
许显纯很清楚，北镇抚司专理诏狱，要在南京设立的话，朝廷上的反应必然十分之激烈，东南官员绝对不会答应南京锦衣卫有类似北镇抚司的机构的，这样对于他们的威胁实在是太大的，但是许显纯要的，是镇抚司的侦缉、审讯和缉捕权力。
而这是需要朱常洛来授权的，毕竟在之前，南京锦衣卫并不是一个侦缉机构，魏忠贤当即与许显纯一道署名，并且通过自己司礼监的密奏渠道，发往京师。
朝廷上最近则是风声鹤唳，大戏不断，首先就是温体仁上直发伸奸大恶疏，正义举报原翰林侍读学士钱谦益在担任浙江乡试主考之中通过关节作弊，而且在事败之后，百般掩护自己的罪行，朝廷上还有钱谦益的党羽在活动。
温体仁的奏疏是十分的要命的，他在奏疏中说道：“臣职非言官，可以不言，然宗社安危所系，举国无一人敢言者。臣若不言，上负圣明，下负平生所学，臣不忍见皇上孤立于上，是以不得不言。”
在温体仁的笔下，朱常洛成为了一个受到钱谦益的同党欺骗，孤立于朝廷的孤君，温体仁激于义愤，所以仗义执言，为君父伸张，真忠臣孝子也！
这下举朝大哗，不是因为温体仁弹劾钱谦益，而是因为温体仁所指出的钱谦益同党，按照温体仁的逻辑，钱谦益的这些同党，可以在朝廷上将一桩科场大案，消弭于无形之中，可见其在朝廷上势力之大，能够上欺天子，下压群僚，俨然就是大明的立皇帝嘛。
那朱常洛岂不是成了汉献帝了？
而对于整个南直官员们来说，第一时间就将此事和孙如游联系起来了，你孙如游还说和朱常洛没有肮脏的pY交易，温体仁是谁指使的？
在南直官员们眼中，现在这不就是浙党再次和皇帝勾结了起来了，先是朱国桢越过孙慎行升任大宗伯，现在又是朱国桢的乌程老乡温体仁借所谓浙江科场案，明里弹劾钱谦益，实则是将枪口对准了整个南直官员。
南直官员们认定，就是孙如游在幕后操作，对于此事，孙如游是百口莫辩，他确实和温体仁是同乡，但是两人从无交集，此事他确实不知情，但是孙慎行等人显然无法相信此事。
而朱常洛在收到奏疏之后，也直接将其下部议，朝廷上下当即纷纷对于此事发表自己的看法，南直出身的官员纷纷上疏批驳温体仁的举报，认为他是无事生非，别有用心之徒，他们建议朱常洛立即严惩温体仁，才能够整肃大明朝廷的纲纪。