邹元标在听了朱常洛的话之后，当即叩头说道：“陛下既信重于臣，臣粉身碎骨，以报君恩，整饬朝纲，本就是都察院之职分也。”
虽然邹元标是很愿意惩办此案的，但是朱常洛还是要叮嘱他道：“此案干系重大，朝廷之中，又是错综复杂，邹卿还是要小心行事才行。”
朱常洛将锦衣千户严云从指派给邹元标，命令他率领部分锦衣亲军保护邹元标的人身安全，同时也在必要的时候协助都察院办案，同时这次虽然是有都察院办案，但是为了防止案情泄露，人犯还是先羁押在诏狱，都察院可以随时提审。
随后朱常洛下达上谕，以户部转运军饷，漂没异常，贪腐横行为由，将户部尚书李汝华、左侍郎汪应蛟两人革职留任，以观后效，同时命令右都御史邹元标彻查此案。
为了加重邹元标的权力，朱常洛赐天子剑一柄与邹元标，命锦衣亲军千户严云从护卫，邹元标领受上谕之后，回到了都察院，首先自然是 组建专案组了，这次案子不小，同时肯定是牵涉京官不少，朱常洛要借由此事大做文章，而背后的这些贪官污吏，自然不会这么坐以待毙，所以必须要从都察院中挑选精干御史，查办此案才行。
邹元标于是和张问达一道商量人选，他们两人首先就是拟定了选人的标准，首先要精明强干，没有赃私等过犯的御史才行，其次就是尽可能选择年轻出入官场的御史或者是刚刚巡按回来的御史，因为他们和朝廷官场交际不深，不容易受到外界的干扰，这点还是非常之重要的。
所以经过邹元标和张问达的选择，最终决定了以左佥都御史郑三俊、山东道御史张铨、广东道御史魏大中、湖广道御史刘其忠等人，圈定好人选之后，邹元标命令将这些官员们找来，同时命令严云从率领锦衣亲军将都察院的后院严密看守起来，作为办案之用。
这些御史们被邹元标叫来之后，邹元标向他们简要的介绍了案情之后就说道：“此案乃是当今天子整饬吏治的第一案，事关重大，我等职司风宪，惟朝廷纲纪是问，尔等若是胆怯，此时便可以说出来，老夫绝不为难。要是入了此门，敢有半句案情泄露，就不是丢官罢职这么简单了，诏狱东市，就是尔等之归处。”
这些御史们都没有任何人向邹元标表示退出，邹元标这才让他们进入了后院之中，朱常洛已经向锦衣亲军所获得的部分证据和相关的奏报交给了邹元标，邹元标也让这些御史们先看过之后再发表自己的看法。
他们看了这些证据之后，山东道御史张铨就说道：“现在证据太少，锦衣亲军押解这些人犯回来尚需时日，不过以下官看来，此事还是要先从户部司官着手才是。”
张铨刚刚巡按山东回来，但是他很熟悉大明朝廷，因为他是万历朝兵部尚书张五典之子，对于这些事情还是很清楚，户部各清吏司都有各自负责的事务，尚书、侍郎未必过问这些细枝末节的事情，山西司就是负责宣府、大同、山西三镇的军饷，共计九十五万三千两，占九边军饷的三成。同时还分管山西布政司、都司，掌理该省钱粮收支。
这些军饷的发运，肯定是要经过山西司的，现在军饷漂没高达三成，山西司在其中肯定是难辞其咎的，所以首先就要拿户部山西司的司官开刀才是。
除此之外，兵部在其中也肯定是少不了的，在大明的军饷调拨之中，兵部起的作用也不小，兵部对九边军饷的管理，形成了一个以职方司核定兵额为基础，以车驾司和武库司提供专项经费为支撑，以武选司掌管功赏抚恤为补充的体系。它与户部“主客官军本折刍饷则隶户部，募兵及本折马匹则隶兵部”的分工，共同构成了本朝九边军费的双重管理架构。
具体到本案之中，主要是职方司和车驾司，职方司负责掌握天下官军车骑之数，并规定“三岁一报”。九边各镇的兵马数量是户部核算和拨发年例银的根本依据，车驾司通过太仆寺常盈库管理。这笔“马价银”主要用于购买战马、补充边镇军费及兵部自身开支，虽然现在朝廷将常盈库收归太府寺管理了，但是车驾司仍旧是有账目的，户部动支马价银，还是要和兵部提前沟通的。
所以御史们在会商了之后，决定先拿这些司官们动手，而邹元标也立即通过张问达调取了相关官员的档案，其中两个人引起了御史们的注意，首先就是户部山西司郎中丁魁楚，作为对于此案要负直接责任的人，他肯定是受到御史们的重点关注。
还有兵部车驾司署郎中事主事崔呈秀，他之前就被御史弹劾过，而且就是被当时的山东道御史张铨所弹劾的，但是没有想到张铨巡按山东回来之后，崔呈秀居然从工部调任兵部了，这还真是奇事一件了。
张铨对邹元标说道：“总宪，崔呈秀卑污狡狯，不修士行，下官之前就弹劾过他，此番居然得以升迁，恐怕此事吏部也脱不了干系的。”
邹元标当即说道：“若是查实此事，就是大冢宰，老夫也敢面君参劾，只是现在还是要以军饷为重。”
御史们在商量了之后，决定还是先找户部山东司郎中丁魁楚谈话，毕竟他作为该管郎中，对于此事自然是负有不可推卸的的责任，于是邹元标签发都察院牌票，命令严云从率领锦衣亲军持牌票去请丁魁楚到都察院来。
邹元标专门命令严云从率领锦衣校尉，直接到户部去传丁魁楚到都察院来，就是为了给他施加心理压力，好便于之后御史们的审断。
严云从领命之后，当即率领锦衣校尉们赶赴户部衙署，传唤丁魁楚到堂问话。