而大明朝廷之前的财政制度之中，又没有关于军费开支的征收设计，朝廷从卫所官军向营兵制转型之后，大明从洪武时期实施的所谓低正税制度就无法实施下去了，只能够进行大规模的加派，以科敛百姓，满足九边官军的需求。
再加上大明地方官府的行政能力本来就很差，地方官府官吏数量不足，征收钱粮要依靠大量并非朝廷经制吏员的书算手和地方的士绅协助，在这种情况下，朝廷的加派自然是大部分都落到了百姓手中，朝鲜即便是想要抑制兼并，也是根本不现实的。
至于官军之中，则是各种贪墨横行，因为大明的军制也是特别别扭的，是卫所不像卫所，营兵也不完全是营兵，现在的大明官军，就像这么一个缝合怪一样，两种军制的缺点都在大明官军之中同时存在，卫所官军自带的军官对于士卒的奴役，营兵制下兵为将有的弊端，都同时存在。
而各种规费等也加重了这些官军的弊端，所以现在朱常洛要整顿大明官军，加强朝廷对于官军的控制，就必然要对整个大明的政治和军事体制进行大规模的更易，这不是一件小事，可以说是震动整个大明朝廷的事情，昔日张居正都做不到的事情，现在朱常洛想要力挽狂澜，谈何容易。
这些重臣们在看了石昆玉的奏疏之后，也是比较头昏的，现在大明各级官府的各种规费都是非常之稀松平常的，这些事情，他们都是很清楚的，即便是他们，不也一样接受各种常例和陋规吗？
不过户部尚书李汝华还是要出来解释此事的，毕竟这些钱粮的调拨，这是户部的该管业务，何况这些事情，也确实是户部的积弊了，各种漂没极大的增加了朝廷的财政负担，同时影响了官军的士气，甚至于导致大明在军事行动之中的失败。
李汝华赶紧说道：“陛下，此臣之罪也！还请陛下降罪重处。”
李汝华自然是首先请罪，这点也是大明官场的规矩，出了这样的事情，李汝华作为户部尚书，自然是要首先请罪的。
朱常洛摆了摆手说道：“请罪的话，就不必再说了，朕已经遣锦衣亲军盯着这次的饷银了，看看到底要漂没多少，才能够到军士们手中。眼下关键的就是，朝廷之后要整顿财政、官军，严防漂没之事。”
朱常洛接着也直接说道：“朕也知道，太祖所制定的官俸，到了本朝也确实是略显单薄，地方官府人手不足，这些也确实是实情，不过朝廷必须要想办法解决此事，因循苟且，终究是要遗祸子孙的。”
朱常洛决定先从大明官军的粮饷军资开始，整顿整个大明财政和行政体系，首先就是革除朝廷内部的各种规费、常例、陋规等事情，同时要增加预算，也要增加大明朝廷官吏的数量。
兵部与户部首先就是核算大明九边的军饷、粮秣、军资的数量，按照本色折色加以分类统计，折色银两全部由户部调拨发给，所需要的运费也要单独进行计算，保证运输到九边的就是是有数字，出现短少的话，所有官吏全部追究责任。
而比较麻烦的就是本色发放的各种物资，粮秣、军器、马草豆料、冬衣布花等，这里面能够做的手脚实在是太多了，朱常洛自然也很清楚，要想完全杜绝这些弊端，是不现实的。
但是朱常洛要做的，就是降低这些物资在运输途中的损耗，同时保证士卒们拿到足额的物资，这点才是最重要事情。
当然，其实又回到了老问题上来了，就是大明朝廷缺人少钱，所谓缺人，就是官吏不足，少钱就是官俸不足，这点确实是现在大明朝廷最要命的问题。
对于漂没制度，李汝华也认为是有其合理性的，因为朝廷的官吏数量不足，并且正俸很低，这种外差肯定是要给钱的，所以漂没之中的部分成本其实是用于支付了工资的。
现在朱常洛要求将所有的成本单独列出，这样漂没就没有了法理依据，因为朝廷已经将运费、薪饷等计算在其中了，这一制度不仅仅是在军饷之中，朝廷的各种物资转运制度当中都要加以推动。
同时就是增设官吏和增加官俸，这点也是极为重要的，大明京师各级文官不过两千余员，有编制的吏员数量也不多，吏部有都吏4名，令史6名，典吏33名。户部有都吏13名，令史29名，典吏113名，照磨所司吏2名，典吏8名。
这些都是大明会典所规定的经制吏员数量，也就是有编制的吏员，而在此之外，还有数以十倍计算的各种书手、算手等。
地方官府就更是如此了，之前朱常洛在北直和山东两省直推行吏员考选和增加吏员的制度，袁可立之前也向朝廷奏报了相关的情况，这些考选而来的吏员经过简单培训之后也是能够胜任衙门工作的，同时从生员中考选吏员，也能够将现在大明日益增多的生员加以安排。
将他们吸纳进入朝廷，吃上一份钱粮，也便于管束这些生员们，免得他们整日无事生非，给朝廷制造事端，而且这些生员出身的吏员不管是个人素质还是操守方面，也确实是比这些世袭的老吏要好一些，所以袁可立在给朱常洛的奏疏之中认为是可以推广这一制度的。
同时还有增设衙门，之前朱常洛已经恢复设立了司农寺、太府寺和军器监，这些都是实务部门，朱常洛这次要设立的主要是监察审计部门，就是唐宋的比部，大明曾经也是有比部司的，其职掌兼具审计与司法色彩，负责赃赎、勾覆以及钱粮户役、婚姻、田土、茶盐、纸札、俸给、囚粮、断狱等事务的审核。洪武二十三年后废止。
这就导致大明没有独立的审计机构，再加上大明财权本来就十分之分散，朝廷对于财政收支的监管力度就更弱了。