而到了神宗朝，事情就更加要命的，原本边镇的粮饷由两部分构成，北方各省直的民运本色和朝廷户部支给的京运年例银，北方各省直的民运本色还是能够接济九边军镇的。
按照朝廷的规定：“供给南京，止于湖广、江西、浙江、应天、宁国、太平，及苏、松、常、镇等处而已。供给各边，止于山西、陕西及河南、山东、北直隶等处而已。顺天及直隶保定八府实畿内近地。陕西、山西极临边境。河南山东俱近京师。凡各边有警，其粮草马匹俱籍四省八府之民攒运供给。”
这北方四省加上北直隶，负责向九边各镇输送本色物资，如大同一镇：“屯粮五十一万三千九百零四石，草一十六万九千一百九十束，秋青草一百七十六万束，民运山西米、麦、豆四十一万八千八百六十石。”
整个北方各省，要想九边军镇提供九边各镇提供粮食一百八十万石、草一百二十六万束、棉花二十六万斤、布匹四十九万六千匹，这些数字虽然比起之前的本色开中要少很多，但是还是能够极大的缓解九边各镇的物资困境，改善士卒的生活情况。
但是到了本朝，由于民运输纳所耗甚巨，以致民不堪命负欠累年，朝廷被迫准许将北方四省及北直隶民运粮酌量改折交纳。其折纳内容则主要包括布匹等实物和白银。
如山西一省的民运粮，布政使司上奏称：“岁纳大同、宣府之粮，宜征民间所产有，度边境所宜用，若布、绢、绵花、茶、 盐、农器等物，估其时直，十分减二，运赴边上，令掌收粮官辨验，酌量市米上仓。”
除逋欠外，无论是把棉布等必需物资运到边地换取米粮，还是直接改折白银，民运粮的折纳都要受到现实情况的制约。由于民运粮的大量折纳，在一定程度上刺激了北边地区粮价的高涨，从而给边饷筹措带来了很多困难。由此亦可见，在粮食本就难以自给，且交通多有不便的九边地区，民运粮折银交纳的办法使得士卒们的生计更加艰难。
这点朱常洛是很清楚的，朱常洛对重臣们说道：“九边初皆取给屯粮，后以屯田渐弛，屯军亦多掣回守城，边储始唯民运是赖矣。而其派运之数，又多逋负，故岁用往往不敷，乃以开中济之，非得已也，舍此似无长策，而至叶淇变法，开中折色，继而民运折色，九边军镇，惟恃京运，其可以长久乎？”
这点是朱常洛极为担忧的事情，即便是朝廷能够想方设法保证这一百三十万的窟窿，就能够缓解现在九边军镇嗷嗷待哺的情况吗？
朱常洛认为未必，同时现在的财政状况已经到了如果不痛加改革就难以维持下去的地步了。
朱常洛起身，对这些重臣们说道：“自三大征开始，朝廷困顿，银库给竭，则搜括直省矣，搜括尽，则借改漕折矣，漕折尽，则开纳事例矣，事例尽，则借京粮，借老库矣，老库尽，则旁借冏寺矣！而至于今日，无复可搜、可改、可开、可借之处，九边貔貅待哺嗷嗷。居恒无事时，欠饷百有余万，主计之臣竭蹶而不能支，求之内帑，内帑有限；求之直省，直省尽空。无米之炊于巧妇其亦难以冀矣！”
朱常洛的这话说的已经是非常之重了，一众大臣们只要赶紧请罪，朱常洛极为不悦的说道：“召卿等来，是为了解决问题的，若是问罪，朕遣锦衣亲军即可。”
朱常洛对于现在的财政问题，提出了自己的看法，要从收支两个方面也解决朝廷的问题，从开支的方面来说，就是要改变九边军饷只靠京运年例银的方式，加强对于九边军镇的物资供应，改善士卒们的待遇，稳定住官军，这对于朝廷来说是现在最急切的事情。
同时增加边镇物资供应之后，也可以将京运年例银的数额控制起来，减轻朝廷的财政负担，使得九边的粮秣再度回到实物和折色相固定的基础上来。
朝廷必须稳定住官军才能够保证朝廷能够稳固的统治，否则的话，流民和官军一道作乱，对于大明朝廷来说那就真是要命的，所以必须要优先稳住官军。
除此之外，就是增加朝廷的收入，但是不能够在田赋上做文章了，现在灾荒日甚，朝廷要想方设法赈济百姓，安抚流民，而不是增加田赋，真的把百姓逼上绝路，这点朱常洛还是有数的。
所以必须在其他地方想办法，第一就是海上贸易，要开征关税，取市舶之资以济国用，第二点就是要加强专卖制度，对于盐、茶、酒等物资，要加紧控制，增加朝廷的收入，保障朝廷禁榷的有效，这些也是极为重要的。
除此之外，钱法也是非常重要的一环，铸钱有钱息，这也是先代的一个重要收入，本朝由于铜料不足，铸钱甚少，但是现在朝廷可以从倭国获取金银和铜钱，所以铸钱一事必须提上日程，除了传统的制钱之外，银币也是重要的一环，现在朝廷使用的是白银，如果能够铸造银币，所获得的钱息利润，可以补充朝廷的财政收入。
朱常洛还要户部探索官方贸易和和买事宜，现在大明最大的问题就是粮食不足，不管是九边军镇还是腹地省直，粮食问题都是一个必须要解决的问题。
灾荒不断，土地产出减少，不仅仅使得朝廷的赋税减少，也使得大量百姓沦为流民，这点也是非常之要命的，所以朱常洛要求阁部重臣想办法开源节流，整顿朝廷的财政，不是解决现在的问题，而是要建立长远之策，使得大明财政能够稳定运行。
如果要解决现在的问题，朱常洛直接从内帑之中拨出相应的银两来，解决朝廷的财政危机就是了，但是这样做没有任何意义，内帑有限，朱常洛不可能每次都来帮户部擦屁股。