而吏部、礼部也向朱常洛呈递了起复和要赠谥加官的官员名单。
吏部尚书申用懋向朱常洛题奏称：“建言诸臣中，有事关国本者，或叩宸阍，或忤时宰，或引义而建诤，或因人而株连，皆成先帝之令德，廑宗社之远虑也。虽皇衷有主，未忍言夹日之功；而犯颜不避，何可没回天之力。先帝神明不测，用意渊深，虽阳弃其身，以杜群嚣之口，寔采其言，以巩万年之庆。今皇上笃念旧人，并其身而显庸之，即没而不忘优恤，亦诸臣千载一时也。今查访列名如王德完、孟养浩、钟羽正、李琯、姜应麟、丁懋逊、邹德泳、何士晋、孙如法、雒于仁、罗大纮、黄正宾、沈璟、李献可、舒弘绪、叶初春、吴之佳、杨其休、钱一本、贾名儒、王如坚、朱维京、王学曾、薛敷教、樊王衡、谢廷赞、杨天民、黎道炤、陈尚象、涂杰凡三十二人，其一时开载未备者，再行续请。”
申用懋的这个奏疏还是有些意思的，朱常洛很清楚，当年因为国本之争被惩处的官员何止列名的这三十二人，但是为何是这三十二人被起复，那肯定是有原因。
朱常洛将吏部左侍郎李腾芳叫来了，询问其中的原因，朱常洛问道：“李师傅，吏部奏请起复这三十二人，如何考量的？”
李腾芳赶紧向朱常洛解释了吏部选取名单的缘由，首先就是名气问题，当年因为上疏被惩处的官员何其之多，不过其中一些人名声极大，如雒于仁，当年一本酒色财气四箴疏直接给朱翊钧整破防，笔力直追海瑞，这样的人肯定是要优先纳入起复的名单中的。
其次就是平衡朝廷内部的派系势力，这点也是极为重要的，这三十二人基本上包含了现在朝廷中的各个政治派系，如钱一本，东林八君子之一，东林大佬，顾宪成的好友，而王德完又是朝廷内部反东林的急先锋，与李三才等人极为不和。
同时如钟羽正、李献可、朱维京等人，也都有各自的派系，吏部基本上采取平衡选用的态度，尽可能的起复，而且吏部也要卖人情的，如孙如法是礼部尚书孙如游的堂兄，沈璟是申时行的门生，自然是有些关系户的，这并不稀奇，朱常洛于是批准了吏部的这份名单，不过朱常洛暗示李腾芳，将王德完等反东林的官员，尽量安排在科道，以对冲东林在科道中的力量。
除了吏部奏请起复官员之外，礼部也对在国本案中出力但是已经去世的重臣们加以追赠的方案有所拟定了，这其中有两个人不太好处理，所以礼部尚书孙如游要单独向朱常洛请示此事。
第一就是原首辅王锡爵，第二就是原首辅沈一贯，他们两人的问题有一个共同点，都是和东林极为不对付，所以朝廷清议都不太欣赏他们两人。
东林对于王锡爵的评价是：“太仓归省年余，别无建树，亟亟焉以并封请，谓非迎合上指，抑大臣纳约自牖，其道如是乎？初拟二谕，欲元子取养中宫，在唐宋有之，其事陋而不经。中宫母仪天下，则百斯男，孰非其子？必襁育以为德，又闾巷之见也。设并封果行，数年而婚，未几而就国，畴能止之？汉儒称守经以行权，未达乎经而觊权之万一，则引误之说所自来矣。”
对于王锡爵当年搞出的所谓三王并封之事，朝臣们是很有看法的，认为王锡爵在国本案中并没有出力，不过朱常洛很清楚，当年王锡爵确实是想行经权之道，只不过被李腾芳给谏阻了，而且朱常洛的出阁讲读，甚至是讲官班子等，都是王锡爵所安排的，对于朱常洛，王锡爵是助力颇多了。
而沈一贯也是因为和东林关系极差，所以舆论对于他很不利，东林认为：“一贯枝拄清议，好同恶异，与前后诸臣同。至楚宗、妖书、京察三事，独犯不韪，论者丑之，虽其党不能解免也。一贯归，言者追劾之不已，其乡人亦多受世诋諆云。”
实际上沈一贯和浙党的关系并不是很亲密，沈一贯这人，信奉黄老之道，他的政治主张是得君行道，所以在朱翊钧和群臣之间进行调和，在很多事情上并不采取直接和朱翊钧对抗的办法，同时对于东林党人抱团搞事的行为，沈一贯是极为厌恶的，和温纯、赵南星、李三才等人的关系极差，故而受到攻击。
而在国本案中，沈一贯出力甚大，先后上疏五十多次，甚至不惜封还朱翊钧的上谕，最终达成了册立之事，在其中可谓居功至伟。
孙如游当然是知道其中情况的，他另有密疏一份，在其中详细陈述了沈一贯的事情。
孙如游在其中说道：“年来争淮抚，争考察，争东林，玄黄之战已酣，泾渭之来未判，雪消见，无路藏身，计惟有旧辅沈一贯夙犯公论，可借以笼罩言官，掩遮垢秽。于是不问其人之曾否识面，官之曾否同时，一触邪锋，即推四明之党，甚至如诸臣驳正起废一事，有何相渉，亦牵附于四明之流毒，浙人之主盟。此亦不冤之乎？”
孙如游自己就是浙江人，对于沈一贯是比较熟悉的，沈一贯这人，对于自己的浙江老乡并不亲近，而且不愿与官员多来往，并非结党弄权之人。
朱常洛自然是很清楚东林反感王锡爵、沈一贯两人的原因，因为他们两人一个促成了朱常洛的出阁读书，一个促成了册立，如果肯定他们在国本案中的功劳，那东林算什么？
只要将王锡爵、沈一贯彻底打倒、搞臭，才能够抹杀他们在国本案中的功劳，这样才能够在朝野塑造出东林在国本案中的出力死保朱常洛的状况，借机大批起复东林的党羽，好借机扩大自己的势力，这些事情朱常洛都是洞若观火的，但是现在必须要区处此事。