重臣们看了奏疏之后，自然是明白了朱常洛的意思，实际上在大明初年，京运年例银这个项目并不是边镇军饷的主要构成。
当时北边军饷的解决方案主要有四种，即“其粮料本折，有民运，有屯种，有盐引，有京发年例”。而这其中又以太祖所确立的屯田制为主，至于民运、开中与京运年例，则都是屯田收入不足时的辅助手段。
朱常洛说道：“朕观太祖祖训，太祖曾言：国家治兵以备不虞，自古贤君皆安不忘危，治不忘乱，今重兵之镇，惟在北边。然皆坐食民之租税，兵食一出于民，所谓农夫百，养战士一，若徒疲民力以供闲卒，非长策也。古人有以兵屯田者，无事则耕，有事则战，兵得所养而民力不劳，此长治久安之道。今卫所疲敝，屯田废弛，此朝廷之过也。”
朱常洛自然是很清楚的，现在大明要想重振卫所，已经是来不及了，对于朝廷来说，现在的情况是：“虽有屯田之名，而无屯田之实，以一卫计之，官军一年所支俸粮动以万计，而屯田籽粒只有六七十石或百余石，百不及一。”
指望屯田来保障官军的军饷、粮秣等物，实际上已经是非常不现实，从洪熙以来，军屯籽粒大量减少，到了正统，京运年例银的比例开始上升。
对于这些事情，兵部尚书黄嘉善是很清楚的，他起身说道：“陛下，现今军屯废弛已极，难以振作，然屯法之坏，不特失其额也。一坏于余粮之免半。洪熙行宽大之政，命免余粮六石，是捐其半也。是时，大臣违道干誉，不能为经远之计，夫举天下之军，籍食于屯，一旦失其半，何以足军国之需？再坏于正粮之免盘。宣德十年始下此令，正统二年率土行之。 不知正粮纳官，以时给之，可以免贫军之花费，可以平四时之市价，可以操予夺之大柄。 今免其交盘，则正粮为应得之物，屯产为固有之私。典卖迭出，顽钝丛生，不可收拾，端在于此。”
原本大明九边军镇的军饷粮秣，是由军屯籽粒、民运本色、开中物资和京运年例银四个部分组成的，而从宣德之后，军屯籽粒在军饷中的构成已经是极低了，在这种情况下，民运本色、开中物资京运年例成为了军饷的主要来源。
而在孝宗朝，弘治五年，户部尚书叶淇提出纳银领取盐引的办法，被孝宗皇帝批准，这就是“开中折色”。从此，商人不再需要往边境运粮，只需要缴纳银两，就可以做食盐生意了。这个方法起到了立竿见影的效果，一年之内，国库增收白银百万两。
然而，叶淇变法违背了开中制的初衷：纳粮开中解决的是军粮问题，纳银开中解决的是国库收入问题。更重要的是，朝廷为了这百万两白银的眼前收入，把军粮问题抛诸脑后，更不要说开中制引起的农民实边等连锁反应了。
也就是说，从太祖朝所定下边镇军饷四个来源，现在变成了两个来源，而且更加重要的是如此一来，彻底切断了边镇的物资供应渠道。
这对于边镇来说是极为要命的，永乐时期：“盐一引输边粟二斗五升，是故富商大贾悉于三边，自出财力自招游民，自垦边地自艺菽粟，自筑墩台自立堡伍，岁时屡丰菽粟屡盈。”
而在叶淇变法之后，盐商不再缴纳本色，而是到运司缴纳折色即可取得盐引，这对于盐商来说，无疑是极为方便的，免去的盐商轮输转运之苦，而朝廷也获的白银收入，但是边镇呢？
丘八爷的口中食，身上衣呢？与他们何干？
所以在改折之后，所出现的情况就是：“各边开中商人，招民垦种，筑台堡自相保聚，边方菽粟无甚贵之时。成化间，始有折纳银者，然未尝着为令也。弘治五年，商人困守支，户部尚书叶淇请召商纳银运司，类解太仓，分给各边。每引输银三四钱有差，视国初中米直加倍，而商无守支之苦，一时太仓银累至百馀万。然赴边开中之法废，商屯撤业，菠粟翔贵，边储日虚矣。”
之前大明朝廷支给军饷，都是本色支给，折色只是特例，到了开支折色之后，九边军镇已经无力再给士卒支给本色了，也就只能支给折色，这就使得对于京运年例银的依赖变大，而对于士卒们来说，折色无疑是极大的侵害了他们的利益。
原本官军军饷是平时月粮一石到一石半，战时行粮一石半，加上朝廷支给的各种布匹、棉花等实物，虽然并不富裕，军官们也要克扣一些，但是勉强还能够维持生计，但是自从折银之后，士卒们的生计就更加艰难了。
首先就是折银太方便各级官吏的贪墨了，之前是实物，毕竟难以销赃，即便是各级官吏层层贪墨，也还能够落个七八成到士卒们手上，对于布匹等物，最多也就是以次充好等手段，但是折银之后，对于各级官员们来说，实在是过于方便他们的贪墨了。
银子便于转移，又好花销，从此之后，边镇士卒们能够拿到七成军饷，就算遇上了青天大老爷，拿到五成算是正常，当然也是敢只给丘八爷三成的，那丘八爷的刀就问问他识得不识得此物了，可以说从嘉靖以后，兵变每岁不止，这也是其中的重要原因。
而除此之外，还有一个原因就是在开中折色之后，边镇失去了物资来源，嘉靖朝首辅张璁就曾经评价过此事：“盖洪武、永乐以来，天下盐课，俱开中各边，上纳本色米豆。商人欲求盐利，预于近边转运本色，以待开中。故边方粟豆，无甚贵之时。今废商人赴边报中之法，虽曰得多，而近边米豆，无人买运，价遂腾涌。”
边镇粮价日益高涨，而士卒的军饷却不会上涨，甚至遭到克扣，这使得士卒生计更加艰难，兵变也就成为日常了。