这次军政考选，不再针对中高级将官，对于低级军官也要一并考选，北方各都司的应袭子弟、带俸官都可以参与考选，而且和中高级军官们的考选方式不同，对于低级军官，则是主要以武艺等为主，只要求粗通文墨即可。
朱常洛对重臣们说道：“将不用命，士何效死？御众之法弗得，效死之士何求？此则朝廷选拔武官之要也。”
对于这次军政考选的武官，由于绝大部分都是低级武官，所以武艺、年龄等是最重要的事情，他们都是要上阵搏杀的基层军官，所以武艺是极为重要的。
兵部会同吏部、都察院主要是负责对于这些参考的军官审查档案，同时在地方抚按官和总兵、都司处进行第一轮考核，主要就是武艺的考核，然后将通过的人员一体送京师参加军政考选。
朱常洛委任英国公张维贤总督军政考选，对于武艺的考核参照武举进行，朱常洛到时候要亲自校阅武艺，同时对于武艺超群的军官，还要加以拔擢使用，朱常洛亲自召见，赏给战马、甲胄等物资，作为奖励。
相关的具体方案，责成兵部和吏部加以制定，而除了选拔军官之外，还有一个重要的问题就是充实宣大三镇的官军，以加强兵备这个问题。
现在宣大三镇空虚，这点是最重要的问题，如何重振宣大三镇的兵防，也是朝廷上下最关心的事情，首先要做的就是募兵，现在宣大三镇虚籍、空饷太多，兵力不足，器甲缺乏，这些都是极为要命的问题。
但是户部对于此事也是很担忧的，因为大量的募兵会导致朝廷财政的负担加剧，现在朝廷本来就在蓟辽集结重兵，大量的财政都投入到了蓟辽前线中，如果再重振宣大的兵防，势必会投入大量的钱粮，这对于朝廷来说显然是极大的财政负担。
所以户部对于此事其实是坚决反对的，户部认为现在朝廷的财政危机还没有过去，要是又大规模的增加宣大的兵马，这无疑会使得大明朝廷的财政更加紧张，这点朱常洛是很清楚的，所以就此事朱常洛也在和内阁以及部院商量。
一方面要控制朝廷的财政开支，另一方面则是要强化宣大的防务这点是很重要的，但是宣大和蓟辽是不一样的，蓟辽现在必须要保持强大的战斗力，以攻灭建州部，保证对于北虏的威慑力，这点是十分之重要的。
但是宣大则是要尽可能的在不增加朝廷的额外开支的情况下，保持一支有一定战斗力的边军，所以两个防区的情况是不同的，自然是要采取不同的措施。
由于现在卫所制已经陷入了崩溃，朱常洛自己也很清楚，在朝廷手中没有掌握足够的土地之前，要想恢复卫所制是不太现实的，但是完全募兵对于朝廷来说财政压力太大了，这点户部也是很清楚的。
所以必须要在其中采取折中的办法，朱常洛最终决定从卫所士卒中选拔正军或者是军余子弟，尽管现在卫所士卒逃亡，确实是大明不争的事实，但是北方边镇的卫所还是相对要好的多的。
因为这些地方的卫所大多是实土卫所，与内地纯粹的军事组织非实土卫所不同，实土卫所的核心特征是“兼理军民政”，即同时承担军事防御和民政管理职能。其管辖区域不隶属于行政系统的府、州、县，卫所的长官既是军事指挥官，也是地方行政长官。
其中比较典型的就是山西行都司，下辖大同左卫、大同右卫、大同前卫、大同后卫、朔州卫、安东中屯卫（寄治应州城）、阳和卫、天城卫、威远卫、平虏卫、镇虏卫、玉林卫、高山卫、云川卫等二十余卫，基本上都是实土卫所，其防区以偏头关—宁武关—雁门关一线的长城为界，东接宣府镇，西连延绥镇，南屏山西腹地，北控蒙古草原，地位重要。
尤其是有大量的军屯，现在山西都司、山西行都司的大量军官被朝廷收拾了，他们之前所侵占的军屯自然是也是要没入官田的，朱常洛打的就是这些军屯土地的主意。
在和兵部、户部商量之后，朱常洛决定从山西都司、山西行都司各卫所当中挑选正军、军余子弟编入宣大三镇之中，而朝廷这次显然是不会给这些士卒以衣装银、安家银等费用，户部也确实是无法拨出这笔银子来，所以朝廷准备给这些士卒的家庭军屯土地。
他们本来就是卫所军士，照理是边地三分守城，七分屯种；内地二分守城，八分屯种，一名军士的耕种定额称为“一分”，标准通常是五十亩。但根据田土肥瘦、位置冲缓，具体面积可在二十亩到百亩间浮动。这一分地，便是“屯田”的最小单位。
本来按照朝廷规定，军士耕种所得称为“屯田子粒”。其分配有明确规定，如洪武三十五年的则例：“军田一分，正粮十二石，听本军自支，馀粮为本卫所官军俸粮。”即一部分归耕种者自己，其余上交作为本卫所的军粮。
但是现在军官大肆吞蚀屯田，将军士变为私役，屯田荒废，屯粮大幅减少。弘治年间全国军屯已普遍荒废了大明初年总额的一半。
朱常洛决定改变军屯的处理办法，首先就是军屯籽粒的缴纳对象，按照之前的规定，中央的户部与兵部负责宏观统筹，地方的三司与巡按御史负责监督审核，卫所内部的各级指挥与管屯官负责具体执行。籽粒还是归卫所管理。
朱常洛认为官军专司作战，不当预钱粮之事，军屯籽粒的征收，还是由当地地方官府来负责，同时大幅度减少军屯籽粒的赋税，之前朝廷已经减少过一轮军屯籽粒的赋税了，正统年间规定“每军正粮免上仓，止征余粮六石”，即将上交部分从十二石大幅削减至六石。
这次朱常洛还要大幅度减少，将军屯与民田的赋税拉平。