重臣们对于朱常洛的想法也是见怪不怪了，朱常洛现在就是要加强朝廷的权力，所以扩大朝廷的官吏和机构，已经是非常正常的事情了，而且现在户部总揽大明朝廷的财政，权力比之之前是要大的多了，而且财政事务的专业性有很强，一般的科道御史是很难监察其中的。
所以必须要设立一个专门的衙门来监督户部的各项钱粮出入，恢复比部司是一个比较合适的选择，作为朝廷设立在中央的审计机构，比部的职权是很重的，“掌勾覆中外帐籍”，审计范围包括场务、仓库出纳在官之物，实行月计、季考、岁会，并负责钩考中央各机构的经费使用。
比部的核心职掌是“掌勾诸司百僚俸料、公廨、赃赎、调敛、徒役、课程、逋悬数物，以周知内外之经费，而总勾之”，其审计范围广泛，涵盖“凡仓库出内、营造佣市、丁匠功程、赃赎赋敛、勋赏赐与、军资器仗、和籴屯收”等各项收支。
按照唐宋的制度：“京师仓库，三月一比，诸司、诸使、京都，四时勾会于尚书省，以后季勾前季；诸州，则岁终总勾焉。”
这些制度其实在唐宋都已经是非常之完善了，比部审计的具体操作方式是依据账历、勾历、案牍等进行勾勘，核心是审查是否存在挪用、隐瞒等“非理破使”行为。唐朝审计制度详细，对各类账目实行分级管理。
而且由于当时的比部隶属于尚书省刑部，由于刑部完全独立于其他各部及地方官府，因此刑部下属的比部也完全独立于其所审计的对象，这是其制度设计的一个重要特点。
大明恢复比部，自然是为了加强对于朝廷和地方的财政监督，防止贪墨，作为一个财政监察机关，朱常洛认为恢复设立的比部自然是要隶属于都察院，便于都察院直接查处相关的弊案，比部在审计过程中发现的问题，直接移送都察院和六科处理，这样从流程上来说更加高效。
不过首辅叶向高也说道：“陛下，本朝六部之设，向有成例，若仍冠以比部，似有不妥。”
朱常洛也同意了叶向高的建议，对于新设立的机构，重新加以命名，以右都御史邹元标负责此事，朱常洛也明确的对他说道：“邹卿，朕已澄清吏治之任，托付于卿，科道御史，一切据实参劾，不准风闻言事。”
这点也是十分重要的，之前科道主要就是通过风闻言事的方式进行监督的，风闻言事是本朝监察制度中的一项特殊规定，指言官如御史、给事中等可以根据传闻、未经证实的消息，弹劾官员或议论朝政，而不必提供确凿证据，也不因所言失实而获罪。简单说，就是“听到风声就可以上奏”。
现在来看，这种方式的弊端已经是越来越来的，科道御史完全成为党争的工具，言官凭传闻攻击政敌，甚至捏造事实，而且因“不坐”原则，被弹劾者往往难以自证清白，名誉受损，这种风闻之事，既无法证实，也难以证伪，这点才是最要命的。
所以朱常洛采取的办法就是扩大科道的权力，给予都察院审计朝廷以及地方各个衙署账目的权力，但是禁止风闻言事，都察院要弹劾官员，必须要有真凭实据才行，不能捕风捉影。
除此之外，就是将在北直隶和山东所实施的吏员考选制度搬到朝廷各衙署中来，首先由吏部会同各个衙门重新确定朝廷各衙门所需要的吏员数量，不准再有所谓的书算手等非经制吏员，然后在国子监、南北直隶等地方进行考试，从有生员及以上功名中考选吏员，以大明律、算学等基础知识为主，选拔能够办事的吏员，大幅度增加朝廷各衙署的吏员。
同时给在京官吏增加官俸，这点也是极为重要的，京官在官场上是有引导作用的，地方官吏贪墨之中的很大部分，都是上供给这些京官的，京官身处权力中枢，虽不能直接搜刮百姓，却掌握着考核、任免、政策制定等大权。地方官为了仕途顺畅，必须定期向京官“进贡”，这构成了京官灰色收入的主体。
所以首先就是要保证京官的清廉，才能够以上率下，尽可能的限制大明官僚机构的贪腐，朱常洛一向的观点就是高薪未必养廉，底薪必定促腐，就以朝廷六部的五品郎中来说，他们是六部政务运作的主力，也就是所谓的六部司官。
按照大明通行的俸禄等级，正五品官员的月俸为16石，年俸为192石。这是制度上规定的数额。但是本朝官俸的发放极为复杂，分为本色与折色两部分。到了现在，折色比例极高，且折换率极不合理，导致官员实际所得大幅缩水。
在这种情况下，这些司官们自然是要利用手中的权力谋取私利了，如司官之中的四大肥缺，吏部文选司、吏部考功司、兵部武选司、兵部武库司，这些司官手中所掌握的权力和能够调动的物资数量都是极为庞大的，可以说就是地方的督抚大员、总兵提督也要求着他们办事。
这种情况下，就是官俸不打折的发放，恐怕也很难保证他们能够守着这192石的官俸过日子，毕竟就算是大明公认的清官海瑞，也会收取一些补贴，不然实在是难以维持生计，之前朝廷会以“柴薪银”、“柴炭银”等名目，向在京官员发放补贴，用于补贴其办公及生活所需的燃料开支。这些银子，就是海瑞也是要拿的。
所以这次朱常洛决定大幅度给在京官吏增加官俸，同时禁止一切形式的常例、陋规等，朱常洛之前就已经命令厂卫调查过现在京官们的各种灰色收入，发现他们的日子过得其实还是很滋润的，各种常例等收到手软，主要都是地方各级官员们的进贡，这点是朱常洛所不允许的。